忽必烈有些郁闷，由于当时正处于进攻南宋的关键时刻，忽必烈腾不出手来再派大军进攻日本。而且，忻都在报告中掩饰败绩，吹擂元军把日本军打得落花流水，天气不好暂时撤军，已经大大地宣示了“国威”。
此后，高丽不敢“惦记”日本，日本反过来不断到高丽半岛沿岸骚扰。
至元十二年，忽必烈派遣礼部侍郎杜世忠等人为使，再去日本宣慰。忽必烈原本以为上次元军的进攻已经使日本像高丽那样吓得腿软，国使一到会马上送表称臣。不料，元使一行千辛万苦到达日本后，将军北条时宗愣了，他不是吓愣了，而是糊涂愣了：蒙古人上次被“神风”送进海底都喂了王八，现在怎么还敢派人来！
估计刚刚喝过几瓶清酒，北条一挥手，下令把这一群神色傲狠的元使皆押出去砍了。
消息传出，征东元帅忻都、洪茶丘二人立刻上表，申请率兵往讨。当时是至元十七年三月，元朝刚刚灭掉南宋，需要处理的事情千丝万缕。
两个月后，忽必烈召见南宋降将范文虎，议征日本。
至元十八年正月，忽必烈设“日本行省”，以蒙古人阿剌罕为日本行省右丞相，以范文虎为右丞，并下令军在高丽的忻都、洪茶丘二人，共出兵十余万进讨日本。
对于蒙古人来讲，杀使臣是最不可饶恕的。花剌子模杀蒙古使臣，最终付出了国亡君死以及近千万的人命为代价。倘若元军二次征倭成功，估计“大和”民族现在只是一个历史名词。
忽必烈大举攻日的另一个原因，还在于“处理”那些刚刚投降的南宋“新附军”。近十来万人的士卒军将，杀起来不仅名声不好听，也很费事。所以，让这些人充当“主力”，在攻日本时消耗他们，可谓一举两得。可见，忽必烈这个蒙古帝君，确是一个阴险巨奸。
元军第二次海上征倭，规模比第一次大很多。除忻都、洪茶丘及高丽主将金方庆率领的左路军三万人外，还有由范文虎统率的江南军七万多人为右路军。他们由庆元（今浙江宁波）出发，有战船近四千艘，渡海远航，浩浩荡荡杀向日本。依据原先的约定，两路军应在阴历七月于壹岐岛合师，然后合军并力进攻日本。
蒙古将忻都贪功，自忖轻舟熟路，首先从合浦起航，拥千艘战舰打下壹岐岛。然后，他也不等江南军的到来，径自扑向博多湾。
到了地方，元军忽然发现日本人早已在沿海滩头砌筑了层层石坝，战舰根本靠不了岸。无奈，元军只得强攻志贺岛，得手后却无任何便宜可占。
由于补给困难，疫病流行，忻都只得又撤回壹岐岛，与范文虎的右路军会师，伺机再战。
范文虎方面，元军的“总司令”阿剌罕病死，军中无主。好大喜功的范文虎自专军政，不待新任“总司令”阿塔海到来，发号施令，过足了“一把手”的瘾。
这位老范，乃南宋大奸臣贾似道的女婿，是个人品超差的“百败将军”，忽必烈选他当“副总司令”，其实是最大的一步臭棋。诸将陛辞时，忽必烈也有所表示：“有一事朕忧之，恐卿辈不和耳。范文虎，新降者也，汝等必轻之。”
所以，战争真正开始后，由于无所统领，诸将确实心怀鬼胎。范文虎草包自不必说，高丽将金方庆与老上司洪茶丘也形同水火，忻都本人也是贪功冒进之辈，没有一个能主持大局。
双方合军后，进屯五龙山（今日本佐贺县西北伊万湾）。如果当时元军立刻进攻九州的太宰府，估计日本现在就是中国的日本省或海东省或东瀛省了。
由于诸将意见不一，大家都表示“研究研究”再说，加上江南军远航疲惫，确实也要休整一下。
日本人方面，也是听天由命，一大堆矬子天天跪在地上叩头祈祷上天。
八、九月间本来就是刮飓风的季节，虽然有将领提醒范文虎、忻都等人，二人根本不听。当时，海上山影浮波，恰如暗礁在海口，影影绰绰，水上青气直冒，海水中弥漫着琉璜气味，飓风的征兆已经非常明显。
为“保险”起见，元军下令诸将把海船结扎在一起。
这种联船法，对付一般的海风还尚可，遇到飓风，就等于是为自己做好了“连锅端”的物质准备。
对于台风、飓风的心理准备欠缺，范文虎方面，这个草包还可原谅；但忻都上次吃过一次大亏，估计这蒙古人脑满肠肥喝酒太多，没长什么脑子，竟然也好了伤疤忘了痛。
于是，一夜飓风来袭，元军大小船只倾覆殆尽，特别是高丽人所造的海舟，大都是“豆腐渣”工程，拼木时为了省工采用“鱼鳞式”结构，大浪拍击即碎。范文虎江南军的战船质量不错，可惜多是平底河船，遭遇如此大风，也十损八九。军士嚎呼，溺死海中如麻。范文虎等人也落水，被手下救起。
捡得一命后，元军诸将想到的只有两个字：逃命！
范文虎等诸将各自挑了坚固好船搭乘，丢弃士卒十余，仓惶逃命。也就是说，元军虽被淹死万人，其实由于水营靠岸，剩下的人还不少。如果以破釜沉舟之心背水一战，结果还真不一定。
诸大将虽然逃跑，元军士卒多有战心，推一名“张百户”为主帅，号其为“张总管”，听他约束号令。
由于人多食乏，元军体力消耗很快。大家于是伐木造船，准备乘这种“临时”船逃回。
风息之后，日本人来了精神，特别是“神风”再临，小矬子们觉得天神青睐，挥着大刀嗷嗷冲杀过来。
元军体弱力疲，大部分战死，最终剩下两万多人，皆为倭人所俘。
于是，这大群元军俘虏被押至八角岛依次甄别，凡是蒙古人、高丽人、北方汉人，皆就地杀头，只留下几千新附军，倭人认为这些江南人是“唐人”，不杀，充当奴隶使用。
范文虎、忻都等人将残军回合浦，上报忽必烈说途中遇风，数将不听节制，暂时回军，隐瞒大败的实情。
不久，被倭人俘为奴隶的江南汉人于阊逃回国内，尽报实情，忽必烈这才得知，他的征日十万大军，被范文虎等人皆弃于波涛狂浪之间，得还者仅三人。这三个人，还在“青史”中留下姓名：于阊、莫青、吴万五。
此役，日本人称之为“弘安之役”。
忽必烈吃了如此一个大哑巴亏，很想三征日本。但不久元军发动对占城和安南的战争，内部儒臣派、财臣派内斗激烈，出现了阿合马被杀事件，使得元世祖暂时不得不放弃重新组织大规模的攻倭战争。至元二十年后，忽必烈数兴征倭之意，皆半途而废。这种尴尬结局，正应了范文虎等人启航前翰林学士王磐的一番谏言：“日本小夷，海道险远。胜之不武，不胜则损国威。”
奇怪的是，范文虎事后并未受严惩，罢职而已。至元二十年，忽必烈还让他“立功自赎”，在扬州整治军械，操练人马。
日本方面，举国若狂。“神风”两次救了日本，倭人们的脑袋瓜里再次使“神国”的理念悲壮地扎下根，觉得他们的蕞尔小岛是“天照大神”最眷顾的“神土”。这种盲目的“理念”，让他们的头脑一烧再烧，直烧到丰臣秀吉时代敢于主动出击明朝的藩属朝鲜。二战最后关头，日本人把他们最后的自杀性攻击飞机也命名为“神风”，透露出绝望中残存的希望。
宋遗民郑思肖听到元军败讯，仍旧大喜，作《元鞑攻日本败北歌》，此诗的前序简明扼要，除数字有出入外，简捷明了地勾勒了元朝二次征倭的史实：
“元贼闻其富庶，怒倭主不来臣，竭此土民力，办舟舰往攻焉，欲空其国所有而归。辛巳（至元十八年）六月半，元贼由四明下海，大船七千只，至七月半，抵倭口白骨山，筑土城驻兵对垒。晦日，大风雨作，雹大如拳，船为大浪掀播沉坏，鞑军半没于海，船仅回四百余只。二十万人在白骨山上，无船渡归，为倭人尽剿。山上素无人居，唯多巨蛇，相传唐东征军士咸陨命于此山，故曰白骨山，又曰枯髅山。”
此诗开头，即讲明倭国乃远方九夷之一，又相隔大海，不易攻取：“东方九夷倭一尔，海水截界自飞宇。”在描述倭国道远国瘠之后，诗人笔锋一转，指斥犬羊（元朝统治者）欲心过炽，徒取污辱与失败：
“厥今犬羊贪犹炽，瞠目东望心如虎。驱兵驾海气吞空，势力虽强天弗与。鬼吹黑潮播海翻，雹大如拳密如雨。七千巨舰百万兵，老龙怒取归水府。犬羊发怒与天敌，又谋竭力必于取。已刳江南民髓干，又行并户抽厂语。凶焰烧眼口竟哑，志士闷闷病如蛊。”