阿合马致怨满天下，竭力排毁汉法以及儒士，使得儒臣与太子真金对他恨之入骨。但是，只要老皇帝忽必烈在位一天，真金太子不敢拿他怎样。有逸史讲真金太子曾在朝上当面殴打阿合马，似乎不是实情。真金自幼受儒家教育，温良恭俭让，不可能在父皇面前做出如此“失礼”的举动。
对于阿合马被杀的过程，《元史奸臣传》中这样写：
十九年三月，世祖（忽必烈）在上都，皇太子（真金）从。有益都千户王著者，素志疾恶，因人心愤怨，密铸大铜锤，自誓愿击阿合马首。会妖僧高和尚，以秘术行军中。无验而归，诈称死，杀其徒，以尸欺众，逃去，人亦莫知。（王）著乃与合谋，以戊寅日，诈称皇太子还都作佛事，结八十余人，夜入京城。旦遣二僧诣中书省，令市斋物，省中疑而讯之，不伏。及午，（王）著又遣崔总管矫传令旨，俾枢密副使张易发兵若干，以是夜会东宫前。（张）易莫察其伪，即令指挥使颜义领兵俱往。（王）著自驰见阿合马，诡言太子将至，令省官悉候于宫前。阿合马遣右司郎中脱欢察儿等数骑出关，北行十余里，遇其众，伪太子者（王著徒众）责以无礼，尽杀之，夺其马，南入健德门。夜二鼓，莫敢何问，至东宫前，其徒皆下马，独伪太子者立马指挥，呼省官至前，责阿合马数语，（王）著即牵去，以所袖铜锤碎其脑，立毙。继呼左丞郝祯至，杀之。囚右丞张惠。枢密院、御史台、留守司官皆遥望，莫测其故。尚书张九思自宫中大呼，以为诈，留守司达鲁花赤博敦，遂持梃前，击立马者坠地，弓矢乱发，众奔溃，多就禽。高和尚等逃去，（王）著挺身请囚。
《元史》的《裕宗传》中也记载：“盗（指王著一伙人）知阿合马所畏惮者，独太子尔，因为伪太子，夜入京城，召而杀之”。
种种记载，都讲真金太子与阿合马被杀案无牵涉。但是，“元之旧史，往往详于记善，略于惩恶，是盖当时史臣有所忌讳而不敢直书之尔”。
其实，杀阿合马的真正幕后指挥者，肯定是真金太子及其汉人高级幕僚，否则，张易那么一个枢密副使级的高官不会参加此事（虽然《元史》称其是被“矫旨”所骗）；王著一个千户，也没那么大能耐熟门熟路计划周详地杀掉当朝宰相。
真金太子之所以下决心杀阿合马，也与这位权臣先前诬杀御史中丞汉人崔斌有关。崔御史曾上章弹劾阿合马，阿合马很恼怒，便公报私仇，把崔斌排挤出中央后，仍然捕风捉影寻个罪名置崔御史于死地，使得太子及其手下诸臣忍无可忍。
所以，王著等人挺身而出，杀阿合马事成或不成，均不会真正把真金牵入案中。
大都乱起，中丞也先帖木儿跳上马，驰奏忽必烈。
当时，忽必烈正驻跸于察察脑儿，距上都不远。听闻自己手下“财神”宠臣阿合马被杀，他闻之震怒，即日回到上都宫城，下令枢密副使孛罗等人率兵飞奔大都，去讨伐为乱的人。
阿合马已死，王著被擒，剩下的高和尚等人本来就是棋子，很快被悉数擒获。此时，忽必烈并没有意识到阿合马之死是真金太子及其汉人幕僚策划，还令太子名义上主持会审王著案件。
当然，太子本人不办案，实际的主审官是孛罗。
孛罗不傻，自然不会跟“储君”真金过不去，加上他自己也憎恶阿合马的跋扈，心中对这位回回人的死亡，只有暗喜而已。
案件迅速得以审结，元廷杀王著、高和尚于市，皆处以醢刑，并杀张易。
醢刑，即把尸体剁成肉酱，此诏肯定是忽必烈亲自指示，可见当时他对宠臣被杀一事的悲愤。
至于张易是否主动有预谋参加杀阿合马行动，并无确凿实据，杀掉如此高级别官员，实是老皇帝震怒下的诏令。
王著临刑大呼：“王著为天下除害，今死矣！异日必有为我书其事者！”
要仁得仁，可见王义士事前早已作好舍生取义的心理准备。王著被杀时，还不到三十岁。
阿合马被人杀死，忽必烈还不知道他有多坏，估计只是知道这位宠臣贪污多，念其旧功，下令中书省不要深究他的家人。
待孛罗面见汇报工作，忽必烈询问案件详情。
孛罗对王著、高和尚等人之事简略带过，倒大谈起审案间“讯得”的阿合马罪状情实。所谓“墙倒众人推”，阿合马已死，孛罗在推审中深刻感觉到太子真金的倾向性，自然把阿合马多年来的所为“实话实说”。
这可不得了，听完整件事情后，忽必烈激恼无比，拍案大怒：“王著杀掉他，干得好啊！”
于是，忽必烈下诏严审阿合马案，一定要把阿合马党人都从朝中清出。
抄家之后，金山银山不说，阿合马家里有小妻五十人，侍妾四百多人。四五百美女，日御一人，这位西域回回一年也轮不过来。
生于花剌子模的阿合马吃羊肉长大，荷尔蒙水平高，性欲浓，加之印度、波斯等地的动植物春药，使得他权力欲以外又添勃勃的性欲。其实，权臣家中的金银美女不会招致忽必烈恼恨，阿合马最主要的罪状如下：
其一，阿合马爱妾有一人名叫引住，家里私藏两张鞣制过的人皮，全须全尾，“两耳俱存”，审问半天，也不知受害者是谁，引住招供说：“诅咒时，置神座其上，应验甚速。”其二，一位陈姓画师为阿合马画两幅帛画，“画甲骑数重，围守一幄殿，兵皆张弦挺刃内向，如击剌之为者。”其三，有位名叫曹震圭的人为阿合马“推算”过生辰，妄言休咎。其四，算卦人王台判为巴结阿合马，妄引图谶，称其有九五吉相。
忽必烈作为笃信密宗和萨满教的蒙古人，最相信“怪力乱神”，认定阿合马有诅咒自己早死之事。于是，在下令把四个人剥皮以外，又下诏捕诛阿合马在朝中位列大官的子侄，没收全部财产。
这还不解恨，忽必烈命人把阿合马尸体从坟墓中挖出，在通玄门外戮尸，然后纵放皇家猎狗群扑而上，把阿合马尸身吃得一块不剩。
百官士庶，聚观称快。
此次交手，真金太子派获得胜利，把省部阿合马党人七百十四人清除出去。由此，阿合马家族不仅灰飞烟灭，其党羽也皆上了“黑名单”，大有永世不得翻身之势。
飘飘然之余，真金太子及其幕僚忽视了一个事实：
阿合马擅取敛财近二十年，没有忽必烈背后撑腰，他可能这样为所欲为吗？行事太过，老皇帝能不产生想法吗？