刘裕自率大军讨刘毅。出发前，他称诏以宗室司马休之为荆州刺史，使刘道怜为兖青二州刺史镇京口，使豫州刺史诸葛长民监太尉留府事。由于对诸葛长民不放心，刘裕乃加心腹刘穆之为建武将军，配给军士，让刘穆之提防诸葛长民。

安帝义熙八年（412）冬十月，刘裕以王镇恶为前锋，授其轻船百艘。

临行前，刘裕告诫王镇恶：“若贼可击，击之；不可击，烧其船舰，留屯水际以待战。”

王镇恶乃苻坚名臣王猛之孙，自是计谋多端。他首先派人烧掉刘毅在江津的大小船只，自率步卒全船上岸，直奔江陵城杀来。

半路，有人问到来的兵将是何人，王镇恶均遣人说是刘兖州（刘毅）亲军。因此，一路之上，他们没有造成任何惊扰，也无人阻挡。

离城五六里远，刘毅亲信将领朱显之正好带兵要去江津。与王镇恶军打了个照面后，他心起怀疑，问：“刘兖州何在？”

王镇恶军士回答：“在后面。”

朱显之心疑，径直策马向后军赶，却不见刘毅影踪。忽然，他发现这些兵士皆携带攻城器械，鬼鬼祟祟。远望江上，江津船队燃烧的大火正烧红半边天。大叫一声“不好”，朱显之掉转马头奔回城里向刘毅报告，下令关闭各个城门。

王镇恶和他手下兵士跑得也不慢，几乎是和朱显之同时疾驰入城，因此江陵诸城门未及落闸，王镇恶军已经冲入。

几番恶战，刘毅退入牙城，仍与司马毛修之等督士卒力战。

刘裕送与刘毅的诏敕及赦文，刘毅看都不看，均立时烧毁。

刘毅手下有不少建康士兵，而进攻的台军（都城卫戍军）与这些人中不少都是中表亲戚，双方一面格杀一面交谈，刘毅军士才知此次刘裕本人真的是率军亲来，于是人情骇散，渐渐不支。

傍晚时分，刘毅听事厅前的卫兵已散败而去，勇将赵索也阵亡。

刘毅的亲兵仍旧忠于职守，犹自紧闭东西阁拒战。

半夜，毛修之由于先前与刘裕有私交，知事不济，自己带人逃走。刘毅自率几百兵士，从北门突围，一路与王镇恶兵士勇斗，杀伤殆尽，至江陵城北二十多里的牛牧佛寺时，他身边已无一个从人。

刘毅紧拍寺门，要入内躲藏。寺僧隔着门缝表示拒绝，说：“从前我师傅收容了逃跑的桓蔚，被刘卫军（刘毅）下令杀掉，现在，我们实在不敢收留陌生人。”

七年之前，刘毅平灭桓氏，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。

刘毅愣了半天，叹道：“为法自弊，一至于此！”

眼见逃藏无地，刘毅在寺门边找了棵歪脖树，自缢而死。

转天早晨，有人发现刘毅尸体。人死罪不免，刘毅尸身仍被抬入江陵市内，斩首示众，兄弟子侄皆伏诛。

刘裕至江陵后，宽租省调，节役原刑，礼辟名士，荆人大悦。他又打又拉，体现了政治家一贯的伎俩，成效不错。

“处理”了刘毅，刘裕下一个“惦记”的目标人物，就是督豫、扬等六州诸军事、留守建康的诸葛长民了。

诸葛长民是琅琊人，虽有文武干用，然不持行检。桓玄时，曾引用他为“参军平西军事”，不久就因贪污险些被罢免。刘裕等人伐桓玄，诸葛长民因为怨恨之故，踊跃相从，事成后被封为辅国将军。后来，诸葛长民率众击败桓歆，其部下又击退慕容超于下邳，应该说是个具有相当军事谋略的小人。

骄纵贪侈，不恤政事。他四处纳财收贿，家中美女珍宝无数，大营宅第，残虐百姓。由于所行多不法，诸葛长民很怕刘裕日后会纠劾他的罪行，其弟辅国将军诸葛黎民也劝说：“刘毅宗族覆亡，我们诸葛家也要有准备啊。趁刘裕未还建康，应该先发制人才好。”

本性贪财之人，拥易舍难。诸葛长民思来想去，犹豫不决，叹道：“贫贱常思富贵，富贵必履危机。今日欲为一布衣百姓，岂可得乎！”

私下里，诸葛长民修书给冀州刺史刘敬宣，表示要“共图富贵”。

刘敬宣是名将刘牢之之子，一直做人小心谨慎，回书婉拒，并把诸葛长民写信给自己的事向刘裕汇报。

刘裕闻之，更坚定了对诸葛长民的诛除之心。

为了试探周遭反应，诸葛长民趁上朝办公的时候，假装无意，问刘裕亲信刘穆之：“外边纷纷传言刘太尉和我有过节，是真的吗？”

刘穆之何其聪明，冷静答言：“太尉率军征行，把老母弱弟留在京城，托付给您，如果他对您有二心，能这样做吗”？

诸葛长民闻言，稍稍心安。即使如此，他仍是忧心忡忡，常对左右讲：“昔年醢彭越，前年杀韩信（喻指刘毅被杀），估计快轮到我了！”

刘裕确实心中很害怕诸葛长民在建康先发制人，诸如挟持安帝、以自己家属当人质什么的，便制作各种假象拖延归期。同时，他又命军队、辎重日夜兼行，先返回建康候命。

听说刘裕要旋师，诸葛长民等朝中百官好几天都从早至晚在城郊外的驿亭等候。

刘裕怕中埋伏，迟迟不露面。

待深夜时分，刘裕得知属下大军已经布满建康城，才连夜乘轻舟由水路急达建康，潜入东府。

转天早晨，忽然听说刘太尉已在府署办公，诸葛长民又惊又怕，赶忙亲自前往东府拜见。

刘裕见到诸葛长民，像没事人一样，笑谈如平日，命人大张宴席，两人在密室纵谈痛饮极欢。本来十二万分紧张，如今见刘裕如此友好地对待自己，诸葛长民终于把心放在肚子里，猛灌美酒，不停地搜索枯肠，找好听虚美的词语夸赞刘裕。

数杯过后，诸葛长民站起来，刚刚要进新谀之语，早已埋伏好的刘裕卫士从背后一根绳子紧勒住这位爷的脖子。

刘裕仍坐于原处，边饮酒，边笑看诸葛长民蹬腿摇手、舌突睛出的恐怖死状。

杀掉诸葛长民后，刘裕立刻派人干掉了诸葛长民的几位兄弟，斩草除根。

诸葛长民大弟弟诸葛黎民骁勇绝人，力斗而死；小弟弟诸葛幼民逃于深山，仍被人告发擒斩。

从头收拾旧河山——刘裕北上灭后秦　

公元405年（安帝义熙元年），益州将侯晖等人趁东晋内乱之际，拥当地大族谯纵为主，称成都王，割据一方。谯纵称王后，向后秦姚兴称臣，联合桓玄堂兄桓谦，不停进袭东晋，给荆楚之地造成很大威胁。

刘裕在击灭刘毅之后，立刻就破格提拔大将朱龄石，发大军自外水取成都，又发疑兵佯攻内水，使谯纵分兵弱势。公元413年（安帝义熙九年）6月，晋军攻破成都，谯纵走投无路，自缢而死。至此，巴蜀皆平，重归东晋所有。

大胜连连之际，刘裕做事更加无所顾忌。宗室司马休之在荆州上流之地，颇得江汉人心，其子谯王司马文思，本性凶暴，常和一帮侠客混，在都城建康骄纵肆虐，引起刘裕的忌心。他派廷尉审验，杀掉司马文思的手下，并把司马文思执送给司马休之，意思是想让司马休之在江陵治所杀掉司马文思。

毕竟是自己亲生骨肉，司马休之只是上表要求废掉司马文思谯王的封号，向刘裕写亲笔信道歉而已。

对此，刘裕非常不悦，就于公元415年初在建康杀掉司马休之次子司马文宝、侄子司马文祖后，发兵进攻江陵。

司马休之毕竟是宗室，立刻起兵抵拒，雍州刺史鲁宗之等人也起兵响应。

刘裕初战不利，女婿徐逵之以及数位亲信大将战死，迫使他自己不得不亲自出面，于四月率大军渡江，一战大败司马休之四万军队，攻克江陵。

无奈之余，司马休之父子以及鲁宗之等人逃往后秦依附姚兴。

至此，东晋国内再无与刘裕抗衡之人。朝廷下诏，授刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，并封刘裕第三子刘义隆为公爵，以刘裕之弟刘道怜为荆州刺史。

安帝义熙十二年（416）三月，后秦皇帝姚兴病死，太子姚泓继位，主懦国疑，终于让刘裕盼来了北伐平秦的最佳历史时机。

后秦皇帝姚兴，字子略，羌人，自太元十九年（394）即位起，共为帝二十二年。姚兴之父姚苌，是中国历史上人品最差的帝王之一。当年苻健开国不久，其大将苻黄眉杀姚襄后，俘姚苌，准备立时斩杀，幸亏当时同为大将的苻坚解劝，留姚苌一命，并以公侯之礼下葬了姚弋仲、姚襄父子，待姚苌可谓仁至义尽。淝水大败后，姚苌以怨报德，雪上加霜，不仅趁乱起兵反叛，最终还把苻坚大帝缢死于新平佛寺，十足缺德带冒烟。

姚苌晚年，常于宫中梦见苻坚率鬼兵来抓他，大半夜满宫殿乱跑，被卫士当成妖人，挺矛刺中阴部，流血不止。虽经包扎稍有好转，阴部感染，阴囊肿得像个大西瓜。死前，姚苌一直跪伏于床，不停向半空叩首，连连称：“臣苌，杀陛下者兄（姚）襄，非臣之罪，愿陛下饶臣一命。”

姚苌虽缺德，其子姚兴却是中国历史上少有的仁德帝王（当然，史臣不以正朔对待他）。

姚兴即位后，平灭苻登，大定关中，彻底清除了前秦残余势力。姚兴以儒兴国，劝课农桑，收用贤士，广纳善言。公元399年夏，由于当时国内天灾频频，姚兴做出自降帝号之举，这也是中国历史上少有的事情。同时，他礼敬宗室，惩治腐败，交好邻国，曾作出一次割十二郡给东晋的友好举动。

作为帝王，姚兴车马无金玉之饰，后宫无纨绣之服，十分勤俭廉平。而且，姚兴时代，也是佛教传入中国的一个高峰期，佛经翻译大师鸠摩罗什深为姚兴礼敬，自此州郡化之，求佛者十室有九。礼佛的同时，姚兴的儒学教养已臻至境，是十六国帝王中具有极高修养和个人品德的佼佼者。