桓玄掌权后，“增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名”，已大有权臣跋扈的风范。同时，他对桓氏族人大加封赏：以其兄桓伟为安西将军、荆州刺史，以堂兄桓谦（桓冲之子）为左仆射，加中军将军，领选（掌管朝中用人权），以堂兄桓石生（桓豁之子）为前将军、江州刺史，以堂兄桓修（也是桓冲之子）为右将军、徐兖二州刺史。同时，他委命自己的谋士卞范之为建武将军、丹阳尹，又命自己的姐夫殷仲文为侍中（此人还是殷仲堪堂弟）。

与前代诸权臣一样，大事安排完毕，桓玄出镇姑孰。朝中大政，皆要他点头后才可施行，小事则决于桓谦、卞范之。

桓玄初当政，黜奸佞，擢俊贤，百姓欣然，朝臣推戴。没过多久，这位名家子弟的真面目便暴露出来了，他凌侮朝廷，幽摈宰辅，豪奢纵欲，众务繁兴。于是，朝野失望，人不安业。

不久，桓玄相继诛杀了高素、竺谦之、刘袭等昔日的刘牢之手下诸将，遇害之人，皆北府旧将，多是晋廷有功之臣。

异己清除得差不多，桓玄暗示朝廷，加封自己为豫章公，食邑七千五百户。接着，他自导自演，先上诏表示要“北伐姚兴”，又自己派人以朝命“下诏阻之”，暴露出他虚荣好大言的轻佻习性。

在姑孰，桓玄造数艘轻巧小船，遍载书画古玩奇物。有左右问其原因，桓玄说：“兵荒马乱，倘有意外，这些东西轻而易运。”

大家闻之一笑，心里皆开始有轻视桓玄之意。

安帝元兴二年（403）九月，桓玄亲兄桓伟病卒，桓玄想以堂兄桓修代领荆州刺史一职，为其属下所阻，说：“桓谦、桓修兄弟专据内外，权势太重。”于是，桓玄就以堂兄桓石康（桓豁之子）为荆州刺史。

兄长病死，桓玄加快了篡晋的步伐。其左右亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，私下已经把九锡文和册命准备妥当了。

元兴二年阴历十月丙子，晋廷以桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。封王、开府、置官、加九锡，这是篡位的第一步。

桓谦私下问来京城述职的彭城内史刘裕：“楚王（桓玄）功高德重，朝廷上下均认为将有禅让之事发生，卿以为如何？”

刘裕马上表示：“楚王，桓宣公（温）之子，勋德盖世，晋室衰微，民望已移，乘运禅代，有何不可！”

桓谦大喜：“卿谓之可，即可耳！”

其实，早在来京之前，刘裕与高参何无忌就想在山阴起兵讨桓玄，但当地人孔靖劝他：“山阴离建康道远，举事难成。现在桓玄未篡位，不如待其篡位之后，于京口起兵纣之。”

所以，刘裕期待的，就是桓玄篡位事成的那一天。枭雄气度，自是不与凡人相同。

十一月，桓玄假惺惺“上表请归藩”，同时，他又派人让大傻子安帝写手诏“挽留”自己。

桓玄还到处使人散布钱塘临平湖开、江州甘露降这样的“符瑞”，宣示自己登帝位的“吉兆”。

和王莽一样，才子出身的桓玄想在国内废钱用谷帛作交换单位，恢复肉刑，于是，国内制度大乱，最终一件事也没办成。

和古今大贪一样，桓玄喜好古人书法、图书、名宅、腴田。只要听说别人有他喜欢的东西，必把对方请到府中，以赌博的方式取为己有。试想，和桓玄赌博，谁敢不输啊！

桓玄数世贵公子，尤喜珠玉，竟然天天把名贵首饰握在手心，把玩不已。

各项工作准备就绪，公元403年阴历十一月丁丑，卞范之作“禅诏”，派临川王司马宝逼安帝照猫画虎抄了一遍，禅位于桓玄，文武百官，皆诣姑孰劝进。

十二月庚寅，桓玄筑坛于九井山。壬辰，继皇帝位，追尊桓温为宣武皇帝，桓温正妻南康公主为宣武皇后，封其子桓升为豫章王。

继位之后，当然要改元。桓玄喜欢吉利文字，就改元为“建始”，诏下，右丞王悠之忙进言说“建始”是“八王之乱”中赵王司马伦篡位用过的年号。桓玄马上下令更改，改为“永始”，但这个年号又是当年大奸王莽当权西汉时的不祥年号。

冥冥之中，似乎已经预示了桓玄政权崩溃的结局。

接着，桓玄下诏封安帝为平固王，迁于寻阳软禁。此举还算厚道，桓玄对司马宗室及安帝兄弟均未加屠害。

改朝换代已毕，桓玄的仪仗大队从姑孰出发，向建康皇宫进发。当日，大风异常，所有的仪仗旗皆被吹折刮散。

桓玄临登御座，大龙椅子忽然散垮，朝臣们皆仓皇错愕。

幸亏殷仲文有捷思，忙在一边说：“陛下圣德深厚，地不能载也。”

知识分子拍马屁，就是有板有眼，恰到好处。桓玄大悦。

晚上宴请群臣，桓玄内殿中坐帐以黄金为檐饰，四张雕木金龙，羽盖流苏，极尽奢华。

群臣私下相语：“此帐颇似王莽篡位时所造的‘仙盖’，金龙者，亢龙有悔也，皆不祥之兆！”

桓玄为了宣示他的仁主形象，以皇帝之尊，亲坐殿中面审罪人，罪无轻重，都一律释放，以示其“宽仁”。百姓中不少有当街拦乘舆呼冤叫贫的，桓玄时时散金银与之，行此小惠，以惑人心。

同时，他本性苛细，喜欢炫耀自己的学问大，臣下奏事，连笔划之间稍有细误，都会被这位皇帝以御笔朱点而出，必加纠挞，以示自己聪明。由此，天子似吏，其臣下苦不堪言。

桓玄凡事都“亲力亲为”，东插一腿，西伸一脚，自任官员，手书条令，最终导致纲纪不治，案牍山积，法令不行。

桓玄好排场，大开建康诸殿大门，重修宽广的驰道，兴造可容三千人坐的大辇，以两百人牵曳（可入吉尼斯大全）。他还爱好出外打猎，令人制作了极其精巧的“徘徊舆”，机关众多，转动灵活，近乎现代汽车的古代版。

同时，桓玄日夜笙歌，游宴无度，即使在为其兄服丧期间，也“不废音乐”。由于土木频兴，徭役繁重，督迫严促，致使百姓愁苦，纷纷思乱。

说来也怪，桓玄篡位后，东晋各地守将立时起兵的人很少，只有益州刺史毛璩（东晋名将毛宝之孙）拒不受命，传檄周遭，进屯白帝，准备进军讨伐桓玄。

为了拉拢朝臣镇将，桓玄对刘裕分外看重，提拔他为徐兖二州刺史，并在朝会后盛大的酒会上向他亲自敬酒。

桓玄的皇后刘氏有鉴人之明，对老公说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之！”

桓玄不从，表示：“我正要平定中原，只有刘裕这样的人才英武可用。等到关、洛平定，我再想除他的办法。”

刘裕还京口，正所谓放虎归山。他马上与何无忌等人密谋兴复晋室，讨伐桓玄。同时参与密谋的，还有竟陵太守刘迈的弟弟刘毅。

主意已定，刘裕遣人入京联系，又招兵买马，以刘穆之为主簿。

公元404年春，何无忌诈称诏使，率人骗开京口城门，直冲府门，立斩桓修，占领了京口重城。

刘毅之兄刘迈怯懦，在京城接到刘裕等人的密信后，惊吓过度，手持密信向桓玄“自首”。

桓玄大惊，立封刘迈为重安候，斩杀与刘裕有联系的王元德、童厚之等人。第二天，桓玄想想不妥，又杀掉了刘迈。刘迈这个侯爷当得冤枉，不过十二个时辰。

眼见天下乱起，桓玄只得硬着头皮加以应付。他以堂兄桓谦为征讨都督，以姐夫殷仲文代领桓修军职，派手下悍将吴甫之、皇甫敷率兵抵挡刘裕。桓谦等人要求马上齐集大军先发制人，桓玄以持重为由，不从。

眼见桓玄眉头紧锁，忧色满面，其左右就劝解：“刘裕乌合之众，势必无成，陛下何必如此忧虑。”

桓玄此时倒有见地：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无余储，樗蒲（一种博戏）一掷百万，何无忌酷似其舅（刘牢之）。此三人共举大事，何谓无成！”

果然桓玄的乌鸦嘴很灵。皇甫敷、吴甫之二将与刘裕苦战江乘（今江苏句容），均被斩首，全军覆没。而此时的刘裕，其实手下总共只有将士不满两千人。

闻听二将死讯，桓玄惊惧。他命桓谦、卞范之等人合军二万，坚守覆舟山（今南京太平门附近）。

不进退守，桓玄败象已定。

刘裕军早晨进食一饱，悉弃余粮，以示必死之心。进至覆舟山下，刘裕先派羸弱之兵多带旗帜登山，以为疑兵吓唬敌军。接着，又把军队分成无数小队，数道并进，布满山谷。

桓玄得报，认为刘裕军士四塞而入，觉得对方人多，心中打鼓。

桓谦所统军士，大多是北府兵旧人，以前大多受过刘裕指挥。进攻开始，刘裕、刘毅身先士卒，手下将士皆死战前冲，无不以一当百，呼声震天动地。

桓谦军队一时大溃，许多先前的北府兵也不战而降。

桓玄方面，在派遣桓谦等人出战的同时，已经做好逃跑的准备了。他让殷仲文在码头城附近预留数艘大舟，接到桓谦败讯，桓玄率兵数千人，带着儿子桓升和侄子桓浚两个小孩，以赴战为名，从南掖门往外逃奔。

途中，桓玄昔日的下属胡藩扣马进谏，劝他率余军与刘裕决战。桓玄以手指天（大意是“天亡我也”），鞭马而走。

跑至码头，他坐上船就跑。由于逃亡仓猝，众人一天都没进食。

夜间，左右进献粗米饭一碗，桓玄惊惧交加，竟不能下咽。其子桓升才六岁，抱其胸轻拍，安慰这位悲伤的“父皇”。

桓玄悲不自胜。

刘裕入据建康，焚桓温神主，尽诛桓氏未及逃跑的宗族。

桓玄逃至寻阳，带上废帝晋安帝等人，“迁都”江陵。一月之间，他倒也威势复振，有众二万，楼船器械甚盛。

至此，如果总结失败教训，养兵休整，桓玄还有翻盘的可能。但他却埋怨诸将无能，轻怒妄杀，使属下之人纷纷离怨。

桓玄接连接到败报。桓振（桓玄堂侄）、郭铨、何澹之、郭旭等人数道皆败归。

不忿之下，桓玄自率战舰二百艘，以苻宏、羊僧寿为先锋，前往峥嵘洲（今湖北鄂州江上）与刘裕军决战。