王珣、车胤得召进殿后，王国宝不仅没下令杀掉对方，反而问计于王珣：“王恭、殷仲堪两人起兵，我该怎么办？”
“二藩起兵，不过是与您争权罢了，彼此之间没有深仇大恨，不必忧虑。”王珣说。
“会不会他们得势后把我当曹爽一样处理呢（即司马懿诛曹爽三族故事）？”王国宝这一问，更暴露了他政治方面的“天真无邪”。
“怎么可能那样？即使您有曹爽的罪过，难道王恭等人有宣帝（司马懿）那样的魄力吗？”王珣“安慰”王国宝。
王国宝闻言稍安，扭头问车胤的看法。
车胤表示：“如果朝廷发兵讨伐王恭，他一定凭城坚守。相对之时，殷仲堪乘上流之势，一鼓而下，直奔建康，到那时候，您又该怎么办呢？”
经这一席话，王国宝吓得面如土色。杀人的事情早已忘得一干二净，他赶忙上书自求解职，诣阙待罪。
本来手握朝廷大权、禁卫军权、人事调动权，王国宝竟被车胤几句话吓破胆，主动提出辞职，连稍作反抗的表示都没有，确实是庸劣之极。
不久，他本人后悔，诈称有诏，自己恢复了自己的职位。他辞职也就辞了，或许还能保得一命。王国宝估计回府后被王绪一激，他又后悔，想再要有所动作。
一番折腾，本来就怯懦庸下的司马道子，也知道这位“左右手”根本不可倚恃。为了平息二藩起兵，他就把一切过错委于王国宝，派人把王国宝、王绪逮捕入狱。很快，司马道子称诏赐死王国宝于狱，杀王绪于闹市之中。
二王兄弟的人头还真管用。王恭罢兵，退还京口。殷仲堪虽声附王恭，一直犹豫未敢真正发兵。听见王国宝被赐死的消息，他才上疏举兵，遣部将杨佺期进屯巴陵。司马道子亲自写信劝止，殷仲堪也顺坡下驴，率兵还镇。
事情暂告一段落。
树欲静而风不止。司马道子的世子司马元显才十六岁，当时以宗室身份得为侍中。此少年“有俊才”，早熟老到，认为王恭、殷仲堪肯定会再次起兵，劝其父早做准备。
司马道子见儿子所见不俗，大喜，拜司马元显为征虏将军，配了大批兵将归他指挥调度。同时，司马道子起用宗室谯王司马尚之、司马休之兄弟为心腹，派司马尚之的参谋王愉（王国宝异母兄，先前并未因王国宝而获罪）出任江州刺史，用为形援，以备王、殷两人的再次起事。
桓玄方面，见王恭、殷仲堪初次起兵无功而返，自己也没捞到便宜，便上书请求朝廷调任广州。
会稽王司马道子正好心忌桓玄在荆州殷仲堪治内二人相互呼应，马上照准，调任桓玄为广州刺史。桓玄虽受命，仍旧在原地不赴任，拖延行期，以观时变。
豫州刺史庾楷对朝廷割其属下四郡由王愉掌管表示不满，上疏劝阻，朝廷不许。怀恨之下，庾楷派儿子庾鸿劝说王恭：“谯王司马尚之兄弟现在掌握实权，比王国宝还坏，目的是要借朝廷名义削弱方镇，要篡夺帝位。现在他们谋议未成，应先下手为强。”
王恭早就怀疑司马尚之兄弟对自己的外甥安帝不利，听从庾楷之议，通使殷仲堪、桓玄，联合再次起兵。
司马道子闻变，派人去拉拢庾楷，说：“昔日我与您欢饮帐中，恩同骨肉。如果王恭得志，肯定认为您是反复小人，到时就怕您身首家族不保！”
庾楷很生气，提笔为书道：“当初王恭赴京拜陵，正是因为畏忌我才没敢起事。去年之事（指杀王国宝前的王恭起兵），我一直俟朝命而动。我待王爷，从未相负。但王爷不敢并力抵拒王恭，反而杀掉王国宝以自保。自那时起，天下人还有谁敢为王爷尽力呢？我庾楷可不敢以身家百口人命开玩笑。”
庾楷、王国宝两人是好友，因此，他不仅仅是为王愉分割他属下辖郡而恼，也是因老友王国宝被司马道子当替罪羊杀掉而恨恨不平。
闻知庾楷已答应王恭共同起兵，广征士马，朝廷上下惶扰不已。
年方十七岁的会稽王世子司马元显初生牛犊，丝毫不畏，劝其父说：“先前不讨王恭，故有今日之难。如果再放纵他，大祸可就会降临您头上了。”
司马道子忧惧，不知所为。于是，他悉以朝政托付给这个儿子，天天饮酒消愁。
司马元显虽然年少，志气果锐，初生狗崽不怕虎。一些附会奉承之人，均誉赞说司马元显神武不凡，有东晋明帝之风采。
由于王恭第一次起兵时徘徊观望，殷仲堪一直很觉自己没面子。此次兴兵，殷仲堪急不可耐，但他自己不会将兵，便把军事指挥权统统交给时为南郡相的杨佺期。
杨佺期为先锋，率水军五千先行。桓玄领兵继之。殷仲堪自带二万军，殿后而行。
桓玄心怀鬼胎自不待表，这杨佺期也非善茬。按理讲，杨佺期九世祖杨震是汉朝太尉，世为弘农大族。西晋永嘉大乱后，杨氏渡江稍晚，其后又没能及时与江东名族缔结婚姻，故而一直受到排抑。杨佺期为此“慷慨切齿”，很想因乱举事，一泄怒气，并趁机使杨家重新进入名族之列。
安帝隆安二年（398）九月，杨佺期、桓玄兵船刚至温口，王愉连一箭也未敢发，仓皇逃往临川。
晋廷上下硬着头皮，会稽王司马道子以其世子司马元显为征讨都督，派卫将军王珣、右将军谢琰（谢安之子）带兵讨王恭，遣谯王司马尚之将兵讨庾楷。
庾楷慷慨义气了半天，一战即溃，单骑奔归桓玄。桓玄有智谋勇力，在白石大破官军，与杨佺期连兵直逼横江。
司马尚之、司马休之兄弟大败。晋军各路皆退，只得回兵固守石头城。
闻听盟军得胜之际，王恭更是洋洋得意。王恭素以才地傲人陵物，杀掉王国宝后，感觉更是好奇，马不停蹄地想立兵威以自肆。原本，这位皇上大舅本无任何野心，可权力场中滋味诱人，总会使人欲罢不能，流连不已。
王恭之所以有恃无恐，两次起兵，全赖其属下南彭城内史刘牢之。
刘牢之这个名字，在淝水之战中给人大有横空出世之感。正是他率五千“北府兵”，一举击溃苻坚手下名将梁成两万之众，临阵斩杀梁成及数名前秦大将，极大鼓舞了东晋将士的必胜信心，奠定了东晋在淝水大战最终大胜的坚厚基础。
淝水之战后，刘牢之率兵北伐，进屯鄄城，河南城堡承风归顺东晋者甚众。后来，后燕的慕容垂与苻坚在北方开战，东晋派刘牢之驰援苻丕（政治就是这样，没有永远的朋友，也没有永远的敌人。东晋、前秦双方相互击刺矛头的鲜血未干，现在又变成盟友共同对付鲜卑人）。
王桥泽一役，晋军因争抢辎重，军伍散乱，为慕容垂所击败，刘牢之策马跳五丈涧，才得以逃脱，完全是刘玄德小说演义的翻版。
此败之后，刘牢之冲天煞气似乎一下子消失殆尽。后来，他竟因为不救廪丘被围的友军，坐畏懦免官。
王恭出镇一方后，为讨王国宝，重新任用刘牢之。但王恭自以累世高门，又自恃皇帝亲舅，待刘牢之没什么礼数，只以爪牙武将遇之。为此，刘牢之心中深怀耻恨。
司马道子的世子司马元显知悉此事后，这个少年阴谋家大喜，忙派人劝说刘牢之抛弃王恭，并答应事成后以王恭的职位转授予刘牢之。同时，司马道子本人卑辞下意写亲笔信给刘牢之，陈说祸福。
刘牢之在得到会稽王父子的利诱之初，还有些犹豫，就与自己的儿子刘敬宣商量：“王恭受先帝大恩，又为皇帝亲舅，不仅不奉戴王室，却数次举兵向京师。克捷之日，他难道会屈于天子和会稽王之下吗？现在，我想奉顺讨逆，反击王恭，你以为如何？”
刘敬宣明白老爸心思，忙说：“朝廷虽非尽善，也无大恶。王恭自恃兵威，暴蔑王室，诚为逆子贼臣。大人您与王恭亲非骨肉，义非君臣，虽然有一段时间共事，关系并不融洽。反戈讨之，有何不可！”
刘敬宣一席话不无道理，但也有亏心之处。假设王恭不起用刘牢之，恐怕这位英雄就一直荒废蹉跎了。
父子帐中密议，岂料窗外有耳。王恭的参军何澹之手下探知此事。何参军马上密报王恭。
恰巧，何澹平时与刘牢之不和，王恭也一直知道这两位手下常有磨擦，就认为是何参军诬告刘将军。他不仅不信何澹之，王恭还摆酒宴请刘牢之，并于众中拜刘牢之为兄，精兵坚甲，全部交给他指挥。
此举，确是死催。王恭平时对刘牢之大大咧咧，只以部曲手下态度轻待。听了何澹之的报告，王恭竟一反常态，拜刘牢之为兄，态度急转，天上地下，倒会使刘将军更加疑惧，反而促成他的速反。
王恭派刘牢之与帐下督颜延一起出征。没走几里，刘牢之就斩杀颜延，向朝廷（其实就是会稽王一方）投降。同时，他派其子刘敬宣和女婿高雅之率劲兵驰还，直捣王恭大营。
王恭没有任何心理准备和军事准备，当时正在城外检阅军队，忽然就见穿着本军军服的兵骑杀到面前，登时军溃。他只得单人独骑向曲阿方向奔逃。
这位大名士不会骑马，颠了数里就把大腿两侧磨得鲜血淋漓。幸亏曲阿有个从前的老部下殷确，不忘旧情，划着小船载上王恭，准备送他去桓玄处“避难”。
半路，两个人突遇见殷确的仇人钱强。钱强曾被殷确因偷税“处理”过，心怀怨恨。今见殷确船中有人，就估计到是王恭。他马上向政府军告发，王、殷二人均为晋廷抓获，押送都城建康。
王恭未及入城，便被会稽王司马道子下令在建康东北郊的倪塘斩首。