义军退去后，朱益浚和同知张绍焮大打出手，外抓内查，大肆搜捕和屠杀参加起义的革命党人和革命群众。将俘虏的义军全部押到码头边斩首，取下首级悬挂在北门城墙上示众。又将与义军有牵连的道标士兵300余人带到天王庙神灵面前，以掷筶（一种卜具，用类似黄牛角的弯竹蔸剖半而成，占卜者在神前投掷，观其俯仰，以定吉凶）定生死。掷得圣筶者无罪开释，掷得阳筶者进行体罚，掷得阴筶者就杀头，于是又屠杀了73人。

凤凰北门城墙旧照，辛亥革命时这里曾经挂满革命志士人头。

从十月二十九日到十一月初的六七天内，官府每天都要捕杀数十人，甚至上百人，遇害人数近千人之多。一时血染镇筸城。据辛亥革命《烈士纪念碑》碑文记载：“所遭骈诛之惨，城北溪水为之赤。”

凤凰文人沈从文之父沈宗嗣也是这次起义的组织者之一，沈家更是起义活动的联络点，义军首领经常在他家来来去去。对于凤凰光复前那次失败的起义，沈从文有着清晰的记忆：“这一夜中城里城外发生的事我全不清楚。等到我照常醒来时，只见全家中早已起身，各个人皆脸儿白白的，在那里悄悄地说些什么。大家问我昨夜听到什么没有，我只是摇头。我家中似乎少了几个人，数了一下，几个叔叔全不见了，男的只我爸爸一个人，坐在正屋他那惟一专用的太师椅上，低下头来一句话不说。我记起了杀仗的事情，我问他：‘爸爸，爸爸，你究竟杀过仗了没有？”，“小东西，莫乱说，夜来我们杀败了！全军人马覆灭，死了上千人！”正说着，高个儿叔父从外面回来了，满头是汗，结结巴巴地说：‘衙门从城边已经抬回了410个人头，一大串耳朵，七架云梯，一些刀，一些别的东西。对河还杀的更多，烧了七处房子，现在还不许人上城去看。’于是我就在道台衙门口看到了一大堆肮脏血污人头。还有衙门口鹿角上、辕门上，也无处不是人头。”

谭延闿接任都督后，对湘西光复之事十分关注，派老同盟会员龙璋以西路巡按使名义前往常德，负责湘西光复事宜。龙璋采取了一系列重大措施，带领新军进驻辰州（沅陵），这为湘西各厅县推翻清朝统治创造了有利的形势。

起义失利后，***大屠杀并没有把“光复军”吓倒。唐世钧等传书四方，奔走呼号，再次大集松桃、凤凰、乾州、永绥各地义军，誓攻凤凰厅城，擒斩朱益浚。田应全、张胜林、沈宗嗣和刚返凤凰的同盟会会员罗绍武、贺成达等密议，乘人心惶惑、草木皆兵之际，由田应全刻制“湖南都督府”大印，缮写告示，到处张贴。朱益浚及所属官兵见状惶惶不可终日。

此时，凤凰镇标请饷官滕代春和举人聂仁德由省城归来，大力宣扬长沙光复之功，歌颂义军爱民之举，并说：“省城要俟凤凰光复后才能发饷，我们回至途中，亲眼看到镇台长子周瓒奉同盟会之命，已将杨让梨捆送西路巡按使龙璋处法办…”消息传出，人心振奋。

凤凰镇台周瑞龙鉴于这一形势，在他女婿田应全、儿子周瓒的敦促和影响下，支持革命的态度逐渐明朗而坚定起来，公开表示不再接受朱益浚的调遣，城内的革命者也积极行动起来，将干柴、火药堆集在道台衙门外，声言朱益浚如果再不投降，即焚烧衙门，斩其全家。

1911年12月30日，同盟会员田应全等与青年学生向明瓒、张伯琨，以及刚由省奉命回厅策动光复的凤凰籍军官杨新国、曾君聘等，在天王庙举行地方父老和绅民大会，动员大家站在义军一边，为凤凰光复出力。会后由乡绅戴星门执笔写信通牒朱益浚，促其下台退位。

辰沅永靖兵备道员，刚上任的湖南巡抚朱益浚这时已经陷入四面楚歌的处境。外，有革命军压境；内，有光复军起义；全国，到处都是反正的枪声，满清龙旗一面面被打落，象征共和的旗帜不断飘扬在全国各地城头。朱益浚终于明白，如果还不趁机“下坡”，凤凰城头将悬挂他的脑袋。朱益浚只好与谭延闿任命的西路巡按使龙璋谈判。朱益浚与龙璋谈妥条件，“愿洁身引退”，弃官返回江西原籍。”

12月31日，朱益浚在道台衙门和城墙上降下了清王朝的龙旗，升起白旗，宣布投降。凤凰城内外张灯结彩，鼓角齐鸣。谭延闿还是给了朱益浚面子，派出兵员以都督名义一路护送其回籍。

凤凰这个清廷在湖南的最后堡垒终于垮塌，宣告了清朝在凤凰乃至大湘西统治的结束和一个新时代的开始。

至此，湖南全境光复。