教案的发生，一方面使得当地民众对传教士的排斥加剧，但另一方面，教案后，基督教在湘西的传教事业却得到了迅速的发展。光绪三十年(1904)，美国基督教复初会接手了英国教会在沅陵的教务，利用辰州教案的赔款，在“花垣、茶峒、保靖、古丈、乾城、所里和县内黄土铺、马底驿、凉水井、乌宿、清水坪、南岸等地均设立支堂和讲道所，并在沅陵城区马路巷修建永生堂、医院、学校。此外传教士们在传教过程中采取更加灵活的方式，“教会对受洗奉教的教徒实行免费教育，医疗和儿童托管，使信教民众得到实惠，以吸引更多的人加入教会。”
除此外，还有一部分信教群众是通过“辰州教案”看到“洋教”的势力，加入教会，可以寻求到教会的庇护。" 1922年，基督教在沅陵几乎遍及大半乡镇，发展教徒1184人。”基督教势力的增长，也使得天主教的传播也出现了转机，得到了发展，“男女教徒由最初的几十人增加到了931人”。
在清末至民国兴起的新式教育让人们对西方文化的了解口益深入，尤其是随着清政府的倒台传统的儒学地位开始动摇，使得基督教的传播在思想上的障碍相对减少。
进入二十世纪以以后，各国的传教士就纷纷进入湘黔边地区，基督新教湘西信义会(驻津市)的芬兰牧师安南果、梅先春在光绪二十七年(1901)来到慈利传教，而后新教传入大庸(今张家界市)和桑植等地。清光绪二十九年(1903)，德国基督教内地会牧师康满协同中国传教士由长沙来到芷江传教，而后传入怀化、麻阳、晃县等地。1908年，基督教传入永顺，随后传入保靖、沪溪、永绥、凤凰、古丈等地。“据不完全统计，到1919年，在这一地区传教的新教各国传教士共四十名之多，传入的新教各派就有博爱会、内地会、福音会、复初会、北信义会等。”此时天主教西班牙奥斯汀会也开始在湘西各地的传教，但基督新教比天主教规模更大，主要是英国、美国、德国等新教国家的各教派，包括中华信义会和中华基督教会以及基督教内地会等。
在辰州教案发生地沅陵县沅水边马路巷，当时还叫“自由路”。1903年，美国基督教复初会利用“辰州教案”赔款，先是在此修建宏恩医院，次年动工修建永生堂。1905年，天主教会在“老城下南门正街”亦开始动工，即沅江边的自由路口。此后三四十年内，马路巷周边，陆续建起多幢牧师楼、修道院，以及中学与小学。 1913年基督教会创办的“中西女子小学堂”后来成为了贞德女中附小。天主教会同样创办多所医院、护校与学校，散落在马路巷周围以及官庄等地。
苗族精神世界的重塑—排满兴汉运动中兴起的蚩尤崇拜
清代末年，在魏晋南北朝时期构建的苗族盘瓠崇拜已经少有提及，而在排满兴汉运动中，苗族的蚩尤崇拜被提了出来，并被苗族知识界所接受，在其后被不断放大和完善。
蚩尤是中国远古时的传说人物，九黎族首领，逐鹿之战被黄帝擒杀。蚩尤活动的年代与华夏族首领炎黄二帝同时，距今约五六千年。九黎及其首领蚩尤，作为神话传说或历史，经史诸子多有记载。
从记载看，蚩尤在与炎帝进行的战争中是取得了全面胜利的。在接着与黄帝进行的战争中，蚩尤就没有那么幸运了，炎帝在与蚩尤的战争中失败后，“大慑，乃说于黄帝”，终于说动黄帝向蚩尤又发动了进攻。《史记五帝本纪》对这场战 争进行了简略的记述:“轩辕之时，神农氏世衰。诸侯相侵伐，暴虐百姓，而神农氏弗能征。…而蚩尤最为暴，莫能伐。…蚩尤作乱，不用帝命。于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于逐鹿之野，遂擒杀蚩尤。而诸侯咸尊轩辕为天子，代神农氏，是为黄帝。”
经此一战，显赫一时，威震天下的蚩尤战败被杀。这以后失去了首领蚩尤的蚩尤部族集团逐步退出了在中原的角逐。有关上古时期黄帝炎帝联盟与蚩尤之间的这场冲突，时隔两千多年后的战国时代以后的诸多典籍均有追述。如《尚书》、《管子》、《国语》、《山海经》、《龙鱼河图》、《吕氏春秋》、《史记》等。
但是，蚩尤遗裔的大部分并未就此分崩离散，他们仍然作为一个部族集团存在，并保持着顽强的生命力和凝聚力。据有关古籍记载，蚩尤遗族就是后来尧舜时代的“三苗”，又叫“苗民”、“有苗”。根据《史记孙子吴起列传》中“在德不在险。昔三苗氏左洞庭，右彭蠡，德义不修，禹灭之。”的记载，从前三苗生活的区域左边有洞庭湖(今湖南洞庭湖)，右边有彭蠡湖(今江西鄱阳湖)，“三苗”和“三苗国”的地域，大致在今江汉、江淮平原和江西、湖北、湖南一带。由于于尧、舜，特别是夏禹不断地大规模征伐，“窜三苗于三危”，“分北三苗”，“三苗”部落集团被打垮和瓦解了。随之，“三苗”、“有苗”和“苗民”诸称呼，也就不再见诸于记载。
当三苗集团被不断征伐后，一部分被消灭，一部分后来归属了夏王朝，但在荆州的广阔山泽和偏远地带仍分布着大量的三苗后裔。经过夏代四、五百年的发展，至商、周之际，在南方又形成了一个新的庞大的部落集团，这就是史籍所载的“荆蛮”、“蛮荆”(有时又称“荆楚”或“荆”)。
苗族和古代的“三苗”就是这样联系了起来。
事实上，汉文典籍虽然浩瀚，在“三苗”与苗族之问关系上因材料缺乏一直存在争论，而蚩尤的“九黎”时代比三苗时代还要早千余年，要找到能够直接说明两者之问关系的有力证据就更困难。先秦时代的汉文史藉能够支持蚩尤与苗族有关系的材料，事实上只局限在两点，一是诸如《国语》、《礼记》等史藉中有关“三苗”是“九黎之后”记载可以将苗族间接地和被视为“九黎”首领的蚩尤联系起来。二是如《山海经》等史藉中有关蚩尤所弃之“栓桔”“化为枫木之林”的记载，被作为有力的证据，和现今见于黔东南一带苗族地区的枫木信仰联系在一起。
除上古传说的尧、舜、禹时代的“三苗”外，其后被视为与现今苗族具有最为直接关系的“苗”的记录最早是唐代樊绰所著的《蛮书》。进入宋代以后，南宋大儒朱熹在其《三苗记》中，描述了现今湖南一带“猫’吸“苗人”的情况，并将其与尧舜禹时代的‘三苗”部落联系起来。
清末“排满兴汉”运动这时积极地区构建和宣传苗族的这段历史，有其历史背景。
清朝末年中国在经历了“甲午战争”、“义和团运动”等一系列失败后，面临着空前的亡国危机。这时期，随着“民族”这一概念经由日本传入，“种族”与“民族”之说开始大行其道。种族言说成了革命派低毁满清政权合法性的最为锐利武器之一。而后，随着革命思想的传播，革命派提出的“炎黄子孙”的口号逐渐获得海内外华人社会的普遍认同，“苗族”也被视为汉族进入中原之际发生了最初对抗关系的“土著民族”;而过去被奉为“战神”的蚩尤，随着“炎黄子孙”言说的形成与流传，也进而从“始作乱者”被贬斥为“异族”的首领。
真正让这个观点得到传播却是章柄麟、刘师培、邹容、陈天华、康有为、梁启超等都是清末“排满兴汉”的民族主义运动中的对立两派的著名人物。