此时与湘黔边区相邻的川渝等地区，基督的传播和发展徭顺利些。以和腊尔山苗疆毗邻的贵州苗区来说，早在道光二十七年(1847)，法国天主教就在贵州成立了独立的教区，传教士们逐渐深入到了贵州苗区，而后又深入到了今重庆的酉阳和黔江的苗区传教。第二次鸦片战争以后，天主教在贵州的势力得到了迅速的发展，至19世纪末，外国基督教传教士已经深入到了贵州和重庆的苗区的大部分州县，并建立起了基层教会组织。到清光绪二十二年(1896)，教会势力已经开始渗透到雷公山苗疆。
基督教在湘黔边苗疆真正有所发展是进入二十世纪以后，尤其是在进入民国以后，基督教在这里的势力得到了极大的发展。1900年的义和团运动虽然使得基督教传播受阻严重，但是在此之后，基督教却得到恢复并得以迅速的发展。
基督教之所以能够在进入二十世纪以后在腊尔山苗疆和沅水流域有所发展，主要还是因为义和团运动被镇压，使得教会势力大增。《辛丑条约》中规定中国人不能参加反帝的组织与活动，要求各省的官吏必须保护外国人的安全，否则就要被革职，永不叙用。此外清政府在对各地教案的处理中，许多地方官员被撤职查办，官员们从中看到了洋教的实力。而教会方面利用庚子赔款，新修了一些教堂、教会学校和医院等，这些都使得基督教在中国影响口益增强，助长了教会势力的扩张。
经济因素也是一个原因。苗疆日益卷入了资本主义市场。随着一系列不平等条约的签订，通商口岸的增加，进入湘西地区的洋货也越来越多。到了20世纪初，洋货开始充斥着湘西地区的市场，其中以“美英两国的最多”。此外帝国主义还掠夺湘西民族地区的桐油、木材、茶叶和土特产。美国当时为了便于收购桐油，在湘黔边的沅陵、所里(吉首)、洪江等地都设有炼油厂。
辰州教案的发生成为基督教在湖南西部传教事业发展的分水岭。1902年，由于在辰州传教的英国传教士和地方民众的矛盾激化，引发了辰州教案。辰州教案发生后，清政府血腥镇压了参与教案的民众，并按英国政府的要求给予了赔款。
这里山峦阻隔，交通不便，生活在这里的各民族早已形成了本民族的文化和多神崇拜为特征宗教信仰。基督教在早期的传播中，因依仗不平等条约和清政府的庇护，与当地苗族和土家族的多神信仰从本质上就有冲突，传教士们不法的行为无疑成为了本来就抵制基督教的当地民众的仇恨助推剂，可以说教案的发生是湘西民族文化与基督文化冲突的必然结果。湘西地区发生的影响较大的与教会的冲突事件主要有:1898年的洪江驱逐教士事件、1902年的辰州教案和民国十八年(1929)发生在怀化花桥的“花桥教案”等。
1898年，美国传教士雅学诗由常德到洪江传教。6月到达洪江时，他们的船只刚抵达河岸还来不及上岸，就有不少岸上群众向船投掷石块。当地官员为了避免冲突，要求教士不得上岸，传教士只得将船开至下游停泊，但他们不死心，于是要挟地方官员保护其在洪江传教。地方官员怕得罪教士，只好派兵引教士船只到河岸停泊，但是群众又开始聚集，用石块向船只投掷，更有甚者准备上船烧船。最后传教士被兵船救走，而传教士的船被愤怒的群众烧毁。群众的斗争引起了地方政府的恐慌，他们向传教士赔礼并赔偿一千八百余银元，派船只保护传教士回常德。事件发生后，美国驻华公使向总理衙门提出抗议，要求将传教士送回洪江传教，但是在洪江民众的一致反对下未能实现。
清光绪二十八年(1902)，辰州县城(今沅陵县)发生了一起群众自发冲击教堂，打死外国传教士的事件，史称“辰州教案”，这对湖南西部沅水流域民众的信仰冲击极大…
清光绪二十五年(1899)英国驻汉口领事馆派传教士管耀卿到沅陵传教，因入教者只有两人。半年后，管耀卿因传教不得力被召回，由英国传教士胡绍祖和罗国俞接替。胡绍祖和罗国俞二人一方面以行医为手段，吸引群众入教，但另一方面，又常常与当地的地痞劣绅勾结，欺压百姓，并与教内的寡妇萧张氏私通，民众及其痛恨。
光绪二十八年壬寅夏六月，也即1902年7月间，当时的湖南辰州府府治所在地沅陵城内，爆发了一场瘟疫。沅陵县志有这样的记载：患者无数，而传染又速，旬日之间，城厢皆遍。蔓延及于四乡，死人日多，人心惴惴，朝不保夕。到了8月份，瘟疫蔓延，城乡死亡千余人，人心愈恐。城内外水井，都用木栅围护，群众日夜巡守。在河中汲水，恐近岸有毒，移船至急流汲取。一时间沅陵城乡恐怖气氛蔓延，甚至还造成携带防暑药的多名路人被当地人怀疑是投毒者而被击毙冤死。
辰州百姓听说上面将派兵镇压，异常惊恐，城内谣言四起。沅陵县志记载：或以为省兵将至，或以为洋兵将至。环城十里，无分良萎皆剿，迁避逃匿，一城皆空。时正秋收，村民散布田龙，偶见军衣人，即以为兵至，哄然而遁，禾稻尽弃。妇女夜闻呼声，弃儿女赤体狂奔。
9月5日，湖南巡抚俞廉三下令：将辰州知府、沅陵知县、总兵、参将、都司一律革职，并委派沅陵东关厘金局总办何俊廷为知县。何奉俞廉三令，缉捕“凶手”，无辜群众300余人被捕。英国驻华公使向清政府提出抗议，清政府完全屈服，决定由双方派员共同处理。英方由驻汉口副总领事翟兰思，中方由湖南抚院派辰沅永靖兵备道庄赓良及洋务局督办蔡乃煌来沅处置。将逮捕的300余众，严刑拷打，指张白狗、张永太、贾三、王大、尹牛儿、李老大、高老九、何家二佬(14岁)等十名百姓为凶手，由英方翟兰思等监斩，用大炮轰死，史称“辰州教案”。
辰州教案并非满清王朝发生的规模较大的涉外事件，但因为庚子变乱刚过不久，清王朝对此类事件自然格外惧怕。因此上谕震怒，“朝廷慎重邦交，迭经降旨严饬各省地方官于所属教堂教士实力保护，不啻三令五申。乃辰州府又出此重案。该处文武各官事前既未能预防，临时又复坐视不救，殊堪痛恨”。因此对失职官员处分极重：都司刘良儒因闭门不纳求助之教士，被“即行正法”；总兵颜武林因对经过其门首的打教人众置若罔闻，不往保护教堂，被处以斩监候；知县万兆莘因“卸任在即，有心推诿，谣言初起，不能立行禁止，以致酿成巨案”，被“充发极边，永不释回”；知府吴积銞被“革职，永不叙用，并流五年”。
一起教案，抓捕百姓300多人，杀10人，官员1人死刑、1人死缓、2人流放，满清朝廷出手之狠，前所未有。同时“罚辰州官绅英金一万磅(约合白银八万余两)，除抚恤被害校时家属外，拨充教会善举”，并立“永久做戒碑”于辰州府前，永以为戒。