凤凰厅敬修书院毁于战火，嘉庆十二年(1807)巡道傅鼐重建，置学田600亩。二十一年巡道姚兴洁迁建于学署左，有学舍10间，“肄业者多不能容”。二十五年护道袁廷极迁建于东街，有学舍34间，制订条规，规定设馆师、监院、首士、学书等，馆师必“品醇学优之士”，临院则由教官充任；每年招生员正附课各16名，童生正附课各20名，额外附课则不限；每月官、馆四课，均课“四书”文一、经解一、排律一；正课生童三课列后者降为附课，附课三课列前者升为正课；生童正附课膏火银分别为1.2两、6钱、8钱、4钱，另每人月给“课饭银”1.2钱。永顺李奇珍等曾为山长。屯防正支项下开销。”
还有一些从苗疆出去闯荡的军人，功成名就之后，自感自身文化的缺失和家乡文化的需求，也积极参与到苗疆的教育建设中来。如前文所介绍的筸军将领吴自发建于得胜营的三潭书院，竣工之后，又用剩余银两购置良田，得二百余亩作院产（俗称学田）。三潭书院对博学多才的先生，以优厚的薪俸延聘。对在院攻读而家境贫穷的生童，由院产项下供给其餐宿和书籍文具以及灯油等费用。生童学成赴府厅科学考的，还发给旅差费。同时，书院设置课业奖、佳作奖、优等奖、超前奖等多种奖学金额，鼓励生童奋发学习，力图进取。
除此之外，书院开放式的教学特色，也使得儒学声教能够直接覆盖其所处之周边。苗疆各书院之条规皆定有“额外附课不限额数”之规，这不仅意味着民苗子弟受教于书院不受名额限制，且鉴于书院固有之传统，乡民村老、牧夫竖子，代表主流意识的儒家行为规范、伦理纲常也可通过这样的方式渗入社会，成为影响苗疆社会风俗变迁、人文改易的重要因素。
潕溪书院居镇溪所峒河北岸鳌鱼峰，又名吴鹤祠、新文昌阁。吴鹤，镇溪上土劳人。明正德年间随哲学家、教育家王守仁游学辰州（今沅陵）、江西，得理学真传。因不乐仕进，遂归教于乡，在上土劳、司马溪等地开馆授业，“虽牧夫竖子，皆受其教”，深为后人景仰。清乾隆三年（1738），乾州厅同知王玮设义学两处：一在镇溪所（习称“所里”，今吉首）；一在乾州城厅署西，“颜以额‘潕溪书院’”，六十年（1795）毁于乾嘉苗民起义。光绪十八年（1892），回乡守制的所里人徐凤翔仿岳麓书院规制，捐资新修书院于鳌鱼坡现址，增建文昌阁，并立鹤公祠祀吴鹤。
镇溪所潕溪书院旧址现在尚存
光绪十三年(1887年)，乾州厅建考棚，可容三百人。是年，乾州厅人、卸任总督杨岳斌丧母，在籍捐修文庙、书院，筹添乾州凤凰永顺保靖乡试号舍，出家资运谷米平案。光绪十八年(1892年)乾州厅镇溪重建澳溪书院，并建鹤公祠，纪念明代苗族哲学家吴鹤先生。
光绪十九年(1893年)，龙山县城整修始建于雍正十一年的文庙;永顺知县朱益浚修建大乡书院。光绪二十年(1894年)，龙山县知县李智铸捐款购书五万余册，赠白岩书院，部分图书至今尚存。
一般而言，书院在招收生徒时侧重于多招生员，而辅以培育童生。因为在科举唯是的前提下，书院教学的目标难以脱离科举的牵引，生员即是书院培育科举人才之主体。然考察苗疆书院的学额，却发现其所反映的情况却与他地书院之普遍情形恰好相反，童生额数明显多于生员额数。其实，这个现象不仅体现了苗疆书院的特异性，同时也恰好地反映出了乾嘉苗乱后苗疆教育的现实情况。
当然随着苗疆文风的逐步振起，最大限度地造就科举人才，后来成为了苗疆书院的主要发展方向。而且，随着苗疆举人数的逐年递增，苗疆书院还承担起了训练举人科场校艺技巧的职责。如道光元年(1821年)，在答刑部侍郎张映汉奏议苗疆事宜的请折上，即语曰:“现经该道发给膏火，合其在书院肄业，苗举人俱愿就学”。
其实，为了使书院生童能够不断积累科场应试的技巧与经验，书院的课试还有很多。如敬修书院即规定“每月初二、十四口，本道官课;初三、二十三口，馆师馆课。”而立诚书院则是“每月初三、十八口分别道厅两课”。至于课试内容，则“均课四书文一篇，经解一道，排律一首”与，即与科举考试内容大同小异。课试之后，遂榜示甲乙，以区别奖惩。敬修书院规定“正课生童，三课列后三名者，降作附课;附课生童，三课列前三名，升为正课”，相比之下，立诚书院区分更为详细，奖惩内容也更为实在，其在每次课试后，即将“生员分别超特壹等，童生分别上中下取”而后，“奖赏超等上取生童共给谷一十二石，按月道厅两课分别照给。”地方官员希望以这种物质奖励的形式，促使苗疆学生往科举那条路走的意图已经暴露无遗。
公费旅游也行—苗疆对生员科考的支持
苗疆兴办义学和书院算一开始是重视教育设施建设，但是到了一定阶段后苗疆官员的注意力就在鼓励学生参加科举考试上了。
书院经常也以膏火资助等物质奖励的形式鼓励生童参与科考。
所谓膏火，照明用的油火，古代多指求学的费用。
凤凰厅敬修书院规定，生员参与岁试，可预支两个月的膏火，而逢大比之年，则可预支五个月的膏火。立诚书院则是对“乡试之年岁试一二等暨三等前三名生员，道屯防给盘费谷十石，如无花红，正案正课生员准照给盘费”。不仅生员参加岁考、乡试能够获得资助，即便是童生，参与院试或其他课考也能获得经费的奖励。
立诚书院则定为“童生厅试岁科考取前十名暨考取正课者，道屯防给卷费谷一石，盘费谷四石，均田大户子弟勿论有无考取前十名暨正课，均照案概给卷费盘费。”