以上善后章程七款，全部都是针对腊尔山苗疆地区营武废弛，军纪败坏而制定的。因此，新定章程严定稽查该道所辖道标练勇，不得招募外来无室游民充补，改以本地土著民屯内挑充，分匀安置三厅，该道每年赴各厅巡阅二次，以散其势而易制。该道所辖官员之任意克扣及预借折利兵丁钱粮之弊，从严厘剔，不准丝毫沾染。该道标练勇额设教习之赏银，自应照例如额充挑，其加赏银两如数给发，仍责成各教习，约束所隶散勇，毋得生事;如有不受约束者，享明究治。该道镇标为兵丁买备屯米存贮，自应按照买价扣算，严禁影射盘剥。该道自应按二次出巡，照例从实给发赏号，庶群苗咸知感戴。该道员一缺，不得将就滥行题升，至该处所属之各厅同知，并宜随时严加甄别，不得以贪劣之佐杂等员，藉称熟悉，贻误地方。
善后章程的条款颇为具体，对于湘西地区营武的整顿，扫除侵吞扰累各积弊，无疑具有一定的效果。
这是针对流官的，其实苗弁这时也问题多多。
苗弁口碑不好，这和他们在朝廷权力体系中地位有关。他们在朝廷官僚体系中地位卑微，薪俸也不高；但他们掌管着“苗屯”、“苗仓”，有一定的经济权力；他们还能“管束苗民”，在苗疆内还是有比较高的地位。这就极易造成他们的权力寻租和贪腐。
原来的苗百户、寨长根还在苗寨，还能为苗民说话，总还算苗族圈子的人，屁股往往还坐在苗民这边。但现在的苗弁由于在利益上与朝廷官员联系得更紧，往往为了自己一点利益对苗民进行敲诈勒索。苗官之权重于汉百户，苗官之恶汉百户犹不能及之.
苗民摒弃了血缘亲情，乡土情谊的摩络，他们不再片而地区分什么“客民”与“苗民”(当然，苗汉间的隔阂仍客观存在)，而将“富苗”和“苗官”视为一丘之貉，“富苗”和“苗官”，往往是苗民首当其冲的重点打击对象。例如道光26年(1846年)，乾州、水绥、风凰三厅苗民，用“合款”的形式组织群众和平抗租，被清政府拒绝，结果酿成数千苗民于乾州厅杨孟寨揭竿起义。起义军焚烧各处屯仓，杀屯官’，抄没了苗族土守备龙人用、石文魁、吴水清等人的家产。11月，自一先“攻子儿寨富苗石老才，掳其家财，”接着“开排料、岩落寨仓，运其积谷;开阳孟寨仓，焚之”。12月，“款苗数千”，攻风凰厅鸭堡寨苗守备吴水清家，“杀水清苗勇七名，焚其庐舍。”
“准世袭制”苗官’虽不能世袭，但因其职小权大，文武兼管，加之山高皇帝远，滥用职权，视苗民如草芥，极尽敲诈勒索中饱私囊之能事，进则要风有风，要雨有雨，退则为苗中巨富驭控一方，故苗乡中富苗趋之若鹜。
这些苗弁常凭借权势，敲榨勒索，掠夺土地。如清未松桃的七大苗守备，就是突出的例子。其中白果坝苗守备石永魁势力最大.他利用权势，掠夺了产量达千多挑(每挑一百斤)的田地.人称“石家势力，占了半个松桃”。正是通过上述途径，至清朝末年，腊尔山苗疆已出现了不少占田二、三百亩至五、六百亩的大户。甚至还有占地数干亩的。如乾州厅石板桥的龙则灵兄弟，风皇厅米良的波耶等，都是拥有二、三千亩田地。
也正因为有这点利益，苗弁制实行至道光二十八年(1848)，经历四十余年的变迁，就已经是积弊丛生，出现了以钱买官。“以钱之多少定官之得失”。“一土守备也，而保升需钱千余串。一土把总也，而保升需钱数百串。即一土外委而保升，亦需钱百余串”。
既然买一土守备要花钱一千余串，一个土把总要花钱数百串，这苗官上任之后，为了弥补经济上的损失和发家致富，在办案等公事中只有敲诈苗民，从中获取大量钱财，不仅捞回买官的成本，还往往成为苗区巨富。例如，古丈坪厅的苗守备石把七，有田三千余亩，地跨乾州和古丈坪两厅。除此而外，还有大片的山林。苗官勒索苗民钱财，引起苗民痛恨，到了晚年，怕掉官职，遭到报复，又“不惜重价，先为其子买官，以承其职者”。
还有人数众多、分布广泛的苗兵与屯丁练勇等岗位的替补十分引人关注。年轻的穷小子们谁不希望有机会能补上这个差事，既有一份维持生计的收入又能过上集体生活?!然而这些岗位的替补程序多为非公开化的，这就给管理者营私舞弊提供了方便。一些分管屯务的书吏常将屯丁缺额私自补给自己的亲朋好友或行贿者，从中牟利。致使一些沿边土著居民常常与这些岗位无缘。这样，关于屯丁与苗兵替补的公平性问题成为一个持久的对话。御使贺熙龄还为此专门上了一道奏折，声称:“近则书吏舞弊，往往使应补者失业，不应补者赌求”，又“道光二三年间，有捏造舞弊之案。”
管屯备弃人员，贪贿营私，每遇练勇缺出，便以各衙门随带私人或外来游民充补，一方面容易造成事端外;另一方面则是大量田地为外人所占，导致诸多的屯丁无田可耕，生活困难。而该处屯长则多以衙门长随及书吏子侄滥行冒充，坐食公田，致使屯丁之业田尽成奸人之利蔽。至于当地的苗官，则多有擅受苗词，私设刑具，横索苗钱，及克扣苗兵口粮等诸多弊端，致使苗民“曲直莫辨，遂致结气衔冤，无所控诉。”苗兵深受层层克扣之苦。
必须到改弦更张的时候了
道光二十八年(1848）正月，刑科给事中陈岱霖针对湘黔苗疆地区的各项积弊，妥筹各项善后事宜，严定章程，肪列四款，其要点如下;
“一苗疆官员边捧宜履实扣算也;
一练勇粮缺宜令屯丁子孙挑补，不得以衙署私人等滥充也;
一屯长宜酌家裁汰，以杜侵亏也;
一苗官宜严加约束，以恤穷苗也。”
以上善后章程四款主要是针对苗弁而议定的。
因此，新定章程严定，嗣后遇有练勇缺出，务以记名屯丁，挨次挑补，不得以衙署私人或外来游民，滥行充补。若有违犯，除练勇本身革惩外，仍将该管屯备弃严加参处。该处屯长名数，酌家裁汰，遇有缺出，择选殷实绅奢充补，藉此安插屯丁。责成辰沅道及该管厅员，随时稽察，严加约束苗官，如有苗官擅受苗词，私设刑具，横索苗钱，及克扣苗兵口粮等弊，立将该苗备弃严行惩办。
这些章程遂成为清朝政府治理苗疆的准绳，至清亡都未有变动。总得来说，清后期苗疆社会相对稳定，与其后苗疆清朝廷官员吏治较严还是有关系的。
湘黔苗疆流官，只要能维护地方安定和发展做出贡献的能臣，一般都会就地升迁为封疆大员，或为道员或为督抚，清代对湘黔边民族地区流官的考核与升黯，考虑到当地的特殊情况，以大局为重，而且尽可能满足流官在当地任职要求。朝廷在制定政策时也会向这些地区倾斜，以维护朝廷在当地的既得利益。
如傅鼐原为凤凰厅同知，因在苗疆施行屯政后升为辰沅永靖兵备道道员和总管凤凰、乾州和永绥三厅边疆事务大臣，再升为湖南巡抚。
陈宝箴是湖南晚清民初重要人物，同样有过苗疆履职的经历。陈宝箴早年入曾国藩幕，1868年得曾保荐，被授以知府发湖南候补，曾赴贵州平定苗民暴乱。1875年（光绪元年），署理湖南辰沅永靖兵备道。从这个“履历”中可以看出，凤凰是陈宝箴官宦生涯中重要一站，正是从这里开始主政一方事务。光绪元年陈宝箴在凤凰时间并不长，大概只有两年，就因母亲去世，挂冠服丧。但在这不长的时间里，他为当地做了不少事，教当地山民植茶、栽竹、种薯，以苏民困。又率百姓凿沱江，最突出的就是疏浚沱江，结束了沱江不通舟船的历史，便利了凤凰与外部的交往。后陈宝箴先后任浙江按察使、湖北按察使，光绪二十一年（1895年）升任湖南巡抚，成为清末著名维新派骨干，地方督抚中唯一倾向维新变法的实权派风云人物。
陈宝箴（1831年－1900年7月22日），谱名陈观善，字相真，号右铭，晚年自号四觉老人，江西义宁客家人，光绪元年（1875年），署理湖南辰永源靖道事，治凤凰厅,晚清维新派政治家。
很多低层的流官后来都在苗疆终老终身。如朱凤藻，号晓山，浙江省钱塘人，嘉庆、道光年间以熟悉练兵，又懂得苗疆情况任职苗疆，开始任永绥厅茶洞镇知事，后任凤凰厅吉信镇知事，后解职，后留任为凤凰厅得胜营经历，平时热衷于研究学问，淡伯名利，后来朱凤藻于道光六年逝世，埋在凤凰厅镇筸擂草坡，义勇祠左边一列有供奉朱凤藻，正妻章氏，旁妻孙氏与朱凤藻合葬，朱凤藻的第三个儿子叫朱序宾，号六桥；第四子，朱序典，号敬堂，先后任职巡台书记，死后均葬于离朱凤藻墓很近的北边一带。