屯官由汉人任职。他们有被满吏控制的一面，又有控制苗官的一面。控制苗官的一面，集中表现在有“处分土官(苗官)之特权”。此外，每去一处办理屯务，“先有道单，通知土官(苗官)，土官(苗官)则预为招待，率士兵，远道迎接，名为迎接某大老。屯官回时，护送亦然”。被满吏控制的一面，表现在节面上任用，实际上满吏当权，屯吏只能按照满吏意志办事。
而为了有效管理苗疆，清朝廷还在苗疆设立了苗弁。
和琳奏议时，战争还在进行，苗官之数目没有确定。也是在嘉庆十年苗疆均屯田第二期工程结束后，由傅鼐在《苗疆均屯经久章程八条》中，将苗兵编制固定为5000人，苗官的数目随之确定为537人。计有永绥、凤凰、乾州、古丈、松桃五厅和保靖县等苗族聚居区，共设苗守备三十八名，苗千总八十九名，苗把总一百七十六穴，苗外委三百六十一名，总计五百六十四名。此外，在铜仁、酉阳、安化(今属松桃县)等且部分地区也设有少数苗官。
“苗官”主要负责催征钱粮，调派夫役，稽查户口和包括处理苗区的民事纠纷、盗窃案件，缉拿并处治犯罪分子，维护苗区社会治安等。同时，苗官还配备一定数量的苗兵，“照屯兵之例酌给钱粮”。以为苗官递送文报，逮捕犯人，维护社会治安等公务差遣之用。苗兵的配备，保证了苗官的职责和权利的行使和发挥。
苗官文武兼管，职卑权重苗官“最高衔限于武五品守备，下设千总、把总、外委。苗守备文武兼管，文事属道台、同知约束；武事隶游击、都司管辖。千、把、外委均清制下级军官”职称，仅守备勉为跻身中级职称。单从苗弁名称上来看，有守备、千总之类，似乎都是很高的职位。其实，这些苗弁称不上清朝政府的正式官员，他们仅仅是苗族的基层管理者。
苗守备，没有官署，“系就己宅作衙门。守备居宅，则称为总爷衙门。苗官不识文字，用有文案师爷1人，兼理诉讼案件，有夹棍、板子、铁锁、铁练等等刑具，威权颇大。苗人遇见苗官时，必须屈膝脆下。或被人陷害，则呼大老爷开恩救命”。
这些苗弁的薪俸极低，仅能维持一家人的基本口粮。嘉庆二年，湖广总督毕沅在一份报告中请求给这些苗弁以基本口粮。这份报告一直到下一年的正月才得到朝廷的正式批复：“苗守备每名每年给银十六两…苗千总每名每年给银十二两…苗把总每名每年给银八两…苗外委每名每年给银六两。”他们也承认“苗备一名每年所得饷银十六两尚不及各营战兵一年饷额。”也就是说苗弁中的最高官尚不及绿营中一名战兵一年的饷额。这种极低的薪俸，一般不可能维持这些管理者全职进行工作。为了家庭生计，这些苗弁必须从事农业生产，一面生产，一面完成管理工作。
苗官在朝廷权力体系中地位卑微，薪俸也不高，但在苗疆内还是有比较高的地位,不同于乾嘉以前“人微权轻”的百户寨长，他们催收屯租，掌管着“苗屯”、“苗仓”，有一定的经济权力；他们还能“管束苗民”，受理“苗民格斗窃盗等事”，办理“缉拿”，有行政和司法权；还统率苗兵，稽查户口，调解纠纷，征收屯租，管理屯田，维持治安，派夫服役等，事无巨细，均在其职权范围内。遇有动乱，苗官还有率所部应征之责。苗守备所辖村寨，少则四、五十，多则七、八十个。故苗官本身多为苗乡本地人，进退自如，游刃可余。
这样算来，苗弁的权力还真不小，政治、司法、经济权利都有了。
道光年间对苗疆管治的调整
道光年清朝对湘黔苗疆基本沿袭了嘉庆时期的政策，只是这时也出了一些问题。这段辰沅永靖道标练勇，除操练之外，别无职业，争胜角能，最称精悍，加以营兵共城，恃众逞强，遂有不受控制之势;而其额缺多有招募外来无家室游民充补，故其轻命逞凶，最易滋事，且难保非各处犯案通讨匪类，及至生事后，只身催法，无所顾忌。
练勇的问题，还是出在官员的身上。官员的贪腐问题最典型的是辰沅道翟声焕侵吞案。
道光十三年(1833)十一月，山东道监察御史常大淳上《奏条陈湖南苗疆侵吞扰累四款》，奏折中例数辰沅道翟声焕“虚存教习名目”，“捏造足额名额报部”，将朝廷每年拨给湘西屯兵练勇的钱粮“悉归私蠢”，同时侵吞修葺沿边碉卡款项，并将“各厅县完解屯粮报销银七百余两”以及每年巡阅五厅县苗寨之费用中饱私囊四大罪状，并声言“苗兵受其胶削，生计日处”，如不及时处置，“恐一旦激成事端，开系边防甚矩”。道光皇帝要求据实查办。
查出的问题不少。如凤凰厅额设备战练勇一千名，挑取三百名。作为教习。岁需加赏银一千余两。但辰沅道翟声焕并不尊照办理。对于兵勇钱粮多有任意克扣及预借折利之弊，以致兵勇生计日细，怨忿愈深。该道标练勇额设教习之赏银，该道多未如数给发，仅以虚名造册报销，以致散勇得以滋事。该道镇标为兵丁买备屯米存贮，多不按照买价扣算，以致兵丁食贵米，藉此图利。
辰沅道的官员，该道每年按惯例应巡阅二次苗寨，并加以赏号，但该道或间岁出巡一次，而每次详销之赏号，私图肥己，并不如数给发，以致群苗各生触望;甚至该道大开贿赂之门以充补苗官、屯长、屯丁，以致此等人员多为群苗所鄙，威望既无，贪鄙复甚，负乘致寇，势所必然。
道光帝闻折后，下谕:“凤凰五厅县屯苗，自嘉庆年间奏定经久章程，历次筹添未尽事宜，立法至为周备。总由该地方官奉行不力，以致日久弊生，必应力加整顿。著该督抚即遴派明干大员，将苗疆侵吞累扰各情弊，按款逐一访查，据实具奏，从严复办。”
随后，清廷开始对湘西积弊展开治理，惩处了许多违法官员。
清朝廷在处理完辰沅道翟声焕侵吞案后，有鉴于湖南苗疆地区积弊之严重，于是重新酌议制定善后章程，整顿营伍，以除积弊，杜绝后患。道光十六年(1836)六月，常大淳再上《奏条陈善后章程七款》，后经湖南巡抚裕泰等人详议后，获准实施。陈善后章程有以下要点：
“一该处道标练勇，宜分三厅安置，
一该处镇标兵丁、道标练勇额缺，以散其势也;宜于本处土著民屯择选精壮充补不准招幕外来无室家游民也;
一兵勇钱粮宜严禁克扣，并预借折利各弊，以赡生计也;
一道标练勇额设教习，并加赏银两，宜足实额，照例如数发给，以示奖励也
一镇标为兵丁买备屯米存贮，宜严禁影射盘剥也;
一该道每岁宜照例二次巡阅，如数从实赏号，以示优恤也;
一辰沅永靖道一缺，无庸拘泥曾任苗疆人员，以期得人也。”