到道光朝以后，种种问题又出来了。因为均屯田时每丁4.5亩田，全家维持基本生活没什么问题，但当第二代人丁增加时，土地就不够了。所以温饱问题还是困扰苗疆官员的老问题。苗疆官员不得不进行了多次产业结构调整，来提高农业的产量。
首先是大小麦推广到玉米的普及。麦与玉米传入苗疆数十年后，其种植面积还是很有限。这对急于增加土地产量的政府来说，自然是极其不利的。嘉庆四年(1799年)，阎广居以政府名义，在乾州推广大麦和小麦的种植:“因乾民向来不善种植二麦，阎故垂发给籽种，谕令依法广为种植，连年俱获丰收。”
同大小麦一样，在嘉庆之前，玉米在苗疆种植面积也相当有限，玉米在杂粮中的地位还不是十分重要。在乾隆二十一年((1754年)编撰的《凤凰厅志》中，物产一卷收录有玉米，但它在“谷类”中名次排在“稻、麦、高粱、芝麻、穆子”的后面。然而到了道光四年(1824年)的《凤凰厅志》中，其重要性就已经位列杂粮之首了
其次是茶油和茶叶的种植。经济作物调整目的只有一个，增加农民的收入。从十九世纪苗疆种植业结构调整的历史中，我们看到:做一个有为政府几乎是苗疆管理者长期的信念，尽管其中不乏所谓的坏官吏。
道光年间，油桐树作为经济作物，己列为经济作物之首，“沿山种之，自下而上，行列井然，厅民籍此以为利。”“贫富几恃以资生者，桐油、苞谷为最。”
民国二十二年，史语所在湘西调查时看到的成片的桐树。
到了鸦片战争之后，由于国际贸易的勃兴，苗疆油桐种植进一步扩大，桐油生产与交易几乎成为最大宗商品贸易。桐油带来可观的地方收入。因此，到了同治年间，管理者号召苗疆种植茶叶，以便在桐油收入的基础上再上一层楼，获得更多的经济收入。桐油种植首先在乾州厅取得成功，接着向其他地方扩展。这项作物推广也经历过漫长的过程。
光绪六年(l880年)，新任辰沅道但湘良还特地劝谕凤凰厅老百姓种植茶叶。同清代所有地方政府出的告示一样，但湘良示谕:凤凰厅属地方，山多田少，小民衣食艰难，山中杂粮土产除包谷桐油茶油以外，所出甚少，旷土尚多，农功未尽，何怪穷民衣食无资，朝不谋夕，甚至流为乞丐盗贼，害己害人，深勘悯恤。…茶叶一项，利息无穷.前道曾经购种分给各乡绅者，劝谕种植，奈乡民等不知造作布种之法，抑因家多贫寒，速于求利，盈浪不朝种夕收，以致实力奉行者，其属寥寥。是有利不兴，土多旷废，沟为可惜…合行出示劝谕，仰城乡绅庶人等知悉，即赴局承领茶种遍散。务令已知者益加努力，自致丰盈。（茶叶推广发生了长远的历史影响。时至今日，这里成为中国茶叶的重要产地，古丈茶叶已列入中国名茶，成为当地支柱产业之一。）
除了茶叶一项外，十九世纪后半期，朝廷官员还广泛推广茶油树种植。茶油树在湘西苗疆种植原本较早，但种植面积一直不大，产量也一直不多。到了十九世纪后半期，茶油树的种植面积大幅度增加，产量已与桐油相当。
通过不断的农作物调整，苗疆的土地产量大幅度增长，来调和屯租的矛盾。在水稻的基础上，苗疆的杂粮收成较以前成倍增长。而经济作物的调整，其意义更是重大。1796年以后，苗疆粮食产量的增长主要建立在农作物结构调整。大小麦与玉米的广泛推广，再一次将粮食产量推向一个新的高峰。苗疆土地收入可以养活更多的人口，也在积累更多的财富。当然，更重要的是，缓解了苗疆实行屯田所产生的矛盾。
厅县官、屯官、苗弁—屯田制度下复杂的苗疆官治
实行屯田制之后，朝廷在苗疆的统治，也变得更为复杂。
首先那套厅县官职还在。苗区厅和县的清吏，有文官和武官两种。文官的官职系统:厅之长官称同知，官级品位正五品，年俸银80两，养廉银600两，办公银200两。其下，有经历、巡检、训导 (或教谕)和典吏。
同知手下有一支庞大的差役队伍，如永绥厅同知，就有门子2名，皂隶16名，步快10名，库丁4名，斗级4名，禁卒12名，民壮30名，铺司20名，轿伞扁夫10名，共计105名。经历，管理出纳文书，凤凰、乾州和永绥三厅改为直隶厅后，兼管司狱，手下差役有门子、马夫、皂隶和民壮。训导，管教育，差役有学书、门斗、斋夫。巡检，掌缉铺盗贼，盘洁奸伪，设在厅城关隘或离厅城远者之地。他的差役有皂隶、马夫和民壮。知事职责与巡检同，差役经制攒典一名，皂隶2名，弓兵14名，民壮8名。
各县文职吏治的设置和职责与汉区相似，最高文官为知县，其下有县承、主簿、巡检、典吏等。知县掌一县之政，官级品位正七品。县承和主簿分管钱粮、户籍、征税、巡捕和河防等事。官级品位县承正八品，主簿正九品。典吏(未入流)，管稽检狱囚。
其次屯田，地广事繁，必须设专员管理。
清朝廷在苗疆设立屯千种(总)、屯把种 (总)、屯外委和屯额外屯官。这些屯官由厅标候补把总、外委、历年管带勇丁及熟悉苗性之营官任职。“屯千种(总)、把种(总)亦照营员咨部给，外委、额外由道发委”。后因屯田多，屯丁和苗兵人数多，事情繁杂，难以完成任务，又在增设屯守备、总屯长和散屯长的同时，充实了屯千总、屯把总和屯额外。屯官由原来的100名激增至250名，这些屯官的职责除操防之责而外，还督耕催种，保管屯仓，支发口粮，维修碉、卡、哨、台。
屯官的薪金，按绿营军的标准支付。守备每员岁支银330余两，千总每员岁支银181两，把总每员岁支银140余两，外委每员岁支银50余两，额外照马兵分发，每名岁支银30余两。总屯长和散屯长的傣禄不依营制，授给田亩。总屯长，每名授田I5亩，散屯长，每名授田7亩5分。
朝廷对屯官实行考绩和晋升制度。规定以五年俸满，“此五年内，如果实心办理，所管屯勇技艺纯熟，安分力田及备战勇丁训练有方，技艺日精，著有成效，屯把总、外委、额外遇有缺出，递相拨捕，千总准以苗孤守备题补”。