降苗听后，无不万分折服，苗人纷纷表示：“佥（众人）称仰蒙如此高厚恩施，从此各安生业，谁敢再有反复…”。和琳在鸭堡寨与湘西，苗族的对话，达到了他想要的目的。这个代表大会成为乾嘉苗族起义战争的转折点。许多苗族人从鸦堡寨会议中看到了希望，因而转移立场，从此成为国家的拥护者。
但是鸭堡寨会议是起义和战争还在进行，真正提出要求的人—起义军和苗族领袖并没有参加，虽然在对话中回应了苗族起义所要表达的一些诉求，但远还达不到与起义领袖一种平等的对话，体现的是朝廷为尽快结束战争的一种妥协，在当时的那种情况下《善后六条》还在在客观上起着瓦解义军、破坏苗民起义的作用。
四个直隶厅和五万驻军—苗疆机构升级和军事调整
也就是这时， 清王朝为了更好地管制苗疆，普遍将苗疆的行政级别进行了提升。
首先将松桃、凤凰、永绥、乾州四厅，从一般“散厅”升为“直系厅”。清代的厅本来并不是固定的行政单位，因初期知府常把自己的副手同知、通判派出分防，专管某些事务，其派出之办事处名之为“厅”，以后就逐渐形成为固定的行政单位。此外，在少数民族聚居地区，不宜设州置县，也设厅，派同知、通判为其长官。
一般的散厅多属知府统辖，与州同级。直属布政司管辖的，称为直隶厅。直隶厅与府、直隶州为同级单位。清代在全国设有直隶厅四十一个，好家伙，湘黔苗疆一下子就占了四个，全国直隶厅的十分之一。
各厅长官一般都是同知（正五品）。各厅的属官有经历、知事、照磨、库大使、司狱等，所掌略同于府属各官。
各设同知一员，地位高于一般州县官，与府同级，直接归道署管辖。并定新设松桃厅经历、新改铜仁县县丞、松桃盘石营巡捡、乾州镇溪主簿，改为“苗疆调缺”。升凤凰厅城和乾州厅城巡检为“苗疆经历”，重其职守。另添设乾州厅巡检一员，驻河溪要地；麻阳县添设县丞一员，驻毗连风凰边境要道之岩门。这样，再加上原来在凤凰厅城设立的辰沅永靖兵备道道署，形成了以凤凰镇筸为中心控制苗民管制体系。
辰沅永靖兵备道乾嘉苗民起义期间凤凰成了总督、提督和侍卫内大臣们出出进进的总指挥部。事平后，留驻这里治苗的道员是加了布政使或按察使衔头的（仅次于巡抚)。道，这一建制在清代并不算很显赫的，但加上了兵备道衔就非同一般了，当时全国只有八处，多设在关外，用之巩固清王朝的后院。在西南地区，则只此一家。辖一州、三府、五厅、十四县，管辖范围广，道员权力大，在湖南有“半边抚台”之称。用现代的话说，即相当于半个省长。当时下辖一州，即靖州(今靖州县)；三府，即辰州府、沅州府、永顺府；五厅，即永绥厅(今花垣县)、凤凰厅、乾州厅(今吉首市)、古丈坪厅(今古丈县)、晃州厅(今新晃县)；十四县，即沅陵、泸溪、溆浦、辰溪．麻阳、保靖、永顺、桑植、龙山、绥宁、通道、会同、芷江、黔阳。湘西苗族地区的永、风、乾、麻、古、保、泸，则是全道的统治重点，凤、乾、永三厅又是重点中的重点。
和琳还想到了设置苗弁—这也是回应起义领袖“苗子也要当官”的诉求…
和琳在进入“苗疆”不久，就陆续招抚了一些投诚苗军，让这些苗军随同打仗，同时给这些苗军按时发放粮饷，由朝廷从战时军费中支出。
而苗官的设置可能就和这些投诚苗军在扑灭苗民起义中的作用有关，和琳的初衷也许就是对这些降苗的战后作个安排，同时继续发挥他们的作用。嘉庆元年七月，和琳在《苗疆善后六条》中对苗官的设置做了设计：“此次各降苗内，节径随同官兵打仗出力，蒙恩赏给翎顶者，颇不乏人。应于此等降苗内，择其明白晓事众所推服者，照各省土官之例，每一营分酌设一、二人为土守备。土守备之下，酌设土千总、外委等，俾令管束苗民。其额数之多寡，以所管之寨落多寡为定。”
和琳的这个建议，得到朝廷的肯定，经军机处核议后，于当年八月份由嘉庆皇帝下旨颁行。此后成为“苗疆”的基本政策。
至于委任苗官的原则和条件，和琳的建议是:苗官必须由“降苗内择其明白晓事从所推服者”来担任。这就规定了担任苗官的人：一、必须是苗族；二、必须是“明白晓事”；三、必须是“众所推服”。
这三个条件用现代的话说，即民族成份、本人才干、群众基础。当然，任何时期、任何阶级都有其德才标准。可是，和琳这三条，基本改变了“向例汉人亦准承充，更无非是奸蠢无籍之徒”的原百户制滥、糟、杂的局面，在一定程度上尊重了苗族的尊严，给予了民族自理的部分权利。
和琳确定的还只是原则。嘉庆初期的苗官也许还有为了招抚苗族义军，不得不给以官职口粮，以定苗众，苗官点充由各统兵大帅全权定夺。
在军事调整方面首先撤消了清朝在苗疆内的全部军事设施。此前，在湘黔边境苗区，除如镇筸镇、铜仁府、永绥、乾州、松桃等道台、镇台、协台、厅台官署所在地驻有旗兵、绿营兵以外，还于苗疆内地如火麻营、强虎哨、晒金塘、仙镇营、鸭保汛、龙团、雅酉汛、栗林汛、暴木营等地设有军事据点四十八处，共驻清兵六千二百多名，这就大大限制苗区生产和苗民的人身自由。
当然，和琳撤消苗境内驻兵是为了实行“归并”，即将兵力集结于苗疆周围，以加强边界的防卫能力。而嘉庆二年(1797年)二月军机大臣阿桂、湖广总督毕沅、湖南提督鄂辉、广州将军明亮等镇压起义的大臣们也是沿着和琳的思路，在苗强边沿各州县增兵把守。
在苗疆东部，根据湖广总督毕沅奏议，以辰州为凤、乾、永三厅“苗疆门户”，“为云贵往来孔道”，“地方紧要”，将湖南提督由常德移驻辰州，并拨出营兵七百五十八名驻守，“就近稽查弹压”。征湘西苗疆南部，如麻阳之石羊哨、岩门。高村、烂泥(今兰里)等处苗民出入之重要孔道，均添兵防守”。
将苗疆西北四川境内之酉阳、秀山等州县之绥宁营升格为协，在原设军额六百一十一名的基础上，添兵八百六十九名，共一千四百八十名；将四川彭水、黔江原设之一营归绥宁协管辖，以壮声势。其接近湘黔苗区的汛堡，如秀山县之洪安、平块、峨容、平荼、石堤、石耶、滥娇、巴家．邑梅等汛，均增兵防守，计共驻兵六百五十亲名。“如此均匀添设，庶声势更为联络，足资控制，而营汛益昭严密”。
在苗疆西部的松桃、铜仁两厅县之苗区，在原有兵力基础人也增兵防守，计共两协。其中松桃协驻副将一员，都司一员，游击二员，守备二员，干总八员，外委、额外委共三十二员，共计驻兵二干六百一十五员，设十四汛(后增至十五汛)，建碉卡一百一十座。铜仁协则驻兵一千四百余名。这些驻军及其碉卡，多数分布于苗疆边沿和苗疆城乡要道上，相距一二里或数里，一旦有事，彼此声援。