最初是起义者四出烧客民村，后来苗族人内部出现了分裂，有的苗疆寨子投降了，成了所谓“顺苗”，自然引起了仍然战斗着的苗民的不满。这样，战火逐渐从苗疆外转向苗疆内。因此，苗疆内部出于内部整肃的需要，也烧与清军合作的苗寨。石代噶供说:“只得回来，寨子烧了，又没处居住。”“六、七月间，小的邀集六里地方各寨苗子，到处烧抢，不过抢得附近降苗寨里的东西。”焚烧村庄成为战争的最主要方式。
由于起义军不相统属，战争中毫无军纪而言。他们见客民就抢就杀，有时也有点不择手段。相对来说，他们在像凤凰、乾州、永绥和松桃这样的生苗区还是有所收敛的，如攻入乾州后也并没有大开杀戒，还是有一定的纪律；但是在熟苗区就没这么客气了，在东征扫荡麻阳时曾经将一地主家九口剥皮示众，在攻下浦市时也曾大开杀戒。这种杀戮使得苗族很快陷入了孤立状态，如在苗族起义军攻打镇筸城时，城内不仅仅是地主，包括一般客民、土民都给与清军一定的支持。
侵占苗民土地的不仅仅是地主、奸商、放高利贷者，也包括一般的客民，苗族起义将矛头指向“客民”也无可厚非。在这次起义中参加的“客民”并不多，甚至“熟苗”也很少响应。
起义军除放火抢劫外，就是杀人，见汉土民就抢就杀，苗疆在短短数月之中，难民即达到十数万人，这也使得苗族很快陷入孤立状态，并很快陷入内部分裂状态。
政府军造成的破坏并不亚于起义军。以福康安为首的清军，对苗族义军采取赶尽杀绝的残忍政策。他们每攻下一个村庄，即将老小拿住，稍加审讯即正法。
福康安每攻下一个所谓“逆苗”村庄，也采取焚烧方式。苗族义军出掠时，一边要打仗，一边要抢财物，其烧村庄的本意，大多不过使客民惊骇逃走，以免于双方遭遇混战。因此每次烧屋未必烧光。但清军则不同，每次战斗过后，总是有充裕的时间来将苗族村庄尽行焚毁，几乎每位带兵大员都在自己的奏章中汇报焚烧苗寨的战果。特别是福康安，他于乾隆六十年(1795年)二月到达苗疆，次年五月二十九日病死战场，前后仅15个月，其中在以他的名义上给皇上的奏折中就有23件奏报“焚烧苗寨”的战果。乾隆六十年(1795年)闰二月初十日，福康安得意的向乾隆皇帝汇报:“为臣驻正大营，亲自督兵痛杀苗匪，遍烧苗寨。…查三路共烧贼匪大寨二十六座…共挖得粮食约万余石，未经烧死牛马猪羊亦复不少。”
这一次尚是小规模的烧。著名的一次焚烧发生在乾隆六十年十二月下旬的擒头坡之战.“袅获首级二百余颗，(朱批:快意)遂分兵搜剿，立将骡马酮、坡脚山及附近之两岔河、川嗣、百果窑、五里碑等处各大山梁全行夺据。(朱批:快极)共计烧毁苗寨三百余户。”
粗略统计，各奏折中所列被彻底焚毁的苗寨，应在300寨以上(这还不包括未奏报的)。按道光二年(1822年)的户口资料，每村约有25户，以此作为基本标准推算，清军在平息起义过程中至少烧掉了7500户人家(约10000余栋房屋)。相当于苗疆苗族房屋的四分之一左右。
乾隆皇帝每每于“焚烧贼寨”的战报后批“实属可嘉”。乾看来，从皇帝到前线的总指挥，“焚烧贼寨”已经成为一种习惯。
当然也有少数汉族官员提出“从宽”的原则，无奈人微言轻，于事无补。如湖南巡抚姜最的幕僚严如熠给姜晨的建议中就有:“协从之宜宽也。逆苗盗边，敢于汉池弄兵;天讨所加，自当玉石俱焚。但黔楚红苗，生熟寨落，不下数千，未必人畜奸谋，则协从者自不少。…剿捕之时，宜许协从自首…大开自新之路，潜解众逆之心，是宽数百苗人之诛，而数万叛苗之党，可以永散。”
严如熠人微言轻，但作为福康安与和琳的继任者的毕沅也提出了不同看法，他于嘉庆元年(1796年)十月初向皇帝上了一道密折，希望及时收兵，以使苗族“存其种族”。“苗疆地方辽阔，户口滋繁，帝德好生，不忍不存其种类，计大兵所到，剿者极多。”
战争结束之后，苗疆面临恢复家园的巨任。绝大多数家庭都是从零开始，在被毁的遗址上搭盖一个“窝棚”(即简易的草棚)，有许多苗族难民连“窝棚”都不敢搭盖，因语言不通，他们又不知政府的政策，对“政府”与“客民”一概惧怕，只好躲进山洞或树林里逃生。
很多难民一贫如洗。军机处在核议和琳的“苗疆善后章程”给皇上的奏折中说，苗疆被难民人“屡遭焚抢之后，现在客民除回籍迁移之外，大抵赤贫失业。”
这些赤贫的难民主要分布在苗疆的凤凰、永绥、乾州三厅。和琳于嘉庆元年( 1796年)七月提出“自城址以内，直至黔川交界，三厅所属苗地，向来悉系苗产。此内如有汉民侵占之田，应一并查出，不许汉民再行耕种”建议。当战争平息，原来难民陆续归业，原边墙外撤出这一部分客民即无家可归，无地可，耕种。
另有就是边墙内的部分村落虽系汉土民村落，但自从他们逃走之后，此地现在被从苗族聚居区逃出来的苗族难民占住，他们一时也无处归家。(共退回苗民水田35001)亩)这部分难民不但要暂时经济接济，还需筹划长期的生计。否则，即便苗民起义被平息，留下的难民又会继续成为长期的历史难题，成为困扰政府的长期社会问题。
大量的难民这时又开始了迁徙历程。以龙姓为例，他们原住“冻得囊”(苗疆永绥董马库一带)，当地大概于乾隆十六年至嘉庆元年迁出三支，一支去了建始，一支去了四川。迁往湖北小茅坡营的一支，首先落脚到观音堂下，将祖人安埋;为了让了孙后代知晓，将一沱泥巴放在墓上。后又经过了后老屋场—土墙—沙道—木龙寨的迁徙路线，最后停驻在小茅想营”。清土朝镇压乾嘉苗民起义时，恰值鄂西“改土归流”之后，土司有大量荒地可以任由耕垦，给苗族的迁入提供了有利条件。苗族迁来时多住在平坝，后来认为高山有险可守，安全能得保障，于是由平坝迁到高山，挽草为记，定居下来。
外迁难民到底有多少，难以统计。据孙士毅报告，仅乾隆六十年(1795年)闰二月，由湖南贵州逃往秀山方向的难民就有20000多人，“臣孙土毅、和琳于二十七日前后同抵秀山，沿途目击黔、楚被难民人，扶老携幼，络绎于道，实堪悯恻…除其中尚可自赡，毋庸给娠外，其余查明大小户口…统计约有二万余人。”
仅秀山一个方向就有20000多需要救济的难民，其余各个方向聚集难民当更多。统计苗疆凤、乾、永、古丈、保靖五厅县需要救济的难民应在10万以上。
苗族难民相对于汉土民来说，情形更为凄惨。汉土民流为难民，至少可依附于各大屯堡，在政府周济下度日。一部分不通客话的苗族则只好躲进山洞深普，过着原始人的生活。另一部分从边墙内被赶回苗区的难民也只好流落在大山深林中自生自灭。
当时地方官员给朝廷的报告是这样描述的：“镇筸、乾州、泸溪、河溪之杨家寨等一百十余处，本系汉民田地…为无业穷苗潜行占据…奴才等…遍历寨，反复开导，该苗等始尚观望迁延，继则深知悔悟，情愿将所占田地，一一退还，各回本寨，随令该苗弃将逐回穷苗，妥为安置，稗其各谋生计，勿再盘踞民村。”