按照苗族的说法，嘉庆元年（1796）五月，福康安、和琳所部向连台山、爆木营以东苗区发起疯狂的进攻，并将大营移往补丁寨与鱼笼寨交界的一个叫窖总团的山头。但是在苗族起义军勇猛地反击下，清军伤亡惨重，据说当时清兵开餐时每人要丢一个铜钱以便清点人数，福康安初到窖总团时，开餐丢的铜钱有四水桶，但到后来仅剩一水桶，清军伤亡之惨重由此可见一斑。身经百战的福康安从来未碰到如此难堪的局面，于是恼羞成怒，亲自出马督阵，苗军杀来，被鸟枪杀死在军中。福康安死地离窖总团十里地，恰好叫背儿山，当地人后来把此地改名为“贝子岩”（福康安此时刚被封为贝子）。
而清朝廷则是另一种说法。由于到苗疆以来战事不顺，特别是嘉庆元年清军直取平陇（苗民起义根据地中心）迅速结束战事的意图遭到粉碎，昼夜不停地作战使福康安的身体终于垮掉了。从四月下旬开始，福康安胸膈涨闷，不思饮食。四月最后两天及五月三、四日，清军在廖家冲与数百坚持在“山巅石卡”的义军相持不下，福康安抱病指挥了战斗，未获任何突破，福康安终于病倒了，五月初五又患了“泄泻”，“日夜十余次二十余次不等”。在服了皇上钦赐的藿香正气丸、几六合定中丸后，略有好转，但“胸膈郁，饮食不进”之症并没有丝毫改变。尽管和琳飞札从铜仁、秀山调来一些良医，但经诊视脉息，“据云是积劳之体，用心太过，元气早亏，兼患时瘀，表散滋补，俱难为力。”嘉庆元年五月十三日酉刻，当夜幕降临苗山的时候，统帅福康安“神色更变，呼吸顿微，四肢蕨逆”，终于在郁愤中死于山高沟险的腊尔山苗疆战场。
历史已经远去，两种说法现在已经很难再有定论了。但是苗族没有文字，苗族的说法只是在代代相传的传说故事中；而清朝档案却保存有清军副统帅和琳、云贵总督勒保、湖南巡抚姜晟等各路清军大员奏报福康安病情、死讯的奏折，形成了证据链，在历史考据中资料似乎更扎实可信些。
清乾隆《御笔平定台湾二十功臣像赞》福康安（公元1754-1796年），富察氏，清满洲镶黄旗人，字瑶林，号敬斋，清高宗孝贤皇后侄，保和殿大学士兼军机大臣赠郡王衔傅恒子。
对于福康安的死，乾隆帝悲痛万分，挥笔写道：“到处称名将，功成勇有谋。近期黄阁返，惊报大星流。自叹贤臣失，难禁悲泪收。深恩纵加增，忠笃那能愁。”然后，又下旨追封其为嘉勇郡王，配享太庙，入祀昭忠祠、贤良祠。
福康安死后，和珅向太上皇乾隆启奏，允和琳暂代军务。乾隆当即下令和琳督办军务。和琳继任清军统帅，为怕动摇军心，和琳决定对福康安丧事秘而不宣，派总兵张玉龙带领一支清军将福康安灵柩送往贵州铜仁，自己则继续向乾州和平陇起义军的中心地盘进剿。
乾州和平陇已经处于四面围攻之中。为了减轻敌军对乾州、平陇的压力，石三保带领部分人马从龙牙、半冲起身，途经水田（今保靖县水田区），与吕洞山区苗族起义军首领石把山汇合。石把山建议在水田建立根据地，扩充势力。水田为一山谷，东有文笔峰，南有岩人岭，西有将军山，地势较为开阔，能攻能守。
石三保在水田住了些天，又听说水田东北哄哄寨地势险要，可以作为长远的基地，而恰好哄哄寨头目龙子贵原来与石三保有一定的交情，五月十八日，石三保亲自来到哄哄寨，哄哄寨是一个类似于孤岛的山区，四周分别有龙隆河、乌苏河、水田河和哄哄河四水环绕,哄哄山上还有十来个村寨，而且十分富有。石三保非常喜欢这里，就想在这里创建根据地。不想原来哄哄寨头目龙子贵已经暗中投降了清军，于清军总兵张廷彦和苗族起义军的叛将张廷中一起设下了埋伏，他假意拥护石三保为“苗王”，将石三保骗往坳溪。坳溪离保靖县地仅十几里，途中要经过一个叫“岩对岩”的险要关隘，石三保刚到此地，突然清军伏兵尽起，将石三保擒获。石三保的随从进行了拼死抵抗，杀死了十数名清军士兵，但终因寡不敌众，全部壮烈牺牲。石三保被龙子贵献至保靖县城。当时的保靖知县赵应勋急忙为龙子贵奏请了功。而水田一带的苗民听说哄哄寨头目龙子贵拿献了苗族起义军大头目，便倾寨而出与哄哄寨仇杀。
石三保被俘后，苗族起义军的形势进一步恶化了。和琳从西面补丁一带进攻平陇几个月难以突破，便率领主力绕道东进，连破马鞍山、尖云山、黄连坡、晒谷坡、窑灰坡、两头田、头炮台，毁乾州城外木栅石卡七十余处。永州镇总兵苏灵也从镇筸城绕道北上，与广东将军袁敏汇合，攻打乾州城外各寨，乾州形势危急。
乾州地势平坦，易攻难守；而平陇四面山势险峻，易守难攻，且山间有九龙河流经，腹地平坦开阔，寨子很多，能够容纳大量人马。此时乾州已经很难守住，吴廷义、石柳邓经商议后决定撤离乾州城，在将军械粮盐运往平陇后，嘉庆元年六月十六日，苗族义军烧毁了城内衙门、粮仓、军营，毁了四个城门，撤离了起义根据地中心—乾州城，从乾隆六十年正月二十三日攻克乾州城到嘉庆元年六月十七日失守，历史上的第一个苗族政权在这里存在了一年零六个月。
清乾隆平定苗疆图：《收复乾州》
图说：《收复乾州》记录了和琳在该年六月攻克乾州，画面上数路清军汇集乾州城门外，他们冲过大溪上木桥，将最后抵抗的苗民砍杀。
没成想，福康安死去仅仅过了三个月后，清军第二任主帅和琳这时却在围攻平陇的战役中，由于受瘴气而染病身亡，当时年仅44岁。
和琳（1754年-1796年），满洲正红旗人，钮祜禄氏，字希斋，号华坪。大学士和珅之弟，清朝名将。乾隆时由生员补吏部笔帖式，历任兵部侍郎、工部尚书、四川总督等职。
和珅听闻此事，伤心万分，做了《悼亡诗》十五首来悼念胞弟。和珅在诗序中写道，“言不成声，泪随笔落，聊以当歌。”我们这里引用其中的两首：
其一：
“看汝成人瞻汝贫，子婚女嫁任劳顿。
如何又为营丧葬，谁是将来送我人。”
其二：
“同胞较我三年少，幼共诗书长共居。
宦海分飞五载别，至今音问藉鸣鱼。”
乾隆皇帝得知和琳染病身亡，命将和琳晋赠一等公爵，准许后代世袭；并且准许和琳家建专祠祭奠；谥忠壮，赐祭葬，命将其牌位放在太庙由朝廷按时祭祀。