福康安、和琳自督兵攻剿竹子山一带苗民后，在各处安设营卡，步步紧员脑巢，并且与永绥联络声援，严防苗民窜突。竹子山对面有一个叫兰草坪的大山。该处峰峦涉险，遍山健石横阻，成匪自知死在旦夕，聚众负唱防守蔡严，抵拒甚力。又滚牛坡地方，为永绥粮运兵行往来要路，而苗昨不时出没，扑卡截粮，必须剿清。

清乾隆平定苗疆得胜图五：攻克蓝草坪滚牛坡

图说：苗族义军放弃对永绥的包围之后，分据各寨自守。乾隆令福安康、和琳分路直前，合兵征剿。当时苗民仅崖板寨就不下六七千人，清军用炮轰，苗民因“岩石震落，一同滚岩而下者甚众”。义军不得已去阻截清军粮道，有力地牵制了清军。图面右下骑马的福、和二人正在指挥进军，大队人马绕过高山湖向山顶进发。左上方已经到达寨前的士兵枪炮、刀、箭并用，在浓烈的火焰中，苗民或堕落湖中，或惊慌撤退。

在石三保围攻刘君辅之际，花连布回军榔木陀，打退了石柳邓、陇老二的进攻，保护福康安北进，而和琳率领四川提督穆克登阿和重庆镇总兵袁国璜已经先后占领花园、龙团、滚牛坡等地，永绥厅西部大部分地区已经被清军占领，石三保只得退到黄瓜寨一带。乾隆六十年四月初六，福康安率领云、贵、川三省清军主力开始进攻以黄瓜寨为中心的起义军根据地。

刘君辅这时已经解除了义军对永绥厅城的包围，福康安令其带领花连布、阿哈保等驻守城内外。而义军根据巴茅讯一带地形险要的特点，层层建筑石城茅棚。

四月初六，福康安和额勒登保等十数人亲自到苗山侦查，发现榔木坨迆西有登高坡山梁一道，地势极高，对面大山就是黄瓜山，登高坡右边有老虎湾，道路狭窄，直通黄瓜寨。福康安决定采用声东击西的策略：小部分人马由四川提督穆克登阿带领攻打榔木陀石卡;详装主力进攻之势；主力则由额勒登保率众多将领悄悄地向登高坡、剑坡、老虎湾一带进攻，并令贵州千总汪连栋、把总田中桂带领熟悉路径的贵州兵在前开路。

石三保中了福康安的计，把主要兵力放在榔木陀，摆开决战的架势与穆克登阿在榔木陀大战了三天三夜，多次杀败穆克登阿，花连布也被义军打伤布能再战。但额勒登保率领的清军主力却趁机于四月九日已经完成了对黄瓜寨的包围。

四月初十，福康安率领主力兵分五路向黄瓜寨进攻：西津太、巴兰为正副将，廖辉、刘廷奇为左右先锋，从老虎山向黄瓜寨进攻；于保、张志林为正副将，百福、沙应龙为左右先锋，从茶山坳抢占黄瓜山和登高坡南麓；阿哈保、那丹珠为正副将，陈大定为先锋，由垌头进发抢占香炉山，切断石三保由榔木坨回军之路；双林、乌云珠为正副将，冯继玉为先锋，由剑坡出发抢占黄瓜山北麓。这天早晨大雨磅沱，两军各自休战。到了晚上，福康安命令各路清兵冒雨出兵，三更后到达各自预定出发位置。福康安、额勒登保也赶到黄瓜山北香炉山坡下督阵，即刻命令各路军向目标进军。

黄瓜山是黄瓜寨的屏障，石三保早已经在此设卡挖壕，设下陷阱，防备极严。山上虽然守兵不多，但清军进攻也很困难，不少清军坠入陷阱而死。

天亮后，苗军哨兵瞭望到清军已经从黄瓜山偷袭，便放枪射击，仅仅十几个人守卡却堵住了清军。山头、寨子的苗兵闻讯，急忙鸣锣吹号，苗军大队人马增援阻敌，两军短兵相接，个有伤亡，这时又下起了大雨，石坡陡滑异常，清军五路冒雨齐攻，苗军拼死抵抗。福康安见数次进攻不能攻下，便命令炮轰石城；苗军炮火下伤亡惨重，只得于石窟中暂时躲避，清军趁机攻占了山梁。

这时石三保、石柳邓恰好从榔木坨冲破阿啥保、那丹珠的阻击赶回黄瓜寨，见黄瓜山已失，冲上山来，石窟暂避炮火的苗军见石三保归来，顿时士气大升，个个奋勇杀敌，在山头展开了激烈的争夺，两军混战了一整天。到了夜晚，大雨如注，石三保带领一支小分队杀入敌阵，杀敌无数，然而最终敌军阵势森严，未能取胜。夜半两军稍歇。次日五更，两军又战，后来福康安、和琳在给乾隆的奏折中是这样描述的：“大雨如注，咫尺不辨路径。贼匪枪声依稀不绝。随令官兵依岩傍篝稍微休息。将及五更，风雨略止。复鼓励将士赶紧进发。各将士等亟欲扫穴擒渠，并不稍形疲乏，枪剑齐赴苗寨。贼匪等因官兵昼夜巩围，愈剿愈力，彼此不能相顾。”

黄瓜寨保卫战一直打了三天三夜，因黄瓜山失守，清军在后山向寨内抛滚石头，又以炮火攻击，打中了寨内的火药库，火光照亮了数里外。石三保依然想于寨子共存亡，石柳邓见情况危急，一再劝石三保突围出去，有朝一日再夺回来。石三保与石柳邓与部分义军杀开了一条血路突出重围，石柳邓断后，向着凤凰厅撤去。清军主力占领了苗族重要的根据地—黄瓜寨及其周围。

清乾隆平定苗疆得胜图六：《攻克黄瓜寨》

此图为近景，寨前平地清军数人砍杀两苗民，有一些苗民在寨门前作殊死抵抗，但是寨门已经守不住了。

福康安占领黄瓜寨后，活捉了苗军将士龙老章等一百余名，内有龙老登、吴六如、龙老文、石老稞、石满当等苗族起义军将领和黄瓜寨起义发起人；福康安还毁了义军全部工事，烧毁附近苗寨七十二处，又令清军挖了石三保的祖坟，并将尸骨数具捣碎，而后烧化，四处乱撒，即所谓“挫骨扬灰”。