然而，乾隆准备这一前所未有的大典的计划却因为乾嘉苗民起义而蒙上了一层阴影，也打乱了乾隆的心境。

乾隆五十九年正月二十五日，湖广提督刘君辅的奏折放到了乾隆的御桌上，概括地说，刘君辅奏折包含以下几层意思：

一、贵州大塘小营寨苗人石柳邓等起来造反，铜仁协文武员弁已经带领兵役入寨剿捕；同时永绥厅属地黄瓜寨苗人石三保等聚众抢劫，出永绥之黄土坡延及凤凰厅属之栗林，烧毁民房，杀毙客民。

二、为防黔省匪苗逃窜入境，已经委令右营游击李如乔、守备潘大用从大雄带领弁兵一百二十名，赴威远营一带堵御防范；下令四营官兵六百名，装运药铅，星夜押解赴黄瓜寨应用；各营塘汛紧连黔界，守备季光德，千总郑延松、符士奇，弁兵二百名，加强城防护城池、仓库。

三、镇筸四营塘汛，处处均关苗巢，为防苗人勾连劫抢，兵力不敷，随一面由马飞咨沅州、靖州、辰州三协，檄派永绥兵五百、靖州兵三百、沅州兵三百、辰州兵二百、常德兵一百，即带官兵来筸堵御，速赴凤凰栗林一带听用。刘君辅即带本标将弁、及战兵六百名前往镇筸，竭力保护城池。

应该说刘君辅的折子没什么问题。首先通报了情况，即贵州松桃厅的石柳邓和永绥厅的石三保带领苗民叛乱，已经波及到凤凰厅的粟林；然后说了目前的应对措施，即已经派兵到靠近贵州的地方堵御，并组织弹药运往黄瓜寨；最后说明镇筸防御的重要性，准备从各地抽调二千官兵由其带往镇筸城相机处理。

从这个谕旨看乾隆对当时苗疆的情况还是相当熟悉的，知道苗民数十年来安静守法，与民人等分别居住，向来原有民人不准擅入苗寨之例还大概知道事件的起因是“日久懈驰，往来无禁，地方官吏及该处土著及客民等，见其柔弱易欺，恣行鱼肉，以致苗民不堪其虐，劫夺滋事。迨至酿成事端”。要知道湖广提督在奏折上是一句话都没有提到湘黔苗族叛乱的原因。

也正是知道问题出在地方官吏和客民身上，乾隆不想激化矛盾：“刘君辅系行伍出身，至提督，未能深晓事体，一闻禀辄调兵二千之多办理未免张皇，所奏又无头绪。”这里“所奏无头绪”可能是假，关键乾隆不想大动干戈，对刘君辅调兵两千多极为不满，认为刘君辅有点张皇失措。

接着他对寄予厚望的云贵总督福康安也进行了有所节制的交待：“福康安素娴军旅，贵州是其所属。想福康安得信后。或不待朕旨。已驰赴黔省督办。亦未可定。但福康安系该省总督。声势较大。恐苗民闻福康安前往。疑为带兵往剿。群怀畏惧。所关匪细。著传谕福康安、如已起程到彼。止须不动声色。查明妥办。于大局办定后。即速回滇省。以免苗民惊疑。若福康安尚未起身。察看情形。或可无须亲往。福康安系晓事之人。经练日久。自能权衡轻重。办理妥协也。”

这就类似于要福康安悄悄地查办，快去快回了。无论对于刘君辅还是福康安，乾隆都希望他们把动静搞小点，他认为这次苗民闹事，与地方官员和汉民的欺压有关，所以希望处理起来动静小一点，不要再引起苗民惊恐和不满。

可能还有一个因素，他不愿意这件事打扰今年的规政大典，为了给这次大典营造“普天同庆”的气氛，他已经下令五十九年（1794年）秋季开始举行归政恩科乡试会试（即三年一次乡试会试以外的考试，通常作为皇室大喜事对读书人的恩赐），而且在这年底下达了豁免各省所欠银1700万两、粮370万石的命令，而且还准备在十月初一发布普免1796年（嘉庆元年）各省地丁钱粮的诏令。他不想让苗民闹事扰乱了这种庆贺的气氛。

隔了一天，二月初五，乾隆在紧接着给福康安的谕旨中在分析了松桃和永绥叛乱的关联后，却着重提出要严办导致这次苗乱的客民：“苗民安静畏法，素习供役，与内地民夫无异。此次聚众抢劫，杀毙客民，自有起衅缘由，必系外来客民平日有侵占地亩，恣意欺凌等事，以致苗民不堪其虐，激成事端，不可不严行查办。…惟应查明首恶，擒拿究办，其余安分苗民，善为抚驭，迅速完事，以靖苗疆。至该处客民平日欺凌苗民，最为可恶。即著福康安会同福宁切产查究，将为首肇衅之各民从严惩办数人，并将办理缘由明白晓谕苗族。…至客民欺虐苗人，起自何时，此事必不仅止胥役等籍端扰累，自由历任大小官员漫无觉察，一任客民肆意欺凌，置之不问，以致苗民忿激生变，胎累地方。著福康安等详悉查明。此等客民侵欺扰累起自何时，即将该官之历任州、县及道、府两司、督、抚等查明，分别参奏，听候核办，庶地方官吏知所警惕，而苗疆亦可永期绥靖。”

从中我们可以看出，乾隆对苗区的情况有一定的了解，准备要处罚欺压苗民，导致这次事件的官员。但是或许是受他高高在上地位的影响，平时听好的方面可能听多了，对他所管辖的这片地区存在问题的严重性还缺乏认识。