当事人双方是否情愿也是适用苗例的一个条件。在运用“苗例”的问题上朝廷亦采取了双方自愿原则。苗人命盗案件，在原、被双方都同意依“苗例”完结的情况下才准予适用。如果其中一方特别是原告不愿依“苗例”完结时，就必须依清律例的有关规定审理。湖南巡抚高其悼称，“所有三厅地方，实与他处不同，所有苗人杀死苗人之命盗案件，其两造如俱各情愿，恳照苗俗得价完结者，仰祈圣恩，俯准照苗情之例办理。”乾隆五年二月，湖广总督班第密陈，湖南（镇）筸永（绥）所属之苗人，“与苗人有命盗等事，两造情愿照苗俗完结者，准予酌量完结”。这种自愿原则的确立，既立足于苗民对本民族这种风俗习惯的心理认同，又充分考虑到苗民文明程度的发展对其接受内地法制态度的影响。
但这次所确立的“苗例”到了乾隆十年(1745年)，又出现了反复。因为有官员认为，乾隆二年由高其悼所定的恢复苗族部分习惯法的政策导致了更多问题，苗族之间可能更容易出现命盗。
湖南按察使徐德裕在《奏陈苗疆应行应禁四条折》提出修改高其悼的政策:“应请嗣后乾州、凤凰、永绥三厅所辖苗人，有犯命盗杀人等案，果系报仇泄忿，并非至亲，…仍照乾隆二年(1737年)前抚臣高其悼所奏准之例，酌量完结。其有罪干恶逆重情不应原肴者，毋论果否报仇、年月远近、有无见证，及因则怀忿起衅，悉照律例治罪，不许复照苗例完结。”
当然苗例毕竟是在特定历史阶段形成，必然具有极大的局限性。即使在被确认之初，亦受到清朝官员的异议。早在乾隆六年十月，署贵州布政使陈息荣就对此提出了不同意见。他说:“词讼细事，可照苗例完结，至赔头钱之例，则万不可行，盖杀人者死之条，必应申明，不容宽假也”。自古以来，杀人都属于重大的刑事案件，“杀人者死”是历代帝王推行的“王法”。现在清朝准许苗人杀死苗人可以赔银赔牛，违背这条“王法”，也难怪他们反对了。
事实上，从乾隆元年确认“苗例”直至清亡，“苗例”虽然一直有效，但清朝在运用上，却是很慎重和灵活的，并随着清朝在这些地区统治的深人和苗族地区社会的发展而逐渐减少这种习惯法的运用。
类似于这样的政策反复，在18世纪苗疆开辟后成为常见现象。经常性的政策波动，就更成了家常便饭，更在苗族心目中造成“官府政策不可靠”的印象.这一点在改土之初，赵申乔就意识到了，他因此专门为地方官员们列了一个“治苗十三条”，其中一条就是普告地方官不可更改政策:“民苗情性，多倏忽更变，居官者宜出言始终如一，不可一二其令也。”1704-1795年间，真正能遵守“出言始终如一”的地方官极其少。所以，稍后就有高人指出:“乾隆六十年间逆苗之叛，非由汉奸也，由汉官也，由汉官之纵百户也”。官民之间猜忌与不信任成为行政工作中的致命难题之一。
苗疆开辟后的将近一百年中，清朝廷对苗民的政策始终不稳定，从苗汉婚姻、苗疆法律到赶集贸易等政策长期都处于波动之中。苗民在这种朝令夕改的政策变化中从无所适从慢慢积累了对朝廷不信任。更导致苗疆厅县社区内民族矛盾与冲突不断升级。所以，漫长的90年过去了，苗疆的积怨似乎越来越深了。
十九：一群牛贩子引起的血案：勾补事件
改土归流后留存的“生界
虽然历代朝廷都在想着把苗疆纳入统治范围内，但这也一直是一个梦想，从秦汉开始，历朝历代苗疆要不根本就没纳入统治（所谓生界），要不就由土司代为统治（实际上土司也管不了，还是生界），就是在朝廷力量强大，设府置县时，往往也府县治旁或者交通要道旁的苗寨纳入了统治，而大批深山老林的苗寨实际上仍然放任自流，根本管不到。
清代苗疆开辟和改土归流后情况仍然如此，有相当一部分苗寨并没有纳入朝廷的管理，主要分布在偏远的苗族聚居区，数量相当可观。辰州知府刘应中(1686年前后)曾说:“康熙二十五年，平定红苗，计寨一百一十有六，按其形势，画东南西北四汛。”也就是说，康熙二十五年(1686年)共统计了一百一十一寨。
这位是康熙二十五年朝廷官员眼里苗疆的苗寨数，这些苗寨是不是纳入朝廷统治没有说明。而湖广总督鄂海《抚苗录》记载了十七年后的苗寨数:“康熙四十二年间，大兵会剿，…是以归诚者三百一十三寨”。到了康熙五十年对苗族村庄重新登记，这次又有毛都塘与盆塘窝等处生苗共计一百三十五寨归顺朝廷，苗寨数变成了五百五十九寨。
由于年代跨度有几十年，苗寨的数量用记载数简单相加减也是不准确的，因为由于苗族的分家制新的苗寨在不断产生，而苗疆生苗历来叛服不定，归顺的苗寨说不定几十年后又变成了生界。
而实际上，腊尔山苗疆在康乾时期总计有苗寨应该有二千余寨以上。也就是说，康熙五十年(1711年)以后，到嘉庆元年(1796年)止，还有相当一部分的苗寨没有登记在册，纳入政府管理。
康熙五十年(1711年)康熙皇帝仍不无遗憾地写下“惟红苗凭恃险阻，从未归化”的评语。从人口编审的情况来看，直到乾隆五年（1740年)，朝廷因担心引起骚乱，仍不把苗疆列为编审对象，只是统计寨数而已。
一部分苗寨根本没登记，也就是说还没有纳入朝廷的管理。就是登记在册的苗寨，朝廷的控制力有多强都要打上一个问号，朝廷官员实际上对此心知肚明。