雍正十年(1732年)八月，镇筸总兵杨凯在奏陈苗疆要务六条折中称:“苗民盗杀勒赎等事，至今未照九款之例究拟也。…康熙四十三年，前督臣喻成龙题定苗边九款，其中条例，盗窃命案详题究拟，捉人勒赎照强盗律治罪。向使守土文武，果能谨遵办理，则三十年来，苗人创巨痛深，自当渐知王法。无如苗地有司从不认正，但图目前无事。其有抢掳、偷盗者，则据凶苗无影之词，听其索银取赎，苟得释放即为侥幸。其有报复仇杀者，则计彼此杀人多寡，断令出具牛马布正以为骨价。苟得两造允服，即为处分尽善，然此犹就苗盗苗物、苗杀苗人而论也。…按律得偿者，实不可得也。”
清代《苗蛮图》枷勒索赎图
这个奏折也反映了在苗族聚居区，清朝新定条例没有贯彻实施的实际情况。雍正对这个奏折批示;”联览所陈，皆宜从容转移，非急切可以官法绳之者…。”意思是说“急不得”。
雍正末年，贵州雷公山苗疆爆发了苗民大起义，清廷付出了沉重的代价才将其镇压下去。作为这次教训的总结，清朝地方官员在提出的一系列“治苗”办法中都强调运用“苗例”的重要性。乾隆元年(1736年)六月，贵州布政使冯光裕在给乾隆的奏折提出了“苗例”，特别是乾隆二年(1737年)，湖南巡抚高其倬就有一奏折，直接要求改变乾、凤、永三厅苗民的部分法律。指出继续运用“苗例”的理由大致有三:
首先是苗族“旧习难以尽革”。贵州布政使冯光裕在奏请在新辟苗疆适用“苗例”的奏折中说:如按苗例杀人伤人赔牛赔谷，“在出牛谷者，出此牛谷已无余事，殊觉相安”。湖南巡抚高其悼请在湖南乾州、凤凰、永绥三厅仿贵州苗疆运用“苗例”的奏折中亦称:“苗性、苗俗相延，视杀伤为轻，以得利为重。若凶手之家，多出骨价，尸亲事主亦多尽即情愿吃血誓神，解仇了事，不愿终讼”。这说明，无论是在“从古未归王化”的贵州苗疆还是在“归化未久”的湖南三厅这样的苗族主要聚居区，还保留着浓厚的古老的、世代相传的民族风俗习惯。苗民一旦发生命盗案件，仍情愿照“苗例”完结，而不愿报官。这种状况实难骤然变革。
其次，“官法难以尽行”。在苗族聚居区强制推行“官法”，遭到苗民的抵制。正如湖南巡抚高其悼所言，在湖南三厅（凤凰、乾州、永绥），“苗人杀死苗人之命盗案件，其在尸亲之家，则多不愿验尸，早自深埋，必欲起验，苗人不以为地方官代为申冤，转以为起出埋尸，与通寨不利。谓地方官不肯体恤，烦扰贻灾。且更有私得骨价不肯报官者，若强之使其报命报盗，更以为我已完事，官府何转为我生事。…若必欲为之按抵，不但凶手之家不愿，即尸亲事主亦复不愿，两家具不情愿而必为之照例断结，苗…亦多不以为然，转生咨怨”。贵州布政使冯光裕亦称:“报官，武官之根究未已，文官之查询又至，文审方释，武又拿讯，辗转调讯，比及辩明，而已不胜扰矣。且一切命盗等案，始而不能不查，既而不能不缉，查缉既得，邻佑干证，俱须审讯，苗民不胜其烦苦，以为归化之后，反不如当时之自在任意也。”这两位清朝派任苗区的官员从实践中都认识到“官法”不受苗民欢迎，难以实行，从而提出了变通主张。事实上，苗族地区虽然或改土归流，或设官立制，但苗民仍不了解清朝的法律，对官府依“官法”审理案件从观念上很难接受，对清朝繁琐的诉讼程序尤其感到厌烦，对清朝地方官吏借苗民讼案任意欺压、勒索，更是深恶痛绝，进而聚众反抗。这些都是“官法”受阻的真实状况。
朝廷官员这时也注意到苗族有“世仇”的概念。高其悼曾经在奏折中指出，苗族习惯上杀人是一定要抵命的，不论年代多久。譬如现在有人杀人，实际上是报复若干年前的命案，如果按“官法”杀人抵命，则苗人认为，“彼家幸而行在未经设官之前，我不幸行在设官之后，一命一抵，而今官府又多杀我一人，上则怨官，下则仍图乘便报复，彼此互杀之葛藤辗转不休”。二为“实有远年木刻之仇，留记木刻，岁月已久，见证无人。而苗人撷朴，则因其祖父曾经亲行嘱付，切切在心，自知有仇属实。而在讯官，则不能以既无证见，又无控案，仅以木上有一刀刻之痕，遂谓一命一抵，自然仍行间以偿抵。而此家之苗口虽争之不胜，而心实不平、不服，亦上则怨官不公，下则仍图乘便报复，彼此互杀之葛藤亦辗转不休”。显然，“杀人偿命”的“官法”在苗族聚居区硬性贯彻，反使苗众互相仇杀之风日盛，影响社会安定。如果依“苗例”处理，不仅苗民认为公平合理，易于接受，而且彼此的仇冤也可了结。
高其倬的奏折最后得朱批“依议”，正式改变了赵申乔对红苗地区苗民之间仇杀的法律规定，并被以后的文献归入清代法律史上的“苗例”。苗族处理纠纷的习俗在很大范围内得到恢复。
随着苗族习惯法的恢复，苗族社会中的头人寨长等，同时获得了部分“调解权”。从乾隆二年的御批“苗众自相争议之事，俱照苗例完结”一句可以看出，审案权在流官手里，但事实上，大量民事案件还是由苗族中的头人寨长处理。湖南巡抚蒋溥称:“苗人户婚田土、偷窃雀角等细事，各令具报到官，责令寨头、甲长照苗例理处明白，取具遵依存案，”这说明，官府同意依“苗例”完结，还须由官府委托或指定寨长或苗头审理。审理后还必须报到官府备案。这样做的目的，一是防止苗民私自报复，二是力图使苗民畏惧官府，逐渐熟悉和服从“官法”。
确认“苗例”的法律效力是对清律的重大变通。但实行这一变通不能不与清朝律例的有关规定产生矛盾。清朝统治者在协调两者的作法上总的来说是比较成功的。
首先，必须属于苗人之间的案件以外，还限定了“苗例”的适用地域。雍正十年，贵州按察使方显以古州、清江等新辟苗疆“归化未久”，奏请准予运用“苗例”。乾隆关于“苗例”的著名上谕也是针对这一地区发布的。乾隆二年七月，湖南巡抚高其悼以湖南乾州、凤凰、永绥三厅，“归化尤新，山著相连，全系苗寨，与黔之苗犬牙交错，苗风俗悍，”请援照“贵州苗疆”适用“苗例”。
其次，即使符合“苗例”限定的地域范围，仍需考虑案情轻重和对清朝统治的危害大小，由朝廷官员决定是否准予运用“苗例”。
乾隆二年五月，湖南永绥厅属补毫寨苗民“杨四十赊欠石老毕牛价未清，老毕带领侄孙石把沙等前往牵牛抵事，彼此角斗，老毕当即奔逃，杨老明与杨四十尾后追赶，石把沙随持杆戳，伤杨老明右胁损命。当经汛防千总将石老毕诱获至营，而石把沙救祖情急，误将营墙推倒背负而去。后经审明，照依苗例，倒追骨价银两给尸亲收领。因有推墙抢犯情事，各拟枷号二月，责四十板。详经前任督抚批准完结”。由于该案情节较轻，所以依“苗例”完结。
而有些重的案子就不按苗例了。乾隆二十七年七月，凤凰厅属苗人龙尚保，因妻子被永绥厅属苗人龙老瓦**，不久，其妻与子先后病故，龙尚保因此挟恨纠众二十一人，欲抢龙老瓦妻与子抵数，于黑夜发生争斗，结果造成仇杀三命的惨案。该尸亲龙老潭要求照“苗例”追赔，而该省督抚却要“拘出首从要犯，解省审究”，不得照“苗例”完结。其后，该案以康熙年间所定条例，“凡黔楚两省相接红苗彼此仇忿，聚众抢夺者，照抢夺律治罪，人犯不及五十名者斩监侯，下手者枷号三个月，为从者四十日，聚至五十人以上者斩决，下手之人绞监候，为从者各枷号两个月”的规定，将龙尚保刺字后处以斩决，下手杀人之龙求、吴老成等均处绞监候。其余随从同行之十八人具照例分别枷责。
苗民个人之间的仇杀属于轻案，可依“苗例”完结。但如纠众仇杀，可能危及清朝在苗疆的统治秩序，则必须以“官法”惩治。