开辟六里苗疆置永绥厅之后，雍正八年湖南巡抚赵弘恩所作之《六里善后事宜疏》，同样对客民、土民、苗民一视同仁，他说:“苗民耕种时，令永绥同知、经历、巡检各员谕令各寨苗目，督率散苗，尽力南亩。又永绥照旧安设百户每里一名，共六名，于该里驻有汛弁之所，一同丨居丨住，遇事商办，凡有急务令其同时通报，无致歧误。又永绥杂粮七十二石八斗四升，逐苗户均摊，兑充本营兵米。…又永绥六里每里各设义学二处”。
根据此文，永绥厅和凤凰、乾州厅一样，苗民亦须编户纳粮，并且政府也开设义学于此教育苗民子弟。
但是苗疆都保留了原来“寨”，并且在永绥厅，赵弘恩更清晰的规定寨设苗目，“寨”之上按苗民原有制度，设“里”，里置百户，同时每里均驻汛弁，作为百户的军事依托。“里”之百户之上，则按清王朝的统一模式，科层式地设置巡检、经历和永绥同知。
在乾、凤、永三厅，最基层社会组织最大程度地保留了红苗原来的“寨”。红苗原有的头领继续担当着苗目(或寨长)的责任。
实际上，这也是朝廷的无奈之举。和请朝廷苗疆开辟改土归流的初衷是相悖的。因为在将苗疆地区的苗族编入保甲，改由流官管理，同时将分布广泛、人口众多的“生苗”强行纳入流官政权的管辖之下时，苗疆的流官们发现了困难。
长期的化外状态，使得改土归流时的苗寨还处于自然生成状态。苗疆的寨子规模很小，分布也很随意。改土归流后，苗寨归化纳粮了，但朝廷的衙门与他们相隔还是比较遥远，苗寨变化还是很小。
有学者曾经对康熙五十一年100个苗疆村寨人口等进行了统计，共有人口4993人，1377户，此时一个苗寨平均户数为13.77户，平均人口为50人，苗寨之间的平均距离为4里。这样的苗疆村寨应该说是极小的，大约60%的苗寨总户数在10户以下，人口在36人以内。最大的苗寨也才23户，人口112名。按照当时的里甲制度，一百一十户为一里的话，则苗疆平均要11个村才能组成一里，而其地域则可能达到30-40里地方。在山区，则相当于成年人七、八个小时的行程。在这么分散的苗寨设立政权确实有点难。
而且苗寨绝大多数都是一个家族，100个苗寨有两个姓以上的只有7个，其余一个寨子都是同姓的。而按照苗族的分家制，村中的新生家庭经常重新选择居住地，建立一个寨子，苗疆总是存在2-3户的小寨子。
朝廷的管辖权很难直接到达这些地方，而且生苗地区语言不通，原来苗疆的社会制度与朝廷的社会制度差别过大，只能间接地依靠苗寨、家族，保留或增设了一部分小土官土弁，如通事、土千、把总、寨长等，作为最基层的政权末端，协助流官对苗民进行管理，从而形成了苗疆保甲制度和小土目制度并存的格局。
在这过程中，清地方政权认为“新疆苗众向无酋长，不便听其漫无约束，自应仍从苗俗，设立寨头。”其方法是“选择良善守法者，令其公举报官，酌量寨分大小，每寨一二人或二三人为寨头，注册立案。”设立寨头的目的是“伤令劝谕约束散苗，循分守法，并稽查各散苗，倘有为非作歹，劫掠仇杀等事，许寨头密票该厅员拿究。”而寨头的设立并非固定不变，“如果实心约束，地方宁谧，该厅员于岁底将头人量加奖赏，以示鼓励。如不实心稽查，或有通同拘隐及滋事扰累之处，将该寨头一并治罪责革，另行佥立。”
这样实际上苗寨的寨长、理老等基层头目保留了下来。
“蛮有上下之分，而苗则无所统纪。”但“无所统纪”并不表明苗疆内是一个人人自由平等的社会。很小的苗寨也还是有管理人，这就是寨长。寨长在苗族乡村社区中具有一定的威望。苗疆尽管有一部分熟苗己经剃发为民，但大多数苗族村庄还是实行寨长制。这些寨长与寨民还是有别:“苗人前惟有寨长剃发，余皆裹头椎髻…”改土归流初期，红苗归顺朝廷，政府允许苗族人只要寨长剃发，即表示全寨人都归附了朝廷，说明清朝的衙门认可寨长的权威性。
寨长管辖的范围就是自己所居住的村庄。当时的湖广总督鄂海在《抚苗录》中曾记载，一旦寨长认定要“归诚”，一般他就能带领寨子寨民都投诚，寨长在苗疆还是有相当的权威，能为全寨人所信服。但这些权威建立在个人威信之上，一旦有寨民挑战这种权威时，寨子实际上就面临分裂。挑战者可能选择一个地方建立一个新寨子。正是因为苗寨寨长的权威一部分来自苗民的信任，一部分来自朝廷的认可，他完全按照朝廷官员的旨意对苗寨苗民管理的意愿是相当有限的，他不得不考虑苗民对政策的感受，所以这时的朝廷官员始终不可能完全像管理省地一样管理苗寨。
但实际上寨长对苗疆的管理还是有限的，社区秩序不得不主要依赖苗族的习惯法—苗例才得到维持。
问题是在寨长的使用上，朝廷的地方官员出现了反复。
苗疆改土归流后军人与汉人大量进入的主要有官吏、书役、士兵、商人。对于朝廷委派的流官来说，客民来自内地，久沐王化，比之陌生的苗人当然更易沟通。因此，他们常常自觉地鼓励客民深入苗疆落户，并且委之以甲长、保正、百户、寨长之任，以期呼应之效。
朝廷派了大批官僚进驻苗区，可是，这些流官大都居住在府、州、厅、县，对于苗寨之中的活动仍无法知晓和干预。于是他们使了个“钳苗”的办法，即派大批客民深入苗区中心地带。他们将被推翻的土司王所占领的田土全部没收入官府，叫“官府田”。官府田中的一部分赐给流官和地方营汛青吏，余下大部分任意赏给随官而插居苗区的“客民”，是以“任民自由占田”。
据但湘良主编的《湖南苗防屯政考》所载，从雍正至乾隆年间，仅永绥一厅所增加的“客民”就达一千九百一十四户。
此类“客民”，大都对上串通官府，或他们本身就是流官们的亲邻友朋，他们可以寻宠专权;对下则狐假虎威，悠意欺凌;有的甚至直接充当苗寨的寨长、百户等职，作威作福，横行霸道，恃强欺弱，恣意凌辱。流官统治是依靠“客民”去强化的。
这是一种非常明显的偏斜，由此派生出来的，是流官在苗汉之间的两失其平:“一任客民肆意欺凌置之不问，以致苗民仇恨生事”。不仅如此，流官与客民中的痞棍人物还常常借保甲连坐法株连罗织土著苗民，使之冤抑莫伸。客民借助官方权力而势张，其结果则是苗汉之间的感情日益恶化，仇恨日益加深。
虽则在苗区中心地带还保留了部分“不相统属”的非保甲制的“化外”之地，但由于“客民”专权，流官干预，原有的“合款”组织慢慢地失去了群众民主和民族自主的内容，以姓氏或宗族自成寨落的苗家居住习惯也被打破了，苗族人民说话、议事、作事等言论行动全受“客民”的监督，一不小心，便被“客民”察告而吃官司。