为保证渔业生产，政府鼓励挖塘养鱼，于“两山相夹及卑陷阴湿及村庄左右处所，尽可挖塘”，塘堰养鱼遂为兴盛。另外，农民们还利用稻田养鱼，“民间沿河蓄鱼秧，春田既作，民间蔫之以放于田，秋收后鱼至二三斤不等，而鱼之得于农家者甚多’，此外还有山塘水库养鱼、拦河网箱养鱼等法。苗人筑塘养鱼，“于山谷中泥深不能耕植者储水为塘，市外间鱼秧蓄之，多鱿、鳝’。永绥厅苗民山谷之中“挖塘养鱼。富者雇苗童数人，日割草以饲，有蓄至数十斤者”。总的来讲，改土归流后苗疆的渔业生产中尽管溪河捕捞减少，但塘堰、水库、稻田养鱼得到较大发展。
清初，苗疆的畜牧业多表现为各家独户零星饲养牲畜。改土归流后，畜牧开始规模化生产，有了专门进行畜牧生产的“厂”和专门从事畜牧业经营的商贩。改土归流后这一地区的牛耕技术得到推广，牛已成为种植业生产的主要动力之一，耕牛的畜养越来越普遍，寻常百姓家多畜养耕牛，在苗族聚居区内，“耕织之外，惟事牧畜，牛马犬羊猫鸡鸭之类最多，而所重惟牛”。马的畜养较前增多，外地马贩多进山贩马，“近三厅各碧亦知蓄之，富者尝蓄至10余匹，转卖于外，畜牧生产开始与商业挂钩，古丈坪厅一带在清代畜牧所获已是巨万，民间依之为利。《永绥厅志》载，牛、羊、猪、鸡、鸭等家畜、家禽发展很快，苗人养马，腾跃山谷中，质小而健。民所产不及。迎三厅各寨，亦知畜之，富者或畜三十余匹，转卖于外地。
改土归流后，苗疆的副业得到了较快的发展。改土归流后有纺织业、制蜡业、造纸、榨油业、制漆等。纺织以家庭手工纺织为主，改土归流后引进了先进的纺织机器，仿用脚车代替了简陋的矮机，大大提高了生产效率，纺织品的质量也有所改善。手工织品主要有布和丝织品两大类。
布有麻布、葛布、棉布等。麻布，苗疆“五月麻熟，群沤而绩之成布”，火麻布，“绩麻而织，布极粗黑’。织麻布技术已与中原地区相差无几，“用麻工与汉人等”。当地居民用麻布“或织手巾花被，细者绣子挑花，或挑小儿手袱衣裤”，麻布为
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开通VIP会员，丰富的个性化表情任你用当地居民主要的布料，也是该地区外销的商品之一。除麻布以外，布类还有葛布，葛布为葛经纺绩织成闭，永绥厅、古丈坪厅、乾州厅、凤凰厅都有葛布的纺织。当地居民还纺棉织布，由于该地区产棉之地不多，棉花多运自外地，所以各地棉纺织业发展状况有一定的差异，辰州府“各乡村多漪棉花，男妇并织，精粗不一”。棉花，“出保靖者佳’。永定县在土司时期就产棉花，改土归流后向外地输出棉花，所织棉布也是当地的商品。永顺府所产棉花仅供本境纺织之需，农家妇女“治木棉勤纺织’所织布匹色彩斑斓，纺织工艺已较为精细。
改土归流后苗疆的丝织品的种类较多，主要有锦、绢、绸、丝等，所采用的原料均为蚕丝。土家人织成的土锦，其织法“或经纬皆丝，或丝经棉纬，用一手织纬，一手挑花，遂成五色，其挑花用细牛角，永顺、龙山、保靖等地土家族妇女还为“山同巾、山同锦、峒被作鹤、凤、花鸟之状’织工精细，色彩鲜艳，为土家特产。苗区有苗锦，“苗民性喜彩衣，能织纫，有苗巾、伍锦之属。其织法与土家人的织法相同，可虫丝所织红色宽5尺许，长三四尺许。但所用原料均为蚕丝，花纹远视甚丽，而近视稍粗，较土锦为劣，然好者亦极坚质耐久。土锦之外又有土绢，质地薄而坚韧，为本地蚕丝机成者，质多黄，白者不多。湘西地区各地均有土绢的纺织，均能织土绸。丝则为蚕茧经过简单加工而成。
苗疆的制蜡业在这一时期相当繁荣。永顺县多产黄蜡、白蜡，而保靖、龙山、桑植所产不多。凤凰厅产蜡叫。古丈坪厅种蜡树放繡hong虫，获蜡利不少。泸溪县有蜡洞产蜡，年采办白蜡300斤，乾州厅和沪溪县的白蜡是当时著名的土特产品。
改土归流后苗疆产桐油、香油、菜油、木油、茶油、棉油等。菜油为榨油菜籽而成，木油为榨乌臼籽而成，茶油为榨油茶籽而得，榨取之法与榨桐油之法相同。
总得来说，改土归流和苗疆开辟后，苗疆呈现出繁荣景象。从地方志的记载我们可以继续比较：
辰州府志中所记的招民开屯，以及明代王士琦所上建议:“镇筸营哨相距各数十里，土城之内尚有房屋，出城则崇山峻岭，一望苍莽，绝无人迹。然各哨土地膏腴，溪岗之水足资灌溉…宜令各哨之民，不论土著流寓悉听籍名。…任其于无主之地，自议开垦”。镇筸营哨绝大多数在五寨与草子坪两长官司辖地内。
乾隆二十三年（1758），即镇筸“红苗”“归流”后五十年所编纂的《凤凰厅志》记载:“厅西北尽属红苗，共计苗寨三百一十有四…近则鸡犬成群，桐杉遍岭”。苗民的居处，过去都是“依山而居，斩木诛茅以蔽风雨”，归流后则“有建瓦屋者，每屋三、四、五间，每间四、五、六柱不等”。当然能建这种大瓦屋的可能多为苗中富户，但也反映苗族一般居住条件的改善。
粮食问题—土地开垦和包谷玉米的引种
在气候、土壤、水资源等自然条件的限制之下，沅水流域的农业产出仍然非常有限。据乾隆《辰州府志》所述，艰辛开垦的山区土地，产量相当之少:“顺治间，民初获衽席之安，然尔时兵革尚未全销，人民稀少至康熙元年清丈，止存粮麦一万五千九百五十六石有奇，及逆藩变后，惟泸、溆、黔、麻四县幸居稍僻，粮数咸如元年，沅陵、辰溪、沅州当云贵之冲，荒粮至四千四百七十五石，通计辰属，仅存一万一千四百八十石。寻沅陵、沅州报垦一千二百八十余石，而沅陵之民困矣。计湖南九府，粮凡六十余万石。辰为九郡之一，而粮数尚不及靖州之最少者，磋此贫瘠之民，边荒之地，视丰腆之州郡，何啻天壤哉。”粮食生产的不足，反映出沅水流域农业开发的局限。
随着山区移民的增多，粮食的消费也愈来愈多，山区本来山多田少，米谷生产不多，加上挽运艰难，又很难从外地买进粮食，因此常常会出现粮食不足而导致粮价腾涌的情况。有人为此感叹道:‘今增万千人之夫役，则增万千人之口食，米价腾贵，穷民奚堪!”
湘黔交界山区及沅水流域的人们都在极力垦殖生荒之地。
在辰州府，府属各地的土地开垦进程很不一致。乾隆中叶，府属四县和三厅的田地面积相差悬殊，沅陵县在2700余顷，溆浦县有2600余顷，而辰溪县只有田地1100余顷，泸溪县更少，仅有770余顷。算上归并屯田，虽然各县面积不等，但如此差额仍然不小。但溆浦县到同治年间已“无旷土，少游民”。其他各地情形大概相似。
在乾州、凤凰、永绥等三厅地区，乾州厅的开垦土地并不多。据乾隆《乾州志》载:“经征镇溪所原额屯粮秋粮二项田地一十三顷一十五亩。”百年之后，光绪《乾州厅志》仍然称:“乾州田赋甚属寥寥，缘开辟较迟，幅员未广。东南本属沪邑，田赋仍归沪邑，西接凤凰厅，田赋仍归凤凰，北方一带皆山，惟于深山穷谷中零星开垦者，其粮归乾。”凤凰厅的田地面积则较为可观，道光《凤凰厅志》记载:“经征(白岩、乌引、芦荻、杜望、宋沱五里)原额成熟田百八十三顷七亩。又康熙五十二年额外丈出田二百十二顷十三亩。”共计有近400顷。但毕竟是“厅境山多田少”。永绥厅的土地开垦也颇有规模。史称“厅中向称山多田少，近年开土作田者甚多，故田日加增。合厅之俗，大抵勤于耕种。”
沅水西北的永顺府，土地开垦成绩是改土归流地区中最显著的。改土归流后，保靖县令王钦命晓谕民众:“平地坡地可以垦殖杂粮，自应勤耕稼，至于土埠高岗，尽可种桐。”又号召“凡尔民人，务遵教导，急为遍植，此乃尔民成家之法，根本之事，各宜踊跃，奉行毋违。”到同治年间，保靖县已经“野无旷土”迄，。当然，山地垦辟实属不易，光绪《龙山县志》的编者说: “见岗阜陡矗之处，丛荆擂石之间，寸尺隙土无不垦辟。时当种植，居民崎岖上下，若猿然，极失足，颠仆不休。”可见其土地开垦之艰难。据光绪《古丈坪厅志》所载，古丈坪厅有成熟田2774亩，但水田并不多:“古丈坪厅境周匝五百里，内除水田、林木外，概可以地名之，约计以十分计算，水田居十分之三，熟地居十分之四，旱地据十分之一，岩山荒地居十分之二。”
经过几十年的开垦，到乾隆年间，沅水流域的耕地面积大幅度增加。增长为15207顷60亩，靖州即使原额田土不减，也由6921顷12亩增至6950顷73亩，而永顺府增长较多，由782顷50亩增长为1017顷84亩。凤凰厅在康熙四十三年(1704年)时，熟田为183公顷7亩，到乾隆年间，就额外丈出和开垦了129顷16亩，而积增加了20%以上。
由于土地开垦相当艰难，直到乾隆年间，沅水流域的许多地方还是“山多田少”。如泸溪县，“邑田少民稀。在辰溪，“辰邑山多田少，生计为艰”。但是，清代农业开发成就的取得还是不能忽略的。