这个时期汉族商贩、工匠也开始进入苗疆。“多辰、醴 ,江右、闽、广人贸易于此”。“山货如桐、茶、漆、桔、吴芋、兰靛、冻绿皮，多归外来行商专其利”。湘黔苗疆有些汉族商人“累资巨万，置田庐，缔姻亲”,“其属巨族，自来客籍为多”。
其实明代就有大量的汉民移民苗疆，但是明代和清代的移民在苗疆还是有很大不同的。
明代移民苗疆的目的在于保证驿道,又采取的是有组织的军屯方式,所以,绝大多数移民是在驿道上的聚居点或卫所附近,在驿道线上形成零星的“移民岛”
。汉户屯军以组织的名义向土著民族购买有限的田产,明廷规定不允许汉户屯军向土著民族巧取豪夺,并在卫所附近开辟场集,互通有无,保持和平稳定的格局,以保证驿道的畅通。
其次,是汉移民与当地土著 民族首领主要是土司出现附庸的关系。当时,不少移民因不堪明廷的欺诈,纷纷投入土司的门下。当时贵州最大的水西、水东土司都收容了不少逃离卫所的汉户屯军充作力役,并划给一定的生产区域,让他们按照汉文化从事农业生产,向土司定期交纳税赋。
清代则不一样,由于是以民间自由移民为主,政府为了收取更多的斌税,鼓励向少数民族地区移民。这批以政府支持为后盾的汉移民大军 向潮水一般涌向了少数民族的每一个角落,他们有较强的能力大肆开发,造成了汉移民与土著民族之间的矛盾越演越烈。
腊尔山苗疆汉族人口大幅度增加。
据道光版《凤凰厅志》记载：“康熙四十六年至乾隆二十一年，实在民户计户一万二千二百四十九，口五万一千三百八十三。乾隆四十六年，原编六万三千八百八十八口。嘉庆十年，滋生万九百四十三。”可以看出，就凤凰厅来说，从康熙到乾隆，再到嘉庆，汉族人增加的速度是很快的。
在乾州厅“康熙四十三年设厅，原编民户二千五百五十七。”到了乾隆四年，据记载 “民粮户”和“烟户”（即人烟户口）加起来有了两千九百零一户。“乾隆二十九年，厅志原编民户五千一百一十，口二万四千五百五十四。”“乾隆四十六年三万二千七百十七口。”一百多年间，乾州厅汉民从两千多户增加到了五千多户。乾隆年间的记载说:“乾州逼近红苗，数经蹂蹭，人烟寥落，户口凋残，其土民半系招徕，苗民皆系新附。”
另外一个重要的苗族聚居地—永绥厅，有如下记载：“雍正十年清编查，苗户共五千二百二十八户，男妇共二万三千六百三十六名口。乾隆十六年清查，增男妇五千一百名口。新增民村一百零九村，新增内地徙入民户一千九百一十四户，新增男妇八千七百二十一名口。”可以得知，在雍正时期，永绥是没有汉族居民或者汉族居民很少的，以至于地方志中对此都没有记载。但是到了乾隆年间，汉族居民大量增加，新增了一百多个汉族村子，人口增加到了八九千人，亦可见人口迁入以及繁殖之快。
永绥厅移民进入之前，“永绥厅悬苗巢中，环城外，寸地皆苗，不数十年，尽占为民地”，移民迁入的速度相当快。乾隆六年署永绥同知王玮有记载云: 永绥地方从前本司建设营治时，并未安有汉民，历今十有余年，近闻汉民钻入甚众，以致苗 民混杂，每多争差滋事 。据称，“永绥开辟未久，内地赤贫之辈或因苗土价贱易于诱买，或图苗人寡妇上门婚配，数年以后民户日增 ”因此，他要求“各里居住汉民自应逐户挨查，开造姓名原籍地名，以便稽查办理”，在他的推动之下，“各里百户呈造前来，卑职逐一复加核查无异，合共汉民共有九百四十四户，男妇大小共有三千三百九十八名口”。
这是一个比较令人吃惊的数字，据推算永绥原有苗人四五千丁，一 二千户左右 而十余年间，从外地迁入定居的汉人居然达到940户，3398口，接近甚至超过苗人人数的一半。
这一数字说明，清王朝禁止汉人进入苗疆禁止汉苗联系的法律规定在执行实施起来是如何的困难，它反过来也说明了清王朝禁止汉人进入苗区的法律规定是如何的有必要。
从以上诸厅县来看，乾嘉起义前的近百年间，汉族人口迅速的增加。人口的大量增加不仅会激化一些本来就存在的矛盾，还会产生一系列新的矛盾。这些因素都在这近百年间慢慢积累的。
据《苗防备览》记载，“近年以来，苗中生齿弥繁，向之一户数丁者，或增至数户数十丁。一寨者，或分至数寨数十寨。通计三厅永保苗寨，往时数不逾千，而今且至四千数。黔之松桃，亦约有一千七百十余寨，地险人众。”可见苗族人口的增长是很快的。康熙初年，湘西苗区的永绥、凤凰、乾州三厅具有苗寨一千个左右，到乾隆末年增加到四千个左右，人口达三、四十万，汉土民向苗族聚居区的蚕食，导致苗族人的土地不断减少。苗族聚居区人地矛盾到了空前绝后的程度。按当时的田产量，水田亩产约2石谷，人均需1.5亩田才能够保证基本生存需要(后来的屯政中，对老残兵丁的抚恤就是每人送给1.5亩田)。
麻阳县、泸溪县等同样也是苗民的聚居区。“改土归流”以后，此间苗民生息的山区不再成为汉民移民的禁地，汉民移垦者纷纷而来。乾隆年间的记载说:“凡土司之新辟者，省民率掣擎入居，垦山为陇，列植相望。”这说明，改土归流以后，整个腊尓山苗疆都成为移民垦殖的热点，无论该地原先是否为土司辖区还是非土司辖区。