清朝廷每次对新上任到腊尓山苗疆的官员都要详加嘱托。谭行义调任镇筸镇总兵时，乾隆帝嘱托他说“此镇为楚省门户，第一要镇，故调汝，汝其勉之，莫负委用之意也。”乾隆三年(1738 )蒙应瑞授镇筸总兵官时，乾隆帝也提醒他:“镇筸乃苗疆要地，汝其实心实力，整饬营伍和兵民，以绥靖地方，勉之莫忽。”一镇总兵能得到皇帝的如此重视，可见，清朝帝王对湖广苗疆选拔流官的重视程度。
“改流”后的苗疆任职环境仍然较其他地区恶劣得多，故只要在流官任上稍有业绩，任期内不曾犯大的错误，一般只要任职年限己满就可以升迁。辰沅靖道祖秉圭、夔舒等都这样得到上级的保题升任，得到朝廷的重用。按照清朝制度规定，只要苗疆等处调补官员，必须即行升用。如规定乾州同知、凤凰营通判、永顺府知府、通判、永绥协同知、永顺、保靖、桑植各县知县及典史都是五年俸满，保题即升的官职。对于清代众多级别官员，为了升迁不得不经历漫长等待和磨练，苗疆流官升迁算是比较快的了。
“改土归流”后，被朝廷委派的流官，他们的心态与“改流”前具有很大的不同。“改流”前，“凡候选人员内有愿往效者，递呈之后，令彼挚签”，即使运气差的官员抽签去了苗疆，一般任期不满也会通过各种方式离开当地。自“改流”以后，湘黔边的流官群体基本上都能摆正自己心态，以一个地方官的角色去管理当地事务。
苗疆开辟和改土归流后，腊尔山苗疆过去的自治状态终结了，清朝廷也在考虑究竟该采取什么统治政策，苗疆的流官们实际上也是一直在一步步的摸索合适的苗疆政策，用现在的话说，也是在摸着石头过河。
永顺、保靖、桑植等透过改土归流开辟的原土司区，清王朝对基层政权进行了较大的改造，推行保甲制度。在乾隆十七年一则全面清查苗地汉奸的案例中，沅州府芷江县知县称“卑职遵奉颁行保甲条例，按里设保，计户立牌，人丁烟户以及住址里村，逐一查注登册，无遗无漏。在苗人固已向化多年，其婚姻服饰俱与民人无异，而且输粮值役应试入学，民苗一体”。永顺府龙山县知县杨逭则称，他在龙山县推行保甲制度，不仅当地民人苗人均纳入保甲体系，置于门牌，而且还印发“循环簿”“交一切伙铺歇店”逐夜登记住歇之人，对于外县来本县佃耕、贸易、手艺之人，则“谕令各保正按月填簿送县发给门牌”，并且他还会与驻防千总不时巡查。这样的制度，实际上与内地实行的基层社会管理制度已经没有多少区别，实际上也达到了苗民向化，在婚姻服饰应役入学值役输粮等“民苗一体”的结果。
筑城和修路—苗疆城镇的兴起
“筑城以卫君，造郭以守民”，与沅水中上游其他地区在宋代熙宁开边后存在大量修筑城墙一样，在在腊尔山苗疆这块新直管的土地上自然是要修筑城池的。
凤凰镇筸城于康熙五十四年(1715年)所建。桑植新城由邑令连际颖建造于雍正七年(1729年)，易土为砖石。保靖于雍正九年(1731年)由知县张联坷择址建城。
凤凰作为城池立名始于康熙年间，因城西外五十里形似神鸟的凤凰山而得名，但建城历史可远溯到唐朝。唐永隆年间，田克昌以现在沱江镇为“五峒”中心，修土围城堡，开建衙门，明《一统志》和黔南《田氏族谱》对此均有记载。宋神宗开江南后设立经制五寨。元明时期建置五寨长官司，夯筑土城。明嘉靖三十三年（公元1554年），移派麻阳镇筸参将进驻五寨，始建砖城，筑建垣墉高厚、外耸瞻望的城防。
苗疆开辟后的康熙五十四年（1715年）将镇筸城改筑为石城，周长2公里有余，均系红砂条石岩错缝叠砌，石灰糯米浆拌桐油勾缝。城外墙高5.7米，顶宽3.7米。开四门，东曰“升恒”、南曰“静澜”、西曰“阜城”、北曰“壁辉”，各设门楼，青砖砌筑。各有巍峨的门楼。城墙牢固厚实，在后来的乾嘉苗民起义、辛亥革命和土匪攻城中一直没被攻破过。
凤凰镇筸城北门。镇筸城康熙五十四年（1715年）改筑为石墙，乾隆四十八年(1783年).湖广总督特成额在镇道员的的陪同下。对城垣作了多次勘察，以《清展镇竿城垣疏》的奏章向皇上请准扩建，经朝廷批准.得以从湖南尚存的163.000两“鼓铸余息银”中开支二万两扩建镇筸城。此项工程于乾隆五十一年(1786年)施工，扩大了一段城墙，新设阜城门，俗称老西门。嘉庆二年(1797年)凤凰厅升格为直隶厅后，同知傅鼐吸取乾嘉苗民起义守城的教训.再度扩建凤凰城垣。
凤凰北门和东门是原貌保存下来的城门
进入湖南西部土家族地区的流官，首要任务就是建立府县治和城池。永顺府设立于雍正七年(1729年)，辖永顺、保靖、龙山、桑植四县。其时，鄂西尚未改土归流，新设的永顺府及四县受鄂西容美土司威肋，建造城池的重要性不言而喻。改土归流后的一两年内，清政府主导了永顺府县城池营造。
因为军事防守的需要，土司王城往往建设在深山峡谷之中，易守难攻。改土归流后，这些地方己经不能作为府州县城的统治中心，湖广土家族地区的流官多选址重建府州县城，流官选址重建府州县城，在客观上保护了土司王城的遗存。
从修筑时间来看，湘西永顺府城及保靖、桑植、龙山县城修筑都是在雍正十年前后。从修筑规模来看，县城周长一般在三里三分左右，高一丈二三尺。府城周长超过五里，高二丈左右。府县城的材质多为砖石城，较少采用砂土筑城。