有鉴于此，清代在新辟苗疆设置“苗疆缺”流官来实施统治。

清代的官制，外官有督、抚以至州、县，缺分都有肥瘠繁简的小同。按各府、州、县等所处的地理位置、管辖而积、重要程度、贫富情况等条件，中央政府以“冲、繁、疲、难”将其划分等第。实际的划分是，地当孔道者为冲，政务纷纭者为繁，赋多通欠者为疲，民刁俗悍者为难。凡兼三、兼四者为最要缺、要缺，凡一、二项者为中缺、简缺。由此推断“苗疆缺”属于第二类难当之官，在“冲繁疲难”中至少占有三项。一般刚开始补缺的官员，大抵先从简缺做起，等积累经验以后，再调中缺或要缺。清廷授子边地督抚以更多的人事权，让他们因地择官，以便有效地统治与开发边疆，苗疆、烟瘴、海疆地区的题调缺即由此产生。

苗疆地区，尤其是在清雍正年问大规模“改土归流”和开辟“新疆”之后，急需大量为朝廷一统大业安心服务苗疆的“好官”、“清官”。如何解决官员普遍逃避，不愿去“瘴病之地”的苗疆任职问题呢?康熙二十五年(1686)经九卿议定，广西部分苗疆调缺“三年俸满升转”，并且规定只需在广西本省苗疆内部调补，这是目前有关“苗疆缺”官员由督抚在本省拣选题补的最早记载。贵州方面，康熙三十九年(1700)，规定贵州都匀府、铜仁府、黎平府、威宁府，以及独山州、大定州、平远州、黔西州、永从州等地的文官皆于本省官员内调补。雍正十年(1732)，贵州巡抚张广泗奏请“‘新疆’文武各员三年俸满之后，应予保荐升转，以示鼓励”，这一主张得到雍正的批准。这说明在贵州新置的“新疆六厅”也开始实行“苗疆缺”官制了。

据《明清档案》乾隆五十七年六月十二日载，湖南苗疆永顺府知府、同知、通判，龙山、保靖等县，凤凰、乾州、永绥厅皆为要缺、难缺，皆须按缺补入。从康熙四十三年至乾隆四十六年辰州府分防乾州厅同知共20人，除其中2人资料记载不详细外，其余18人中，旗人出身者6人，进士以上者有9人，可见，苗疆缺内官员比较重视出身、科举功名和政治资历。

“苗疆缺”分为两种类型：最艰苦的苗疆是“三年俸满升转”；条件稍好一点的苗疆是“五年俸满升转”。它们之间的界限也是可以相互转换的。一般来说，艰苦的苗疆经过长期开发，条件好转，该地的“苗疆缺”可以由“三年俸满”改为“五年俸满”。同样一些“五年俸满”的“苗疆缺”条件好转后会取消“苗疆缺”待遇。在乾嘉苗民起义前，湘黔苗疆各官员享受的是“五年俸满”。

事实上，“三年俸满升转”是存在一定弊端的。当时的朝廷官员己经意识到“向来各省边缺人员，定有三年俸满即升之例，其中或因地系烟瘴，势难久留，顾于体恤之中，兼寓鼓舞之意…况地方有司，专司民社，正当令其久任谙练，以资实用;若仍拘泥于前例，使履任者视同传舍，新旧相沿，苟且赛则，谁肯实心整顿…”。

鉴于此种情况乾隆要求边疆各要缺官员升衔留任，一是因为乾隆时期己经出现了缺少官多的现象，国家没有可升的官缺供应；二是流官系统固有的弊端，官员新到地方，一切都不熟悉，待到初步了解地方情况后，就被调走了，不利于地方治理及促进地方的发展。尤其是湘黔边民族地区民族关系复杂，需要熟悉民族事务有才能和才干的老练官员。

乾隆二十五年(1760)，吏部依照乾隆帝关于苗疆要缺人员升迁的提议，对苗疆各地官缺的任职时间以及考核升迁作出规定。从议定来看，“五年傣满”之缺，如果政绩显著，才守兼优，一般不会调离本缺，只是“升衔留任”，再等三年，经考核合格后，才会“题请升用”。对于首次任期内，政绩平平的，可以给机会再留任三年，如果在第二个三年内，政绩显著的话，仍可以“以附近应升之缺题升”。同时还明确规定了，苗疆缺内的官员不得找借口调离原缺。此后，边疆久任则以湖南为例，其余像海疆，云南粮储、驿盐等道员各缺，都依湖南苗疆久任之例，“五年俸满，再立限三年，分别考核具题，如不放任，随时更撤。”苗疆久任对促进改流区的发展，维护改流区的稳定起到重要的作用。

也许早就认识到苗疆治理的复杂性，在康熙苗疆开辟到乾隆末年的百余年中，清王朝对腊尔山苗疆流官的任用还是相当重视。 与原来多是土官土人不同，这时的苗疆官员已经完全客籍化，重视历练。

以乾州厅同知选用为例，自康熙四十三年至嘉庆二年，辰州府分防乾州厅同知，有史可查的共有17位，其中进士和举人出身的9人，占总数的一半以上，湘黔边其他各厅县亦大体如此。

至于道衔官员，几乎全是经验型和科举出身人员。因此这些流官与“改流”以前的土官相比较，不论是在政治历练还是科举功名上都具有明显的优势。可见朝廷在选拔流官时相当谨慎。