雍正六年，设立府县后，早在改土归流前就已经设立的同知，通判变成了两个比较特殊的职位。同知，通判虽为文官，却可带兵，各有标兵100名。巡检本身为武职，带兵更多。后因苗疆向化日久，才于乾隆二十九年(1764年)裁减标兵，另设民壮以供差遣。

同知、通判、州判之职责，据载:“同知，通判专驻苗疆，有绥理地方缉捕奸顽之责。”苗寨一有事件发生，就可上达同知或通判，由其全权解决。在原土司区，前两者专管苗疆捕务，并且均驻扎在远离府县城的苗寨集中之地。同知、通判、州判等职有时兼“审理词讼”、“催科抚字等事”。

也就是说，朝廷在苗疆所设的同知、通判、州判之职责主要有三:专管苗疆捕务;审理苗民诃讼;催征钱粮，派遣差役。

这是厅县的官制，但要管理苗疆，显然还得在苗寨设置基层官弁进行管理。

乾州、凤凰、永绥三厅苗民最基层的社会组织还是苗民自然形成的“寨”，普遍设寨长，“寨”之上按苗民原有制度，设“里”，里下面设百户，同时每里均驻汛弁，作为百户的军事依托。

寨长自然还得大多是苗民领袖担任。在村寨中比寨长稍具官方性的则是土百户。土百户一般由汉族移民或较早汉化的土家族人充任，苗民上层可以当副百户。如雍正十年(1732年)，永绥六里红苗归附，地方官按乾州设百户寨长之旧例，也设百户寨长。据统计，永绥厅共设百户8人，寨长543人。基本上每里设1百户，每村设1寨长。百户寨长不世袭，由地方官随时任革。

乾州和凤凰厅也是如此。据鄂海《抚苗录》载，“镇筸熟苗等寨，自系乾州和凤凰二厅所设土百户三十名分管，每名分管二十三寨等…”，并明确百户责任是:“分管约束，至于催苗纳粮、办理苗事、查拿苗犯，例应差所管苗百户入巢”。

百户寨长所管理的范围一般以村寨为单位，职责主要为催征钱粮、缉捕罪犯、派遣差役、维持地方治安等;对上服从同知、巡检等官。一有反叛之事，即由百户、寨长向地方官通风报信。百户、寨长可起到官府与苗民之间的勾通作用，还可收“以苗攻苗之益”，被官府利用。

从记载来看，苗寨内不仅有土百户也有苗百户。后来又鉴于百户无官无品无俸，与平民无异，不能很好约束苗民，鄂海遂上奏请:“皇帝隆恩准与土百户，各给九品顶戴荣身，给步粮一分。”

而在苗疆原土司地区的苗寨设立的却是保甲(或里甲)。永顺府所属4县及永定县改土归流后清编户口，设立18保，其中西英、冲正、罗依、功全4保为苗族村寨。龙山设16里，桑植14里，其中苗寨4里。保靖16都，5—8都为苗寨。永定13都。“都”相当于里。

苗疆开辟和改土归流后腊尓山苗疆的行政图

清王朝在新开辟苗疆大量驻扎军队和设置军事设施，加强对该地区的控制。清王朝主要是围绕原腊尔山红苗区设防，以镇协为单位，驻有镇筸镇协，驻马步兵丁3000名。永绥协驻马步兵丁1588名;永顺协驻马步兵丁794名;铜仁协驻兵额名有1800名。凤凰、乾州、永绥三厅内圹汛星罗棋布。

其中，镇筸镇设前、中、右左四营，“凤凰、乾州二厅向时寨长头人分管于镇筸镇四营”。凤凰厅地防汛有芦荻坳和新路城等74处，每汛一般驻兵数十人，多者如腊尔山腹地的新寨驻兵一百八十名。

乾州厅设大庄、河溪、二炮台等引塘三十一处，计驻把总3员，外委4员，汛兵397名。

永绥厅设高岩、排补美和花园等48汛，计驻守备39员，千总4员，把总4员，外委8员，汛兵992名;

松桃厅设盘石营、长平和芭茅等10多处塘汛。在湘黔边地区总驻兵达数万人，尚不加上邻县各官兵。强大的官兵是维护地方安定的有力后盾，但是也导致了改流以后湘黔边地区紧张的民族关系。

这样不仅在苗疆设立府、厅州、县等政府机构,而且建立了镇、协、营、汛等军事据点,用来防范苗民闹事。

官的难题—苗疆缺

历史上苗疆“汉少夷多”，地瘠民贫，许多流官视苗疆为畏途,都怕到苗疆当官。清康熙二年(1663)，曾经发生贵州永宁知州王聘宾当年到任十月就弃官逃跑的事件，在当地造成很坏的影响。

面对流官大多不愿意到苗疆担任官职的情况。康熙四十五年(1706)，九卿等遵旨议复“云南、贵州、广西、四川四省官员空缺甚多。嗣后知府以下，知县以上员缺，凡候选人员内有愿往效者，递呈之后，令彼掣签。”

也就是说清朝廷决定靠抽签决定。但“上有政策，下有对策”，有的官员抽签到了苗疆任职，任期未满就通过装病等方式请假回原籍调养，等过一段时问再另选肥差任职。雍正十三年(1735)贵州平越府知府朱启东因为看到苗疆烽烟四起，唯恐祸及己身，借日生病奏请回原籍调养，遭到雍正的严厉训饬“借名告病而巧为规避者…因民俗刁悍，地方繁剧，虑及考成。”