云南的土司势力也很大，特别是乌蒙、东川、镇雄三土府，土司统治地域十分辽阔。雍正四年（1726年），鄂尔泰奏请东川归滇，标示着三土府归流的开始,鄂尔泰派刘起元屯兵东川，将巧家等六营地方，统统划归流官管辖，撤掉了全部土司。
同年冬天，鄂尔泰命游击哈元生率军讨伐乌蒙和镇雄土司，在四川军队配合下，哈元生大获全胜，于是在其地改设乌蒙府(后改称昭通府)和镇雄州(今镇雄县)。雍正帝为奖励哈元生，命鄂尔泰以副将或参将提用。后来哈元生在多处立功，几年间升至云南提督。
随后，改土归流进入滇南的镇沅、四川凉山，派兵深入彝民区，在沙马、雷波、吞都、黄螂而达建昌这广袤千余里的地区，建置营汛、革除土司、派驻流官，普遍设置府厅州县制。
在改土归流中，发挥作用的官吏首推鄂尔泰，次为哈元生、张广泗等。九年（1731年），雍正帝颁诏封鄂尔泰为军机大臣、大学士，赏赐伯爵。对哈元生不秩拔擢，召见时解衣赐之，命其为军机大臣。把张广泗由知府提升为巡抚。
雍正帝的这一论功行赏及拔擢政策，激励大臣们发挥能动作用，在改土归流中人人争立功勋。从其对臣下充分信赖，不秩拔擢来看，不失为一个领导高手、英明帝王，无怪乎雍正王朝会人才辈出，世人瞩目了。
在废除土司世袭制度时。在设立府县的同时，添设军事机构。清政府在改土归流地区，清查户口，丈量土地，徵收赋税，建城池、设学校，原来土司只交纳很少的贡赋，而将残酷掠夺属民所得的大量银两尽收於己。改土归流后，变革赋役方法，废除原来土司的徵收制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地。土民所受的剥削稍有减轻。改土归流的地区，包括滇、黔、桂、川、湘、鄂六省，其中贵州省改土归流的地区之广，大约相当于原设府县的面积。
雷公山苗疆—三条道路的争议和结局
相对腊尔山苗疆，历代朝廷对雷公山（今黔东南）苗疆的控制更弱，甚至没有控制。
腊尔山苗疆早在秦汉就有纳入朝廷管理的记录，元明清无论辰州还是保靖永顺土司都有管制苗疆的责任，甚至在生苗区曾经设立了五寨长官司和筸子坪长官司，也就是说腊尔山苗疆其实是纳入朝廷统治的，只是这些控制形同虚设，没有建立起实际统治罢了。
雷公山苗疆、腊尓山苗疆、一线道位置对比图，下红圈为雷公山苗疆
雷公山苗疆不同，开辟之前，历代朝廷只有元、明时期在该地区的古州和八寨(今贵州省丹寨县以及雷山县的一部分)曾设立过两三个土司管辖附近的几个苗民村寨，而其他地区则一直是“化外”之区，根本没有纳入中央王朝的版图之下，苗疆“生苗”地区并没有受到土司的管辖，没有世袭的首领，没有政权机构，社会组织形式是“宰款合榔”。黔东南苗疆绝大部分苗寨附近的土司以前从来没有管辖过这些苗寨。清王朝把开辟苗疆说成是改土归流，这不过是为了使开辟苗疆具有合法性和正义性罢了，开辟苗疆这个事件对于清王朝来说就是开疆拓土的统一战争。
清代雷公山苗疆主要是指黎平府以西，都匀府以东，镇远、平越等府以南，广西柳州、庆远等府以北的广大“生苗”地区。大致相当于今天贵州省黔东南苗族侗族自治州所辖的榕江县、剑河县、台江县、丹寨县、雷山县以及黔南的三都县这几个县的范围。这一地区广裹二三千里，户口十余万，地处三省要冲，有清水江和都柳江分别与湖南与广西相连。这里“盛产桐油、白蜡、棉花、桅木”等“中原急需之物”，如将其开辟，从政治、经济和战略的角度看，都具有十分重要的价值。在开辟苗疆前夕，这里主要生活着苗族、侗族、水族等少数民族居民，都统称为“生苗”。
清代雷公山苗疆区域图
张广泗在雍正四年(公元1726年)任黎平知府，其所辖之地与黔东南苗疆的中心或腹地古州(今榕江县)接壤，这对张广泗了解苗疆的情况提供很好的机会，从而为两年以后成功指挥开辟苗疆奠定基础，正如史书上说:“雍正四年，谬冲之役，张经略(指张广泗)适守黎平，于古州苗情地利己得梗概。”
雍正五年，张广泗以到贵阳去的名义借道古州，实际上是想到古州搜集情报。由于张广泗在这样亲自调查的基础上，为他能正确提出开辟苗疆的主张，提供了有说服力的依据。张广泗后来回忆起这件事情说:“彼时有以招抚生苗条议者，鄂尔泰行臣查覆，臣即单骑亲赴古州开诚化导，诸苗亦俱服从，臣随据情祥覆，并言生苗可开之状，鄂尔泰方始奏请”。
到雍正六年四月，云贵总督鄂尔泰因张广泗的建议而向雍正奏请开辟苗疆。由于鄂尔泰是雍正很信任的大臣，雍正帝批谕云:“古州、八万如此局面，不但出联望外，亦天下人意想不到，可徐徐相机料理”。雍正一方面相信鄂尔泰“必能办寇”，另一方面因为己升任贵州巡抚的张广泗才能出众，如雍正说:“肤见新任巡抚张广泗才具优长，周详镇密，必能副肤委任，是以谕令办理。”遂启用镇远知府方显、黎平知府张广泗，佐辅总督鄂尔泰在苗疆推行“改土归流”。
清朝在通过“开辟苗疆”的重大决策后，在这场历史性的事件中，清廷官员的认识与做法并不一致。但当时存在三种具体的手段或策略的主张。
一是方显的“主抚”策略。方显主张“剿”、“抚”结合“二者不可偏废”，其实首先是尽量“抚”，然后实在不行才用兵，用兵之后再“抚”，是以抚一剿一抚的过程进行的。二是鄂尔泰的“主剿”策略。 三是张广泗的“剿抚并重”的策略，即“剿”和“抚”同等重要。
鄂尔泰虽然作为云南、贵州、广西总督，名义上是开辟苗疆的最高指挥官，但其衙署在云南，很难亲自到贵州指挥开辟苗疆，实际上贵州巡抚张广泗全权办理开辟苗疆事宜。由于开辟苗疆的整个过程，张广泗几乎都亲自带兵到前线指挥征伐，因此，鄂尔泰的先“剿”后“抚”策略并没有得到执行，而张广泗的“剿抚并重”的策略则得到全面贯彻。
从此开辟苗疆分道在两个不同的区域展开，即张广泗对古州、丹江寨的武力清剿和方显对九股、清江一带招抚。
以鄂尔泰为首的清朝官兵对 “生界 ”征剿大致可以分为三个阶段。第一阶段从雍正六年到雍正七年末。雍正六年 ,张广泗,由贵阳率兵前往都 匀,进 攻 八寨（ 今丹寨县） 。烧焚苗寨数十个,经过五个月的征剿,把八寨地区的苗民镇压下去,随后建城设官。接着率兵进取丹江,调副将苏大有由八寨九门出发,翻 山越岭,一路烧戮不止,“厉经半年方定丹江今雷山县,建城设官,隶属都匀府。雍正七年初,张广泗把兵力转向清江 （今剑河县）“生苗”。鸡讲一带的苗族最为勇敢,以致 “总督闻惊”,调派各路清兵随从配合张广泗“进剿 ”清江。经半年血战,才镇定清江 “生苗”
,于雍正八年,因 “公鹅寨据清江形胜,就其地建城设制,隶镇远府”
。
第二阶段从雍正八年至雍正九年。张广泗发兵剿古州来牛、定丹等苗寨。鄂尔泰为了自居战功,于雍正七年二 月自云南来往贵阳,调度张广泗咨询战情,商议进取古州。六月十五 日,张广泗统清兵山清江出发,取道黎平进攻古州今榕江县 ，清兵损失极大,张广洒下令,破一寨烧,一寨,清兵所到之处,无不尽为灰烬,烧苗寨 多寨,几经反复才把古 州 苗民镇压 下去，在当地建城设官,隶属黎平府。十二月，三地战事初定，鄂尔泰奏《黔省新开辟苗疆立营设官事宜疏》。获准设八寨同知、丹江通判、清江同知。
第三阶段在雍正十年前后。这一时期主要是征讨九股苗区。由于清军在台拱筑城设兵，加强控制，激起了当地苗人强烈的不安，最终激变为大规模的苗民起义。台拱苗民吸取各地因仓促应战而失败的教训,一面抓紧时间收割田禾,一面 “遍使木刻 ”
,联络高坡及上下九股百余寨人准备应战,清政府调集湖南、广西兵力前来围攻,敌众我寡，最终被清兵镇压下去了。于雍正十一年就其地设台拱厅 （今台江县 ），隶属镇远府。总称为“新疆六厅”或“新设六厅”
。“生界”苗疆从此纳入清王朝的直接统治之下。