雍正帝对此也一样是耿耿于怀。他明白，惟一的解决办法，只能是沿用明朝的“改土归流”制度。但是明朝的“改土归流”并不彻底。明朝的改土归流在洪武和永乐年间，实行得较成功，但碰到的阻力也不少，由于朝廷在某些方面不得不向土司妥协，尤其是需要通过土司统治少数民族人民，因而一直到清初，土司制度仍顽固存在，使得中央政府对少数民族区域政令不灵，难以实行有效管治。
鉴于此，尽管有很多封疆大吏奏请改土归流，雍正帝起初仍不想轻举妄动，而以“柔远之道，安边为要，万万不可贪利图功，轻启衅端”以及“开疆拓土，好大喜功之念，丝毫不可存于胸中”为由，一一驳回。
特别值得一提的是，西南“生界”众多，地跨几省，不仅行政官员不能涉足其地，就是土司都管不着，甚至连这些地区的山川、形胜、物产，朝廷也竟然不知。并且从湖南出发，穿越贵州，直抵昆明三千里支援西南的经济大动脉，就处在苗疆“生界”的左境。一旦苗族变乱，道路受阻，政令不畅，蒙古地方政权率军乘机南下，云南驻军的给养就将无法保障，西南边防也就难以正常维持。
雍正帝曾忧心重重的对云贵总督臣高其悼说:“汝欲亲往贵州相度机宜，但黔省恶苗非滇南土司可比，且黔省营伍废弛已久，切勿轻举，当再三慎重为要，至于尔身两省，所患尤不宜轻忽”，“若至贵州不妨多待数月，通盘筹算，斟酌详审，而后定议，假如事在必行，仍需商计万全，徐徐图之。”并说:“军事贵密，须出其不意，尤宜知己知彼，谋定机先，一切预备，完全临期神速行之，则一鼓而功可成也。
雍正帝对高其悼的指示，明确无误的表明为了巩固西南大动脉，必须迅速解决苗疆“生界”问题，然而鉴于情况复杂，处理“生界”事务稍不审慎，就会另生枝节，扰乱了原防漠西蒙古偷袭西南的战略攻防大局，因而要求高其悼认真细致的作好调查工作，以备来日开辟苗疆。
鄂尔泰—改土归流的推动和开展
雍正三年（1725年），雍正帝的统治地位渐趋稳固，便开始考虑改土归流问题了。
而此时贵州刚好发生了长寨事件。这年，云贵总督高其倬在贵州贵阳府广顺州长寨地方仲家族村寨建立营房，遭到土司武力反对。高其倬卸任回京，向雍正帝面呈土司问题的严重性。
这时，云贵总督高其淖的上奏，正适应雍正这种需要。长寨地区地处贵阳市西南部.清初属广顺州，在州治南三十里。主要包括今长顺县的长寨镇、威远区、摆所区、代化区等地方.东西不足三十华里，南北不过五十华里.人口不多，史载当时不过二三十户。民族复杂，苗、布、汉杂居。又无土司势力，势单力薄且不为清廷内部所熟悉.对此用兵，当然可以稳操胜券.
这时，一个推动改土归流的关键性人物出现了，鄂尔泰，满洲镶蓝旗人，六岁入学，攻读四书五经，八岁开始作文，练习书法，十六岁应童子试，次年中秀才，十九岁补廪膳生，二十岁中举，即进入仕途。二十一岁袭佐领世职，充任侍卫。此后官场一直不顺，到康熙五十五年（1716）三十七岁时，才出任内务府员外郎。这时他很为自己的官场不利而烦恼。康熙六十年元旦，正值四十二岁，他作诗自叹：“揽镜人将老，开门草未生。”又在《咏怀》诗中吟道：“看来四十犹如此，便到百年已可知。”
鄂尔泰官运的转机是在雍正帝继位之时。雍正元年（1723）正月，他被任命为云南乡试副主考，五月，被越级提升为江苏布政使，成为地方大员。雍正三年又晋升为广西巡抚。在赴任途中，雍正帝觉得他仍可大用，改封为云南巡抚，管理云贵总督事，而名义上的云贵总督杨名时却只管理云南巡抚事。所以，鄂尔奉在西南开始官职虽为巡抚，而实际上行使着总督的职权。
鄂尔泰画像
鄂尔泰正好出任云南巡抚，到任就遇上长寨事件这件棘手的事情。鄂尔泰看到事态严重，认为必须用兵，“穷究到底，杀一儆百，使不敢再犯”。于是他上奏折提出推行改土归流的建议。这个奏折还比较具体，阐述了改土归流的必要性和急迫性，以及推行这一政策的战略方针和具体措施。其要点是：
阐述了必要性。土司相杀相劫，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒，此边疆大害，必当解决者。”办法就是尽快实行改土归流，“将富强横暴者渐次禽拿，怯懦昏庸者渐次改置”。否则，不过是“临事治标”，不能从根本上解决问题。
提出了方针和方法。“改流之法，计禽为上策，兵剿为下策；命自投献为上策，勒命投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”至于改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速奏效。
表了决心。因为变革土司这样的旧制，困难很大，又有失败的可能。如果失败，主办人将受到舆论的谴责和行政的制裁。要取得好的效果，主办人必须殚精竭虑，勤奋不懈，“稍有瞻顾，必不敢行；稍有懈怠，必不能行”，这就要求任事大吏要不计较个人得失，实心实力地去行事。
雍正帝看了折本后十分高兴，当众称赞鄂尔泰：“卿，朕奇臣也，此天以卿赐朕也。”并全部批准了这个奏折，勉励他尽快实行，并说“事定之时，应具体题奏，当以军功赏叙”。
雍正帝最终同意并支持鄂尔泰的改土归流政策，主要是政治上，要削弱或削除地方割据势力，巩固中央集权。在军事上，可以进而控制西南地区，巩固国防。在经济上，清政府可从西南各省获得更多的利益。
鄂尔泰认为，即使费时十年乃至二十年之久，“但能成事，实云贵永远之利也。”正因为鄂尔泰把改土归流的目的、意义、方法等筹划得详细缜密，再加上雍正帝早就想按中央政府的政策对西南边疆少数民族实行军事、政治、经济、人事诸多方面的统一治理，雍正帝才表现出了由“驳回”到“称赞”的巨大反差，同意鄂尔泰的计划。改土归流是雍正朝的一件大事，在这项地方制度的变革中，鄂尔泰充当了主要角色，由关键时刻的上疏，制定改流方略，到具体去实施，经历多年。
至此，尽管朝中仍然有反对“改土归流”的保守论，但雍正帝坚定地站在了改革派一边，大力支持鄂尔泰推行改土归流。雍正帝无疑拉开了整个清代历史进程的强制性改革的帷幕。
雍正四年（1726年），鄂尔泰接受圣命，进行改土归流。雍正帝授鄂尔泰云贵总督，加兵部尚书衔，又把广西划归云贵总督管理，这样鄂尔泰管辖了云南、贵州、广西三省，六年（1728年），雍正帝又破格授予鄂尔泰三省总督衔。
鄂尔泰受命后没有辜负雍正帝的厚望，他全面了解三省情况，认真研究各地的特点，上奏请求改土归流应分轻重缓急实行。雍正帝对鄂尔泰无限信任，对鄂尔泰所奏一一照准，并说：“卿自有次第料理措置之道，实不烦朕南顾之怀也。”雍正帝批示让他放手去干，不必要处处请示，这就更增加了鄂尔泰的信心。正是这种君臣间的充分信赖，西南改土归流工作才能得以大力推行。
雍正四年(1726年)四月，鄂尔泰下令对向官兵挑衅的广顺州长寨用兵，并亲到长寨巡查指挥，临机决断。鄂尔泰对长寨的用兵是雍正朝大规模改土归流的开端。鄂尔泰命总兵石礼哈挥兵挺进，对抵抗的土司大小首领尽行斩杀，大获全胜。随后鄂尔泰便在这里设立保甲，巩固夺得之地，设立长寨厅(今长顺县)，以此地为据点向四外扩展，招服了永宁、永安、安顺生苗1398座村寨，广顺、定番、镇宁生苗680余寨。