两湖南北分闱的直接结果是湖南士子无需再涉险过洞庭湖应试，湖南乡试的应试人数和中举数均有显著增加。从雍正二年到光绪八年(1882年)的74科乡试中，湖南的中举人数为3888名，平均每科录取人数为52.55名，是两湖南北分闹前的3倍，更多的湖南士子通过科举走出湖南建功立业。清代中后期湖湘人才鼎盛，有“中兴将相，什九湖湘”之说，出现了以陶澎、魏源、曾国藩、左宗棠等人为代表的人才群体，他们之中绝大多数人为进士、举人出身，湖南贡院是他们进入仕途、施展才华的起点。
苗疆管控中心由沅州向镇筸的转移，更方便对苗疆进行军事行动。这无疑为下一步大规模武力开辟苗疆，继而设置厅县打好了基础，做好了准备。
西南形势突变和改土归流的酝酿
清初朝廷不想象明廷那样动用全力维护苗疆通道。这样一来,缓解苗疆通道沉重的财政负担成为清廷的主要目标。他们罢废了明代原有的卫所建制,改军户为民户,尽力裁减贵州屯军人数,以减少财政压力，将卫所和州县尽力合并,划一了行政建制,对贵州的经营至此出现了急剧的逆转,从为了防卫的需要转为让已有的行政建制勉强支撑,并拚命从财政上力图摆脱困境 。
消减贵州军队，减轻开支是因为云南已经不那么重要，苗疆驿道也就不那么重要了。
但是到了康熙末年，西南的地位重新变得重要起来。
康熙五十六年，策妄阿喇布坦为了解除清朝对其北面猛烈的军事攻击，派部将策凌敦多布率兵6 000余人，从阿里入藏，突袭拉萨，把锋芒直指云南、四川，并与四川里塘的堪布、第巴等喇嘛寺庙达成联盟，共同反清。致使清朝西南边垂面临严重的危机。
康熙帝速移达赖喇嘛居四川理塘。两次派兵“入藏平准”，以解除清朝西南内陆边防之险。经过一翻努力，准噶尔蒙古退出了西藏，但仍威胁着清朝的西南边防，直到康熙驾崩，西南边防险情尚未扭转。
新即位的雍正帝鉴于西南形势，告谕云贵总督高其悼:“呼呼脑儿(即和硕特蒙古)既经叛逆，不可不行防御，尔滇省沿边内外俱系番夷杂处，且中甸系新附地方，罗卜藏丹津妄称系伊所属部落，差人前往(招)诱，抑或遣兵招纳，俱未可定。”
朝廷内外、君臣上下无不为此而忧虑，不清除漠西准噶尔部，就无法巩固西南边疆，不堵截和硕特蒙古恢复对康巴地区的统辖，广大的西南地区，必然会出现动荡不安的局势。
更为危险的是，历史上的西南地方势力，一直处于一种“骑墙”状态。云贵土司，“生界”各自为政，不断消弱清朝在西南边防的统治，诸族有警，便群蛮涌动。一旦和硕特蒙古南窜西南土司区，诱使当地土司与之结盟，包抄或袭击清军的后方，形势就会更加危险。守不住西南，漠西蒙古就有可能重来。
清初西南土司分布图
伴随着西南政局的变化，尤其是清政府自从青海出兵西藏连遭失败后，致使清廷认识到，要捍卫中原，就必须固守西南边防第一线，除了在西南厚植武力，派驻大量的军队，任命大员统辖外，还必须在西南地区进行大规模政治改革，将这一地区各种地方势力至于清廷的直接控制之下，方能解除漠西蒙古偷袭西南的边防隐患。
所谓“改土归流”就是清朝雍正年间在西南一些少数民族地区废除土司制，实行流官制的政治改革，“土”就是土司，土舍，“流”即流官，就是就是朝廷任命的不世袭，有品级，有任期的官员。
历代朝廷在实行土司制度时，也都发现了这制度的很多毛病，土司、土舍都是割据者，而各朝廷都要加强对他们辖区的统治。在明朝时，土司还发动过对中央的战争，清朝虽无这种事，但是土司、土舍到邻近州县抢劫、屠杀汉民的事却屡有发生，土司属民与汉民对立，土司属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮；他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人追杀。土司之间的战争，常年不断，世代为仇。土司、土舍和头人对属民任情役使，赋税是一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。他们掠夺的比向中央上贡的要多很多倍。到雍正帝统治时期，由于弊端的积累，暴露得就更清楚了。
明朝起朝廷就开始进行改土归流，取消土司世袭制，并在条件成熟的地区，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理。这种办法，明朝和清初只是偶或实行，大部分少数民族地区仍然保留着土司制度。
对土司制度造成的这些危害，清初诸帝都了然于胸，他们深知改土归流的必要性。之所以迟迟不对土司制度大肆开刀，不仅在于土司制已经存在了一千多年，而且土司们的势力也十分强大。他们富比王侯，奴隶成群，拥有士兵，无论是经济实力还是军事实力，都不可小觑。朝廷在等待着这样的机会：一是土司制引起本族人和汉人的公愤，自觉反抗，方可借机削弱；二是朝廷力量足够强大，使土司不敢作乱，即使作乱也可一举荡平。
直到雍正帝在帝位坐稳之后，他才将目光放在了对“土司制度”的改革上，并开始了紧锣密鼓的筹划。
雍正皇帝（在位1722—1735年） 姓爱新觉罗，名胤禛，庙号世宗。清朝入关之后第三任皇帝。经过众多兄弟激烈的竞争后取得了皇位，以统治手段严苛而闻名。在西南等地实行“改土归流”，废除世袭土司，改由朝廷派遣流动官员，加强了对少数民族地区的控制。
雍正帝即位不久，幕客兰鼎先就曾建议削夺土司：依据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，若罪行严重，则夺其位，将地方归流官治理。不便改土归流之处，可将大土司除去，将领地分散于诸子弟，众建土司，以弱其势。面对这一提议，一开始时雍正帝认为条件尚未具备、时机尚未成熟，因而不敢贸然行事。
二年（1724年）五月，他谕示四川、陕西、湖南、广东、广西、云南、贵州等省督抚：“朕闻各处土司，鲜知法纪，所属土民，每年科派，较之有司征收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛马，夺其子女，生杀任情，土民受其鱼肉，敢怒而不敢言。莫非朕之赤子，天下共享乐利，而土民独使向隅？朕心深为不忍。”在这里，雍正帝还只是提出问题，尚没有提出解决的方案，仅要求封疆大吏对土司加强管辖。而在事实上，加强管辖并没什么用，土司有兵有钱，他们并不怕朝廷大官，表面上以礼相待，暗地里该怎么干还怎么干。官员们明明知道这些，却往往束手无策，除非挑起兵端，但若挑起兵端，那就不是一家土司的事了，而是向所有土司发起挑战，这个问题谁都不能不予以考虑。