更重要的是，原来在土司和辰州之间管辖不清的镇筸，现在被“并以辰州将弁及永、保二土司统归镇筸总兵辖”，职责清晰了。”
十年后，偏沅巡抚赵申乔指出，土司的担承“毫无实济”。该疏曰：“镇筸有镇苗、筸苗之分，镇苗向系镇溪所管抚，筸苗即红苗，向系筸子坪长官司抚管。前明以镇苗令永顺司担承，筸苗令保靖司担承，苗乃叛服无常，二土司有担承之名，毫无实济”。也许就是这道奏疏，导致了康熙四十二年取消了永保两土司担承“约束”苗族的虚名，改土归流。
第二步是康熙四十三年移辰沅永靖道驻镇筸。
清康熙四十三年(1704年)湖南巡抚赵申乔题奏移辰沅靖道于五寨司城”， 取镇溪，筸子坪两地名的头一个字命名为镇筸镇总兵官，五寨司城也就易名为镇筸城。辰沅靖道移驻镇筸城后俗称为镇筸道。
同时设通判一员驻风凰营（今黄丝桥）。
康熙四十六年(1707年)五寨长官司土司田宏天横行不法，被参革不准袭替。钱粮、学校归凤凰营通判经理。康熙四十八年移通判驻扎镇筸城，升为凤凰厅，隶属辰州府。通过这一连串动作，实际上将当地早已形同虚设的五寨长官司和筸子坪长官司裁撤。
从此镇筸镇驻有镇臣(总兵)，道员和同知等文武大员。因辰沅永靖兵备道的设置，在清代以道统府，以府辖县(厅)的行政体系中，凤凰成为沅水流域级别最高的衙门，从而确立了镇筸腊尔山苗疆统治中心的地位，治理中心设置在近居苗疆边塞，这充分说明了清代在沅水流域的开边，已经达到了极限。
雍正七年（1729年）改为辰沅永靖兵备道，又称“镇筸道”，成为清朝86兵备道之一，当时湖南设有三道，即湘北道、衡阳道和镇筸道，湘北和衡阳两道都只有文职，唯镇筸属兵备道，常驻二品大员，文武兼管。镇筸兵备道是镇压“镇苗”和“筸苗”的清军大本营。它广领辰州、沅州、永顺、靖州四府，直辖凤凰、乾州、永绥三厅。除兵备道员外，朝廷还派总兵(旗人，武二品)、副将(旗人，武从二品)、参将(旗人，武三品)、游击(有旗人，也有汉人充当的绿营兵将，系武从三品)、都司(多为绿营汉人，武四品)、守备(多为绿营，武五品)以及千总、把总、外委、额外等高、中、下三级将领分镇苗区城乡各地。当时的驻军(包括旗兵、绿营兵和乡勇)总数在一万人以上。
大批官宦、兵弁和商人也是在这时进居镇筸城，除大批官员和幕僚及其家眷随居此城外，庞大的军费开支和官兵长期驻守的生活所需，吸引了大批商人来此经营，据《凤凰厅志》载，清代镇筸城驻军的军费开支，每年需银九十五万三千多两，如此庞大的开支，吸引很多的江西、安徽和江浙一带的商人来凤凰经营，为此因军事因素带动商业的互动流通，使凤凰一时成为万家聚落，声名远播的边防重镇。
镇筸石城周长四里七，开东西南北四门，上有炮楼十座。城内常驻总兵统辖的“镇标兵（大概相当于现在的边防军）”三千余名，兵备道员辖的屯防兵三千余名，合计约共七千名。此外，城南观景山、城西冷风坳、城东凉亭坳、城北擂草坡等地，都有塘汛，分驻重兵把守。而镇筸前后左右分别有凤凰营（今凤凰黄丝桥）、岩门营（今麻阳岩门镇）、得胜营（今凤凰吉信镇）、晒金塘营四营护卫，镇筸城自为中营。镇筸城又有沱江掩护，苗疆边墙联通南北，沿途哨所相接，碉卡林立“遇有声息，数百里拆声相闻。
辰沅永靖道存续于1479年至1911年，中间只间断三年，历时429年跨明清两朝，其中无兵备衔65年,冠兵备道衔达364年，加按察使衔(俗称臬台)达113年之久，其中清康熙四十三年(1704年)驻镇筸后共存在207年，后来史料甚至把辰沅永靖道称镇筸道。
随着沅州总兵和辰沅永靖道移驻凤凰，设镇筸镇，沅州的地位开始衰落，原因如湖广总督郭琇所说：“沅州系黔、楚孔道，承平日久，不必重兵弹压”。由于清朝廷对苗疆的弹压，苗疆中心区已经远离沅州。
镇苗的中心已经转移的镇筸，偏沅巡抚也没有继续在沅州存在下去的理由。
清朝建立后，承袭了明朝中叶以来已经制度化了的地方督抚制度，偏沅巡抚亦予保留。清军南下入湘的前一年，即顺治二年七月初十(1645年8月30日)，朝廷即“以高斗光为兵部右侍郎兼右副都御史巡抚偏沅”，仍驻节沅州。时湖南北均属湖广行省，偏沅巡抚、湖广巡抚并立。
康熙三年三月十二日(1664年4月7日)，清廷对两湖的行政辖境作了明确的划分，“以湖广武昌、汉阳、黄州、安陆、德州、荆州、襄阳、郧阳八府归湖广巡抚辖，长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州七府，郴、靖二州归偏沅巡抚辖”，并“增湖广按察使员缺驻长沙府”。依照自然地理形势划分后的两湖行政辖境，使偏沅巡抚辖有湖广行省的南境，洞庭湖以西以南和五岭以北的广大地区。四月初一日(4月26日)，朝廷命湖广右布政使移驻长沙，辖长、宝、衡、永、辰、常、岳等七府，郴、靖二州。闰六月十二日((8月2日)，命偏沅巡抚自沅州移驻长沙，事在周召南任内。
在清康熙朝，偏沅巡抚的任免往往还是与防红苗、保驿道有关。
如金玺降调，缘其隐惹红苗抢掠之事。康熙四十二年四月十二日(1703年5月27日):“吏部、兵部会议吏部侍郎傅继祖等往湖南察审红苗抢掠一案，地方官隐匿不报是实，应将总督郭诱、提督林本植、巡抚金玺、总兵官雷如俱革职。”得旨:“总督郭诱、提督林本植着革职，巡抚金玺着降四级调用，总兵官雷如着革职留任效力。”
而赵申乔的上任和离任也事关镇筸红苗。赵申乔原任浙江巡抚，朝廷获知“镇筸红苗肆行掳杀，地方官不究不报”这一情况后，命其与吏部左侍郎傅继祖、工部右侍郎甘国枢“驰驿前往湖南，详察具奏”，遂调任偏沅巡抚。其离职系因与湖广提督俞益模“互相参劫，有乖大体。巡抚有疆陲之责，提督有弹压地方之任，伊等同在一省而不相睦，必致贻误地方，着俱离任候审”。于康熙四十九年正月初六日(1710年2月4日)奉旨离任候审后，“偏沅巡抚印务着差往审事侍郎王度昭署理”.
雍正二年(1724)，以官名与地不相符，偏沅改为湖南，事在魏廷珍任内，偏沅巡抚之名遂成历史陈迹
偏沅巡抚自明朝后期设立，清初承袭，历经两朝。清代湖南巡抚虽由偏沅巡抚改名而来，但在顺治至康熙初年，偏沅巡抚与湖广巡抚是并立的，康熙三年湖广行政区划调整后，才与后来的湖南巡抚辖境相一致。偏沅巡抚始于明朝万历年二十八年(1600)，清顺治二年承袭，于清雍正二年(1724)终结，前后断断续存在了124年。其辖境经历了由不固定的湖广、贵州、四川总督直辖之地到清康熙初固定为七府二州的变化。其驻节之地，先是在偏桥、沅州两轮流驻扎，后移驻到长沙。从设置情况来看，经历了由临时性差遣到常设再到定设的过程。其职能则由主要主持防剿之事向全省最高军政长官转变。偏沅巡抚在清代存续的情况与湖南建省的经过几乎重合，其变化与湖南建省有着密不可分的关系，从驻偏沅到移驻长沙并改名，无疑是湖广最终分省具有标志性意义的历史节点。