此后，清朝廷对“镇筸红苗”又几次用兵。如康熙四十七年，镇筸总兵张谷贞“擒攻叛苗十余寨，自后遇苗逆猖獗，率兵剿灭之。苗始畏服，不敢妄动”。康熙五十年九月，总督鄂海等“奉命巡边，招徕毛都塘苗人吴老铁，及乾州各渠长”。至康熙五十一年五月，毛都塘等五十寨“相率至武昌归顺”。八月，盘塘窝等生苗八十三寨也先后归顺，至此，镇筸“红苗”的“归流”及凤凰、乾州两厅的“开辟”宣告完成。
到了雍正四年（1726年）鄂尔泰在推行改土归流的同时，在剩下的无土司之地腊尔山“生苗”地区，进行设官建治。这件事和改土归流一样大规模地进行。
当时乾州上六里仍为红苗占据，红苗的问题并未彻底解决。据，在清王朝看来，彻底解决红苗问题与解决整个湘黔边的土司问题完全连结在一起。雍正六年，辰沅靖道王柔“查勘相度形势”，八年，雍正帝下令让其“化诲六里红苗”。
雍正八年（1730年）辰沅靖道王柔和镇筸总兵周一德奉旨招抚上六里(今花垣县)红苗。王柔主张从上龙路进，镇筸总兵周一德以其地险，主张由乾州的鸦溪入，设计诱之，相持不下，周一德分军入鸦溪。鸦溪有天王庙，“苗民奉之谨，过苗不敢视，门常锁闭，或数十年不开，推牛岁祭，皆之门外”。周一得遂派兵士于夜间逾墙入庙察看，见神橱后有三纛尚完好，（有说是周一得故意放的三纛，所谓三纛为一种神器。）一德便利用迷信欺骗苗众：说他曾梦见天王，天王赐他三纛，令其抚众，如有抗拒不受招抚者，奉纛剿灭之。并说他将择吉日入庙，领纛出师。到期，苗酋率众来观看，周一德宰牛设供，碎锁开门而入，令苗酋橱后寻纛，果见三纛，光彩耀目，苗众警服。
于是，三岔屏、劳神寨、鬼坡、神者、鸦酉、崇山、补美等寨，闻风归附。一德随驻崇山旁，招大小掉排，大小龙潭、鸦宝、龙角、狄良坡等寨，尽抚之。先前，周一德秉纛攻上龙潭，尽平其寨。然后，与王柔相度形势，筑城于吉多坪。次年正式设厅，赐名永绥，属辰州府。于是六里苗平定。
不久周一德还在永绥吉多坪的潮水溪修建了潮水溪天王庙。周离开时“苗数百人送至岩门下，多泣下者。”
此前，王柔率乾州、凤凰两营兵攻打上龙潭，遭到苗民抵抗后失败而回。这时，周一德秉赢攻上龙潭，荡平了反抗的苗寨。然后，周一德与王柔相度形势，筑城于吉多坪。八年冬，湖南巡抚赵弘恩亲临镇筸，统率官兵驻扎吉多坪，“晓谕开导，宣布清威”，最后，“各苗归诚向化”，次年清王朝于此正式设厅，设同知一员，雍正帝将其命名为永绥同知，隶辰州府，共招抚“生苗”4700余户。
至此，红苗地区基本全部开辟为新疆（注意这个新疆克不是现在的新疆，而是当时朝廷新开的疆土），是为湖南新开苗疆，乾州、凤凰、永绥三厅被称为“苗疆三厅”。
苗疆开辟和改土归流后的腊尔山红苗区见下图。其中凤凰、乾州、永绥三厅属于即将建省的湖南，松桃厅属于贵州厅。清代以后提到腊尔山苗疆主要就是指这四个厅的区域，当然泸溪、古丈、保靖、麻阳的部分区域也包含其中。
苗疆开辟和改土归流后的腊尔山红苗区图。
沅州的式微—镇筸的崛起和湖南的诞生
历代朝廷原来对腊尔山苗疆的控制一开始主要是通过几百里远的辰州进行的。宋代开始，离苗疆更近的沅州通过驻扎总兵，设立偏沅巡抚，发挥了更大的作用，而明代来说通过修建“二十四堡”、“十三哨”和“苗疆边墙”，腊尔山苗疆的疆域被一步步被压缩，辰州、沅州离苗疆边界变远，镇筸城作为军事重镇和苗疆咽喉的作用凸显了出来。
镇筸城可能有些人会觉得陌生，但是提起沈从文的故乡—凤凰可能大家都会很熟悉，对镇筸就是凤凰。
镇筸城虽有武水支流沱江绕城而过，但因下游狗爬岩阻隔，无水运舟揖之利，城址平地狭小，是一个典型的山区平坝型山城。但该城雄踞楚边，位处苗疆“营制星罗，扼各路之咽喉”，有扼守镇服的作用。经过历代土司的经营有立城建置的基础。城西北腊尔山台地，是待开辟的“生苗区’。明、清两代为防苗患，修筑了苗疆边墙，并沿边设置许多营哨、碉、卡，驻有重兵。由于镇筸城位居边墙内侧的中段，东北可通乾州，西南可入川黔，东南可经石羊哨达于辰州、沅州，既可策应西南和东北沿边军事，又有东南辰州和沅州作为稳定的后方。由辰州至石羊哨有水路可通，输兵运粮，使给养有保障，加之，南依南华山，北濒沱江水，形势险要，易守难攻，是军事行动和立城征苗的最佳选址。
偏桥（施秉）、沅州（芷江）、镇筸（凤凰）与驿道位置图，镇筸离驿道更远而深入腊尔山苗疆，偏桥和沅州都在驿道线上
我们可以看到镇筸作为苗疆的军事重镇在一步步形成。
第一步由于沅州总兵离苗疆前沿太远不便调度，为了军事开边和加强苗防。于康熙三十九年，将总兵移驻凤凰，设镇筸镇。
总兵始设于明洪武二年（1369年），其统辖兵士、编制定员、位阶皆无一定，通常为公侯或地方都督兼任。明朝末年，总兵是明朝的高级将领，全国不过二十人左右。清代总兵为绿营兵正，官阶正二品，受提督统辖，掌理本镇军务，又称“总镇”，其直接统辖的绿营兵称“镇标”，视驻地，统辖兵员多寡相差甚多，大约于一万五千名至数百名之间。
随着清初朝廷在苗疆的一连串的军事行动，康熙三十九年(1700)，时任湖广总督郭琇上疏，请求加强对弹压辰州西南一带苗疆的镇溪协的军事力量，将沅州镇与镇筸协军事布防进行对调。
郭琇上疏系统地阐述了对调的理由：
首先是镇筸位置的重要性：辰州西南一带，乃楚、黔、蜀万山之交，悬岩深涧，鸟道羊肠，苗倚等为寨，盖数百处。内巢生苗，性更悍顽，接壤汉土边民，频遭攘窃。惟藉镇筸一协兵威弹压。其地上接贵州铜仁协，下抵泸溪，地广五百余里，险隘四十余处。
郭琇还对明代和当时清政府在在苗疆的兵力做了一个对比：明时沿边筑土墙三百八十里，分守官军七千八百人，边民犹受其患。我朝定鼎以来，设协领兵一千六百名。康熙二十三年，裁去五百名，仅存一千一百名。副将驻扎五寨司城，居中调度。守备驻防乾州，分防麻阳县镇溪所，大小汛塘八十余处。历任督抚提镇诸臣，止议以永顺、保靖二土司分寨抚管。土司相距颇遥，且兵未经制，止可偶供征调，未便使其永远抚管。
他还谈到了防苗形势的严峻。二十四年，补丁等寨狡苗出没进讨，半载始就抚。数年来，苗生日繁，自上年十二月内扰，现调官兵剿抚百余寨。尚有盘踞最险之天星寨，在万山中，壁立数百丈，仅有一路可登，为诸苗积粮险要，弱则稽首请命，强则率众跳梁。兴师问罪，则窜匿深等，奏凯初旋，则仍思跋危。盖彼恃岩穴等恫，不须裹粮而行。我则师行粮从，支给浩繁，纵能加威，而百姓扰累，不可胜言。
最后他提出了建议：臣会同抚臣提臣筹酌，莫若移镇防堵。今沅州镇标额兵一千九百五十名，存城兵一千三百名。沅州系黔、楚孔道，承平日久，不必重兵弹压。请将沅镇总兵张大受撤，带本标将一千一百名移驻镇筸。即将镇筸副将亦撤，带标员移驻沅州，统领所存兵九百五十名，酌分防汛。并以辰州将弁及永、保二土司统归镇筸总兵辖，庶军威壮而顽苗不敢肆行狂悖。总兵任大责重，平日约束必严，设遇警急，调集所辖卉兵，亦无彼此歧视，是一转间，而边地生民可以安居乐业矣。奉旨允行，改镇筸协为镇，以沅州镇总兵移驻。”
这一请求得到康熙帝的准允，是年，郭琇奉旨改镇筸协为镇，以沅州镇总兵移驻。镇筸总兵官统辖内外玖营。除镇筸总兵营外，下辖八营（中左右前后、晃州、绥安、长安）、三协（沅州、靖州、绥宁）。苗疆军事重镇完成了从沅州到镇筸的转移。