其实在此之前，也有过所谓苗乱，但王朝采取了抑制官兵镇压的基本态度。“康熙八年，镇筸副将王雄以剿苗被议、嗣是镇守诸将，任苗出劫，相率匿讳”。也即是说，康熙初年政府对经理苗疆采取保守的态度，只是希望保持原状，并无意进入到苗疆，实现对其的控制。
但在平定“三藩之乱”后，王朝对这些苗乱采取的态度就有了急剧的转变。腊尔山生苗区地跨三省，历史上一度成为李自成余部所控制的地带，即夔州十三家的盘踞区，并对朝廷长期构成威胁。因而在生苗区中，这是最早引起清朝关注，并最早实施开发的苗区，从康熙初年直到雍正末年才最终彻底开辟完成，开发的时问拉得很长。史籍所载，为了稳定对这一地区的开辟成果，清廷还不得不以“红苗”出劫和反叛为名，多次加以“清剿”。
其实在此之前，也有过所谓苗乱，但王朝采取了抑制官兵镇压的基本态度。“康熙八年，镇筸副将王雄以剿苗被议、嗣是镇守诸将，任苗出劫，相率匿讳”。也即是说，康熙初年政府对经理苗疆采取保守的态度，只是希望保持原状，并无意进入到苗疆，实现对其的控制。
但在平定“三藩之乱”后，王朝对这些苗乱采取的态度就有了急剧的转变。腊尔山生苗区地跨三省，历史上一度成为李自成余部所控制的地带，即夔州十三家的盘踞区，并对朝廷长期构成威胁。因而在生苗区中，这是最早引起清朝关注，并最早实施开发的苗区，从康熙初年直到雍正末年才最终彻底开辟完成，开发的时问拉得很长。史籍所载，为了稳定对这一地区的开辟成果，清廷还不得不以“红苗”出劫和反叛为名，多次加以“清剿”。
清乾隆初阿琳《红苗归流图》 负隅拒捕图描述了这一阶段苗民和官军激烈战斗的场面
这场对苗乱的征剿是清廷开辟湘西“生苗区”的序幕，清朝的统治第一次深入到腊尔山的腹地，也是清初对苗疆政策的一个转折点。自此以后，清王朝一改过去对苗疆的绥靖政策，将重点集中到如何实现苗疆长期稳定的政策上来。自康熙二十四年(1685 )始，请朝廷展开了一系列军事征剿与调防，加强苗疆的军事控制对苗疆的军事征剿行动。
后来编撰的《湖南通志》给我们呈现了一系列对苗疆的军事征剿行动。
“康熙二十四年，红苗出劫镇溪所。偏沅巡抚丁思孔遣副将郭忠孝剿平之。”
“二十五年，正月，苗复窜聚革多等寨。郭忠孝雪夜从排那分军进，斩首三百余级，生擒吴老虫等。余苗奔入天星寨，官兵围之，…因招谕之，首众遂降。”
“三十二年，劳神寨苗叛。都司王润讨平之。”
“三十七年，乾州苗攻陷官兵六十余人。初，副将刘魁龙纵下虐苗，至是挟怨叛。”
“三十八年，乾州苗复杀虏官兵数百人，把总郎得功陷焉。参将朱缓会永、保土司剿之。”
康熙三十九年，湖广总督郭秀认为苗人据天星寨固守，粮草充足，随时可以四处掠杀州县。于是诏谕苗民望风归诚，还在顽固不化者有如天星山、马鞍山、毛都塘、七都树、打郎、湄亮、老家、两头羊、糯塘山、老旺山等寨。康熙四十一年（1703），麻阳县生员李丰、王章等人为红苗事赴京叩阍陈情，以至于“天威震怒”。也就是说麻阳人告状到告到北京区了，皇帝都发怒了。
康熙四十二年（1704年），清王朝对腊尓山苗疆采取了更大的军事行动，九月二十四日奉“上谕”：“湖南红苗，自明朝以来，负固不服，今仍生事多端”，“红苗人等不可令在三省接壤之地为害”，“著照招抚广东八排瑶人之例，遣在京大臣前往，带荆州驻防满洲兵一千，并酌带广西、贵州、湖南三省兵，乘此冬月，直逼苗穴，勒令归诚，设立州县。”
于是礼部尚书席尔达等督军至天星寨、迤东、报木营立营，令提督俞益谟攻打天星、龙蛟洞、排六梁等寨；贵州提督李芳述攻糯塘山、上下葫芦、都河等寨；广西提督张旺攻马鞍山、打郎、老旧山等寨；镇筸总兵雷如攻毛都塘、老家寨、两头羊、湄亮、七都树等寨。十二月十日，席尔达自报木营同总督喻成龙、巡抚赵申乔赶苗穴督师应援，
十三日，令长沙协副将高一靖等分为四路进剿，当天俞益谟逼近天星寨，苗人恃险不降，小天星寨后山岩高峻，怕有苗人伏兵，于是令大同参将许士龙等攀岩而上，遇苗兵约700人此时高一靖自龙蛟洞过来与许士龙夹攻，杀死苗兵493人，生擒8人，苗人见小天星寨被攻破，于是投降；十六日，把总蔡宝芳领20人入寨侦察苗寨虚实，二十一日，席尔达会诸军亲到寨前，苗民投降；同日，高一靖由箐西进入天柱，参将吴郡由箐北入，许士龙由柱南入，永定游击包成在箐旁诸山设伏以防余苗逃窜，永杰军搜箐南至大山下有苗1000余拒守，包成率兵攻打斩苗800余人；劳述至糯塘山、葫芦等寨，进攻到飞岩屯，斩苗700余人，生擒37人，又进至蜂箐岩，苗人聚1000余拒守，包成部抄其后路击败苗众，再杀苗兵500余，生擒29人；张旺在马鞍山、打郎寨令桂林副将王国用进山二里左右，有苗1000余防守，王国用令游击刘伏振越过山后合攻苗兵，杀苗人300余，苗人遂逃，柳庆营守备王朝佐设伏堵苗去路，杀苗150余人，至打郎山，苗人死守不出，右营千总洪珍杀苗兵50余，又于老旺山捕至冲下，把总雷启明杀24人，千总郭环杀80余人，王国用等合攻杀苗一百余人，刘伏振杀苗90余人，缴获鸟枪、药弩、刀枪甚多；雷如与保靖土司彭泽虹率土兵进抵毛都塘、大砦围剿杀苗兵520余，十五日官军分两路加梁而下，令保靖土兵搜箐而入，雷如复督兵山头，苗众砍木塞去道路，官军血战直逼高界，逆苗战死者600余人，擒苗人男妇50余人，雷如移兵转攻两头羊，杀苗兵115人，获苗男妇6人，探听到残苗躲藏在解放岩后箐洞，雷如与游击史赞、胡连等并保靖土兵分四路攻杀苗兵235人，获苗男妇9人。计苗人投诚的有301寨，席尔达于是班师还京。
清乾隆初阿琳《红苗归流图》 王师捣穴图描绘了这次征战
腊尔山苗疆开辟这一关键战役，共杀苗民4700余人。
在镇压了这次镇筸红苗反叛后，康熙四十三年正月，清朝廷辟凤凰厅、乾州厅。
在腊尔山西侧的贵州境内，早在康熙九年(1670)就有铜仁副将贺国贤镇压坡东、坡西(今贵州松桃东部)苗民暴动，安置了龙头、马恼、盘石、正大、太平等十多营。康熙四十三年(1704)置正大营厅，添设铜仁“理苗同知”驻此，专管苗民事务。雍正八年，又移正大营同知为松桃理苗同知，将铜仁协的全部兵力移驻松桃，以便就近弹压，其后还正式设置了松桃直隶厅。雍正十年三月，兵部议准升任云贵广西总督鄂尔泰的奏疏:“黔楚交界之生苗，久居化外，今铜仁所属坡东、坡西向化归诚者一百五十一寨，均宜设协安营，移兵驻扎。请于铜仁协添兵八百名…分防松桃。”雍正十一年，将厅城移置今寥皋镇，至此，对腊尔山生苗区的开辟，才告结束。
康熙四十六年(1707)裁五寨、筸子坪长官司。后来，毛都塘、马鞍山诸寨逃匿在穷山中的苗民，也被迫剃发入册，共计有12寨、240户、369口，输纳杂粮7石3斗8升。康熙五十年(1711)，毛都塘等52寨和盘塘窝等83寨的苗民在清统治者的威胁利诱之下，由苗民首领吴老铁等率领先后“愿为编民，输粮供役”。
湖广乾州、凤凰二厅设治至此彻底完成。这时除了还保持土司的地位外，已在苗寨设寨长、土白户催征巡缉，在新设的二厅中移设道员、同知、通判兼辖，这已是流官、土司共同对苗民进行统治了。清中央土朝的这次“进剿”行动，动用了三省的“满汉官兵”及土兵，大小共计十余战，屠杀苗民数千人，迫使腊尔山地区的“生苗”大部分归入中央土朝的统治版籍之内。