嘉靖二十七年，明廷又改派都察院右都御史张岳、总兵沈希仪，相继调集湖、川、贵汉、土兵力10万余人前往镇压。六月，破腊尔山30余座山寨，屠杀义军1800余人。明军的残暴手段，不但没有慑服起义苗民，反而更加激起苗民的仇恨怒火。
嘉靖二十九年三月二十四日，龙许保率领起义军由缠溪、朗溪、板溪，分兵3路再次直取思邛司，参将石邦宪败逃，千户安大朝被俘虏。随又袭击朗溪长官司。总督张岳被斥责后，迅即调集汉、土兵8590余人，又向思邛司进发征剿。张岳征剿失败，就采用石邦宪的计“捐厚资招抚”，并对乡健和顺苗进行厚资犒赏。顺苗麻得盘、吴老革、吴旦逞等接受重赏，配合乡健，深入苗寨，充作内奸，用花言巧语，邀请龙许保到鲁母寨吴旦逞家，吴设酒宴款待，将龙许保灌醉，捆献张岳。嘉靖三十一年三月，龙许保在沅州被杀害。龙许保被害后，吴黑苗继续率领义军奔袭各地，打击明军，直到嘉靖三十一年十月，余部被石邦宪所部镇压。
嘉靖苗变从嘉靖十九年(1540)到嘉靖三十九年(1560)前后竞然延续了二十多年。《明实录》中提到名宇的叛苗首恶，就多达数十人。而苗疆生界苗族出山袭击的范围有逐步扩大之势。向南打到严密设防的清浪卫，向东袭击了湖广行省的麻阳，甚至偷袭了洞庭湖畔的桂阳，奔袭的距离长达四百公里，而苗族几乎是入无人之境。由于这次祸乱，明廷获罪的二品高官就有好几位，腊尔山苗疆相邻的各土官无不疲于奔命。正如当时的巡按御史弹劫地方官员的奏章所说的那样:湖广、贵州两省联兵十万，去对付区区三千叛苗，却数年未平。
上述记载，只能反映官方所观察到的一种表象。实情则在于，并存的这些苗族家族村社，几乎是所有的家族村社都各自为战。就算费尽移山心力，彻底击溃其中的一支或几支，对整个生界苗族而言，社会根基并未动摇，剩下的其他家族村社，照样可以在有利的时机卷土重来。明廷的官方只看到苗族出山，而看不到每次出山的苗族分属不同的家族村寨。因而得出了这些苗族叛服无常的结论。
明廷官方抱定擒贼先擒王的用兵套路，并在这一套路的基础上，衍生出了臆想中的剿抚两手对策。但他们万万没有想到，在这片苗疆生界中，由于各家族村社，并行延续，互不统辖，以至于无论是“剿”是“抚”，都无“王”可擒，也无“善类”可抚。最终使得不仅是地方官和高级将帅束手无策，就连朝廷也拿不出定见来。最终只能修“边墙”，被动设防了事。
实际上，试图征服苗疆的统治者做梦都想让各苗疆有个类似土司、酋长之类的统领，然后自己只要借助这个首领实现对苗疆的统治。后来在乾隆元年(1736)，兵部侍郎王士俊就曾提出建议，认为治理苗疆可“将征服各寨，大则以三十寨为率，小则以五十寨为率，择土司中之才能素堪服瞥服群苗者，使管辖之”。
但曾经辅佐云贵总督鄂尔泰讨乱苗的张广泗表示了反对，他在给乾隆皇帝的奏折中说:“维此苗疆回环二千余里，错杂数十万人，犹幸其各为雄长，向无统率，其联，人散而无所属。惟无所属，斯无定谋;惟不相联，斯无固志…今设以管辖之，设以阴谋狡黯之土司，统此凶悍繁多之苗众，联其心志，统以尊山岭崇深、田畴错杂，路通一线，山险千寻，一旦凭险负隅，深沟高垒，其言者。且此一带苗人，向无酋长。今欲强立一人以为土司，苗人安肯听其约司之设，于理、于势皆有所不可也。”
张广泗担心的是有道理的。苗族正因为无所属，所以没有远大的志向；而一旦有一个统领、有谋略的头人，在苗疆这样的地势下把持一方，可能谁也征服不了，而且苗人也不习惯于听命于人。
苗疆边墙的前奏—十三哨
嘉靖苗乱，明王朝先派都御史万镗带领六万余人的明军，进行镇压，费时多年，未能平息。又派都御史张岳领湖南、贵州和四川三省明军和土司兵共十六万人，才把这次苗民起义镇压下去。
这以后张岳留镇沅州，镇筸驻参将。嘉靖三十一年(1552年)，明政府设三藩总督并开府沅州，由张岳任总督镇抚。张岳与副使高显，参将孙贤，依据地形，进行筹划，疏罢湾溪等堡，更设一十二哨，即乾州哨、强虎哨、筸子哨、洞口哨、清溪哨、五寨哨、永安哨、石羊哨、铜信哨、小坡哨、水塘坳哨、水田营哨，连镇溪所算上，共十三哨。各哨以土兵、仡蛮等数百余人，复招募打手数十人戍守。”
张岳所建营哨，后来又有增减。据万历中辰州府推官候加地记载，隆庆三年（1569），裁铜信、冰塘坳、水田管等哨。又以丫刺关改永宁哨，新建箭塘营。万历三十六年（1608），增设盛华哨和王会哨。按候加地记载，共有14哨、2营、1所。
乾州哨即今天的吉首乾州。但乾州古城墙已经在历史中尽毁，今天看到的已经完全是旅游经济兴起之后兴建的现代建筑，已经没有多少历史文化价值了。倒是乾州胡家塘唐宋时期就已存在，由大塘和小塘组成。小塘里有一口古井，叫安澜井。井深不可测，相传是与万溶江相通。两塘之间弯弯的石拱桥叫清风桥。从桥上走过右手边是土地堂，供奉的是土地爷。旁边的木楼叫继兰楼，建于清光绪年间，是乾州少有至今犹存的百年名楼。
二营十四哨，除入有城、有楼、有校场、有官衙、有社仓而外，又附设有小营、小哨、炮楼和隘门。
这些营哨和它们附设的小营、小哨、炮楼和隘门，主要分布在五寨长官司、筸子坪长官司、下四里苗地、麻阳县和泸溪县等地，其中五寨长官司和筸子坪长官司境内居多。它们各有各的防区，且相互之间联系很紧。比如，永宁哨，旧名刺关，古总兵营地，它与永实哨会哨于木星街炮楼，与王会哨会哨于天星塘炮楼。
张岳的善后措施确实在萧授“二十四堡”的基础上大大缩小了军事设防的建制，特别是将位于苗疆腹地的“湾溪等堡”撤废。“二十四堡”与“十三哨所”前后的变动是一种军事设防上的退缩，但比较两者的差别，这种变动也有其道理：
一、最显著的特点是减轻了经济负担。从苗疆腹地撤出，而改为沿边设防，实际上张岳的这一改制是不得己而为之。明代中叶以后，卫所屯军衰败，大量屯军逃逸，苗疆腹地军力空虚。张岳改建“十三哨所”使得苗疆驻军数量的减少，对驻军的给养和兵员的需求可以得到极大的压缩，大大节省了人力财力，节约大量的军费开支，缓解了财政的压力。
二是消除了苗疆腹地的一些不安定因素。明中期后朝政日趋腐败，骄兵悍将生事邀功屡禁不比，这就使得派小股部队长期驻守苗疆腹地非但不能收到教化之功，这些驻军在没有严格制度控制的情况下，反而成为虐害苗民的“凶手”。很多“苗反”都是由此引起的。所以撤出来对苗疆安定有益。
第三张岳的改制极大地借助了土司、土官的力量。就在明廷任命张岳总督四川、湖广、贵州、云南等处军务的同时，湖广御史贾大亨上奏嘉靖皇帝，力请保靖、永顺土司代管苗疆。
“嘉靖二十七年十月癸卯:巡按湖广御史贾大亨奏:湖广十年之内两举征苗，师疲于久役，财医于供亿，而卒未奏荡平之。…臣巡行地方见闻颇真，盖土官之力宴能制苗死命。今欲使苗驯服不叛，唯宜于土官责之。臣谨与各该守臣计议，拟以筸子坪各寨苗夷分属保靖宣慰彭草臣约束，镇溪各寨苗夷分属永顺宣慰彭明辅督，同土指挥田应朝约束。以后，各苗或有不靖，即勘系何寨，分将该管土官坐以故纵之罪，而易置黔削之，则苗患当自此鲜矣。…部覆大亨言是，诏草臣等悉遵所分苗寨用心管摄…具奏”(《明世宗实录:卷341》) 。
由朝廷下令责成永、保土司代管苗疆，成为定制，更是极大的配合了张岳哨所改置。张岳这次防卫改进，仅仅对苗疆南部边缘设防，东、西、北三而几乎无一兵一卒驻守，他之所以能够做到这一步，关键是借助了周边各土司的力量，特别是永顺、保靖土司的势力，替代此前的靠驻军发挥的作用。