而造成这一切的开始，都是苏哈托独裁统治的时期。在这位独裁总统三十多年统治时期，印尼中央政府对外岛的盘剥达到了无与伦比的地步，地方政府的85%的收入都要上缴国库，而爪哇人最终又获得了这些国库收入的绝大多数。加之苏哈托独裁政权的铁腕控制和在‘一致性原则’下的强迫同化政策，本身就已经使种族仇恨不断壮大，就像是一座濒临爆发的火山一样，种族情绪就像岩浆一般在地表之下奔突，随时都会来一次总喷发。可悲的是，印尼政府却不去疏导，而是去无所作为，甚至是助纣为虐。
譬如在黑色五月暴动中，当5月13日暴乱的消息弥漫在整个雅加达的时候，苏哈托总统正在埃及出席一个会议，而所有的军方要员则都到东爪哇的玛琅市参加一个典礼。故而在5月14日，当暴乱发生在雅加达地区的时候，此时也就没有任何军队在街道上维安了。
也正是如此，媒体和国际社会普遍认为这次暴动是有组织有预谋的暴乱活动，而军方也参与其中。无论是苏哈托总统正在埃及出席一个会议，还是所有的军方要员都到东爪哇的玛琅市参加一个典礼，都只是为了制造一个时间差。之所以要制造这次暴乱，只是当时苏哈托为转移金融危机压力，缓和国内压力，而去透过军方情报部门策划煽动的。
而更可悲的一幕则是2001年中加里曼丹种族冲突，当桑皮特血案发生的时候，在屠杀逐步升级时，当地的军队和丨警丨察却基本上袖手旁观，不闻不问。甚至桑皮特镇一名官员说，他对被派到那里的2000名军警无所作为的行动感到震惊。虽然街头杀声震天、热血飞溅，但在一个丨警丨察所，记者们这是发现几名警官在悠闲地下着国际象棋，
而瓦希德总统则是正在中东访问，也因此，有媒体讥讽到：“此时瓦希德总统大概他觉得与平息种族流血冲突相比，在国外谋求经济援助更为重要，于是只好顾头不顾脚，继续他为期两周的访问行程。”
而之所以2001年会发生中加里曼丹种族冲突，也只是因为土著达雅克人对印尼主要民族之一，被达雅克人视为贪婪的外来者的马都拉人之间不可调和的矛盾。而为什么达雅克人对马都拉人会产生仇恨，也是因为马都拉人是在印尼政府的支持下移民到加里曼丹后就一直在剥削土著人。另一方面，达雅族多数改信基督教，而马都拉族是外来的，当初印尼政府为了解决各地区人口拥挤问题，实行迁移政策，在2001年前约40年间，共有数十万人迁移到加里曼丹地区，其中大部分是来自马都拉岛的马都拉族。马都拉族又全是穆斯林。
所以当种族矛盾和宗教冲突掺和在一起，当这种掺和了种种矛盾而积蓄起来的情绪开始在不断的如同沼气一样在发酵，在积聚的时候，当印尼一旦中央政权失去对基础政权的控制、当社会开始失去秩序、当经济崩溃的时候，便会发生冲突。
当印尼社会的总体性混乱，已使印尼政府疲于奔命，精疲力尽，捉襟见肘的时候，当印度政府出现了行政瘫痪现象，甚至军警不愿插手地方冲突，甚至是持庇护态度的时候，当杀人者可以公然面对电视镜头微笑，所有的一切只会让少数种族更加的憎恨。
曾经在印度尼西亚国内流行着这样的说法：印尼首任总统苏加诺是‘旧秩序’，第二任总统苏哈托自诩为‘新秩序’，后来的瓦希德是‘没秩序’、梅加瓦蒂是‘建秩序’、苏西诺将军则是‘找秩序’。现在的印尼已经成为一个“失序国家”。
更有媒体这样形容：“印尼到处都是枯黄可燃的干草，点燃枯草的可能是火柴、未熄的烟头，乃至太阳光的自然照射。世界上很少有哪一个人口大国和领土大国像印尼这样每天都处在混乱当中。这种大混乱、大瘫痪的局面，既有过去的既得利益者暗中推波助澜、激化矛盾、逼迫新政府下台的原因，也与印尼军方的消极态度有关。军方因在东帝汶的粗暴行为受到国内外舆论的谴责，变得心灰意冷；过去军队拥有多重职能，从国防、治安到经商、干政，现在似乎是处在半退休状态。”
也正是因为这些种种，正如美国中情局的一份报告所称的那样：“雅加达之战从一开始就注定下了印度尼西亚政府和其背后的爪哇人将失败，因为多数的少数族裔将会选择支持中国军队来推翻这个腐败而又带有种族倾向性的失败、无能的政权。”
无论怎么样，现在的雅加达已经在成为一座堡垒，一座将注定下会流血成河的战场。一方面，印度尼西亚军队在全面备战，几乎完全的使得这座城市已经成了一个兵营、一个坚垒；而另一方面，中国军队也正在逐步向这里推进而来。在雅加达东南方向的海岸上，据称已经发现了小批中国登陆部队，但情报部门无法证实这是侦察部队，还是抢滩部队。
不过就在此时，印尼最高军方当局已经在召开一场紧急部署会议，就最终的雅加达作战方案作出调整。由于虽然印度尼西亚的武装部队是由陆、海、空三军和国家丨警丨察部队组成，而武装部队的最高统帅为总统，但苏哈托政府于1966年上台执政后，改革了印尼军事体制，取消三军司令，设立三军参谋长，又规定武装部队既担负保卫国防安全，又要参与国家社会政治事务，这就等于是极大程度上扩充了军方的势力。
最初这样的架构的确是很大程度上为苏哈托利用军方力量来为自己的独裁提供力量支撑，毕竟当年这位苏哈托总统是通过国防安全部和武装部队司令部，对全国武装实施领导和指挥的。国防安全部的主要职责是，制定军事计划、军事预算和军事政策等。而国防安全部下设作战事务参谋部、行政事务参谋部、社会与政治事务参谋部和监察总部，而国防安全部的最高领导者则是部长；与之类似的是武装部队司令部，该司令部的主要职责是负责作战指挥，同时代表武装力量参与国家的社会政治事务。武装部队司令部设司令一人，与国防安全部长一起构成了总统的左右两臂。
具体的军方实施操作方面则是陆军方面，由陆军参谋长对陆军实施领导和指挥。陆军参谋长直接领导的机构有：陆军参谋部、作战司令部、特种部队司令部、训练司令部、后勤支援司令部、中央直属独立机关和部队以及十个军区司令部；海军方面，则是编有两个舰队司令部，即驻泗水的海军东部舰队司令部和驻雅加达的海军西部舰队司令部；空军方面则由作战司令部领导和指挥。空军作战司令部下设东、西两个作战司令部，即以乌戎潘当为中心的东部作战司令部和以雅加达为中心的西部作战司令部；
丨警丨察部队方面，丨警丨察部队直属国防安全部领导。现有编制近二十万余人。总部设在雅加达，设总长一人。下设谍报、人事、后勤、计划四个参谋局，丨警丨察部队又设爪哇、苏门答腊、加里曼丹和苏拉委西四个丨警丨察区际联络部。联络部下辖十七个警区。丨警丨察兵种分四类：包括正规丨警丨察、交通丨警丨察、妇女丨警丨察的一般丨警丨察，特种丨警丨察防暴部队，丨警丨察机动旅部队，安全丨警丨察师部队。这些丨警丨察部队和军方力量一样，都是整个印尼军事力量的重要构成部分。