起义军转而进攻蕲州，蕲州刺史裴渥是王铎主持考试时录取的进士。王镣在贼人里面，帮助王仙芝写信向裴渥游说，于是裴渥和王仙芝商定各自收兵停战。裴渥答应为王仙芝奏请官职，王镣也劝说王仙芝答应裴渥的条件，待条件达成之后，裴渥于是打开城门邀请王仙芝和黄巢等三十余人进城，并设置酒宴大摆财货赠送他们，还上表向朝廷陈述王仙芝等接受安抚的情形。
裴渥也是唐朝宰相裴澈之兄，然而宰相中多数人都说：“从前先帝不赦免庞勋，一年后终于平定了他，现在王仙芝这样一个小小的贼寇，是不能和庞勋相比的，赦了他的罪，还任命他做官，只会助长了坏人的气焰。”
由于王铎的坚决请求，皇帝还是同意了安抚，于是任命王仙芝为左神策军押牙兼监察御史，派中使把告身送到蕲州授给王仙芝。王仙芝得到任命的消息很高兴，王镣和裴渥都向他道贺。然而好事不长，还没有退出城，黄巢看到自己没有得到官职，大怒说：“开始起事的时候，我们共同立下誓言横行天下，现在你独自得到官职去左神策军上任，却丢下这五千多士众到何处去呢！”
于是殴打王仙芝，把他的头也打伤了，他的部下也都喧噪不已。王仙芝惧怕众人的怒火，就没有接受朝廷的任命。继而在蕲州大肆进行抢掠，房子被焚烧一尽，城里面的人一半被赶走，一半被屠杀。
裴渥逃往鄂州，赦使逃往襄州，王镣被起义军拘留了下来。王仙芝将他们的军队三千多人分给自己和尚君长，二千余人分给黄巢，然后离开蕲州，又去攻打宋州城池。平卢、宣武、忠武三道的军队和他们进行作战，但都没有取得胜利，起义军就把宋威包围在宋州城里。
幸而左威卫上将军张自勉带领忠武道的军队七千人前来救援宋州，斩杀二千余人后，起义军这才撤除包围逃走了。
张自勉是珠山人，善于骑射，精通韬略。初因盗贼四起，为保一方安宁，组织民兵捍卫乡里，后来得知朝廷组建征南行营，遂单枪匹马奔赴军中当差，因功经从叔行营使张明举荐补中郎将。
其时强大的大唐帝国，因藩镇割据，宦官当权，早已是千疮百痍，破败不堪。为了支撑摇摇欲坠的唐皇朝，张自勉凭借自己的智勇双全，和忠于皇帝的赤子之心，率领将士奋勇镇压王仙芝、黄巢所领导的起义队伍，真可谓是呕心沥血。尽管战功卓著，仍然每遭权贵的陷害，若非宰相郑畋救助，不但兵权被夺，而且险遭杀身之祸。
事情是这样的，王铎和卢携想让张自勉把他所带领的军队归宿宋威指挥，郑畋认为宋威和张自勉之间已经有了猜疑，若是将张自勉分在宋威手下，一定会被宋威杀害，因此郑畋不肯在奏疏上签名。
王铎和卢携就在皇帝面前申诉，要求免官，郑畋由于自己说的话没有人听，也借口有病要辞去相位，皇帝自然都没有答应。
郑畋上奏说：“自从沂州报告打了胜仗以后，王仙芝更加猖狂，攻下了五六个州，使数千里的地方遭到破坏。宋威这个人衰老多病，自从虚妄地奏报军情以后，各道的兵马都更加不听从他的指挥，现在停留在亳州，一点进攻征讨贼寇的打算也没有了。曾元裕拥兵驻扎在蕲州和黄州，一心观望形势退缩不前，倘若贼寇攻下了扬州，那么整个江南地区朝廷就管不了了。崔安潜威望超过他人，张自勉是一名骁勇的良将，宫苑使李瑑是西平王李晟之孙，既威严又勇敢，臣请求任命崔安潜为行营都统，李瑑为招讨使取代宋威，张自勉为副使取代曾元裕”
然而郑畋的建议没有得到采纳，他和王铎、卢携在皇帝面前的争辩也论输了，于是他又上一奏说：“自从王仙芝叛乱开始，崔安潜最先提出派遣军队共同讨伐他。接着调拨士卒，尽量拿出钱粮来支持，贼寇往来上千里路，使不少州县遭到破坏，唯独不敢进犯崔安潜所统辖的忠武军境内，又将他的本道兵交给张自勉带领，解救了宋州的围困，使得江、淮之间的漕运得以畅通，不致落入贼人手中。现在蒙恩要将张自勉带领的七千名将士，全部交给张贯隶属于宋威，只留张自勉一个人回许州去，宋威又屡上奏章加以诬陷和诋毁，因为立了功反而受到侮辱，臣私下为这件事感到很痛心。崔安潜出兵征战以来，前后打了不少胜仗，一旦把精锐部队都交给了别人，良将空手回来，倘若强敌突然到来，又用什么去抵御敌人！臣请求只将忠武军中的四千人分给宋威，其余三千人仍由张自勉带领，守卫他所管辖的州境，这样既不侵占了宋威的功劳，又避免使崔安潜感到耻辱。”
卢携不赞成这样办，郑畋于是又上奏说：“宋威欺骗了朝廷，败军之将的名声远扬，又听杨复光说，王仙芝七次写降表请求投诚，宋威却不为他上奏朝廷，朝野之人都痛恨他，认为应当用军法处置。他的行为表现出这个样子了，不应该再让他掌握兵权，希望和内大臣参议商酌，尽早把他罢官。”
杨复光本姓乔，为宦官杨玄阶所收养，故改姓杨。唐末农民起义爆发后，他历任唐将曾元裕、宋威、王铎诸军监军，并多次劝说王仙芝投降。
当时杨复光派人游说告谕王仙芝，王仙芝就派遣尚君长等向杨复光请降。宋威却派军队在路上拦劫了尚君长等人，宋威上奏说是和尚君长等在颍州西南作战，活捉了尚君长等人献给朝廷。杨复光上奏说尚君长等人其实是来投降，不是宋威擒获的。朝廷诏令侍御史归仁绍等人审问这件事，结果还是未弄明白，于是将尚君长等人在狗脊岭暂首示众了。王仙芝闻讯大怒，因此大举进攻荆南。
荆南节度使杨知温是朝臣杨知至的哥哥，由于文学优异被提拔，却不知道用兵打仗之事。有人告诉他起义军将要到来了，杨知温以为是瞎说，不作防御的准备，当时汉水水浅河狭，起义军从贾堑渡过了汉江。
正月初一的早上，天空下着大雪，杨知温正在接受僚属的拜贺，起义军已经到达城下，攻下了外城，于是将士们共同修治内城驻守着。到傍晚时，杨知温还没有出来巡视，将佐请求杨知温出来安慰一下士卒，杨知温却戴着乌纱帽，穿着黑皮袍出来了，将佐就帮他穿上铠甲以防备流箭。
杨知温看到士卒们顽强的抗击敌人，一时感概万分，竟然吟起诗来给幕僚们欣赏，然后才派使者去向山南东道节度使李福告急。李福接到了信报，连忙带着他的全部人马前往救援。
这时候有沙陀骑兵五百人正驻守在襄阳，李福邀请他们一道前去荆南，到达荆门时正好碰上了起义队伍，沙陀骑兵于是大肆进击，一举打败了他们，王仙芝在混乱中战死。尚让听到王仙芝被战死的消息，在江陵城外焚烧抢掠一番之后就离开了，江陵城下原有的三十万户人家，在这次战争中被杀的十成中有三四成之多，一时间江陵城的上空哀声一片。