按照当时的情况来分析，南京的守军应当不下万人，足以应付区区几十个人，然而此前秣陵关守军弃城逃跑，由于事出仓促，陪都的官员对这一股倭寇的情况是一无所知，竟然认为袭来的是一支倭寇大军，看似固若金汤的南京城笼罩在一片恐慌的氛围之下。时任南京兵部尚书的张时彻下令关闭城门，于是城中的13座城门紧闭，所有大小官员都要登城守门，就连全城的老百姓也要自备粮械，点名上城。
不知道是明军太过软弱无能，还是这帮倭寇的战斗力太强，城外上演了一出令人瞠目结舌的闹剧，这几十个倭寇竟然以寡击众，开始攻城了。
据《明史》记载，这伙倭寇异常嚣张，其中的首领穿着红衣骑着大马，率领手下的几十人进犯大安德门，城墙上的守军用火铳才将其击退，紧接着倭寇又沿着外城的小安德门、夹岗等门，往来数个回合。时任南京翰林院孔目的文人何良俊在笔记里记载了有关攻城的一些详情。当时镇守南京的官兵与倭寇对阵，在明军兵力占优的情况下，倭寇竟然斩杀了两位把总和指挥，士兵死者竟达八九百人。
而此刻在城内，无论是百姓还是官兵都龟缩在南京城里，谁都不敢跨出城门半步，任由这群倭寇在大明帝国的国都之外张牙舞爪，作威作福，可谓嚣张至极。
后来倭寇也觉得没劲了，便从祩陵关扬长而去，可是南京城里那些惊魂未定的官员仍旧不敢解除戒严，直到倭寇走远，南京城才获得准确的消息，城外的倭寇还剩下五十三人。
颜面扫地的大明朝最终下了道死命令：五十三个倭寇，一个不留，统统除掉。这帮倭寇离开南京后，转至溧水、溧阳、宜兴，经常州武进县，抵达无锡惠山寺，明朝的官军则在其后紧追不舍，倭寇又逃至苏州，各路明军则在此地围追堵截。
倭寇从苏州的浒墅关逃至五龙，接着又逃到海湾山，最后倭寇逃进了陶宅港，准备据险死守。在苏松巡抚曹邦辅的指挥下，副使王崇古，佥事董邦政，把总娄宇领兵围攻陶宅，斩首十九级。
剩余的几十名残寇最终在夜里弃守陶宅，一路奔向太湖边上的灵岩，企图乘船从水路逃离，但是无论是水路还是陆路都被明军死死地封堵住了，这帮倭寇是在劫难逃，终于被明军全部歼灭。
负责抗倭的胡宗宪手下的军官郑若在他的《筹海图编》中是这样评价这股倭寇的：“盖此五十三人者，滑而有谋，猛而善斗，殆贼中之精选，非常贼也。其所经历八郡，转战三千里，凡人材、物力、地形靡不了然于胸中；不杀人，不掠财，不奸妇女，周流深入，其志讵可测耶！曹公所斩，似当以贼首律之，而不当视为常贼，似当以千万人拟之，而不当拘其为五十三人也！”
从郑若的评价来看，这股倭寇并非普通的贼寇，而应当被视为有着超强战斗力的精锐部队，在八十多天的时间里，他们转战三千里，横冲直撞，四处流窜作战，甚至一度攻入南京城下，不但给当地人造成极大的恐慌，而且给明军带来了巨大的伤亡，在这一过程中，他们杀死御史一人，县丞一人，指挥官和把总数名，官兵伤亡四五千人。
然而令人费解和疑惑的是，这一小股倭寇并不对当地村庄和城镇进行大规模的烧杀抢掠，也不在一个地方做长久停留，而是另有目的。
那他们的目的究竟是什么呢，由于倭寇被全部杀死，他们的真实目的我们已无从知晓，不过有史学家分析，这有可能是一路先锋，目的就是来试探大明沿海通往内陆的防守力量，并寻找合适的入侵线路。幸运的是这股倭寇被及时全歼，否则会带来更大的危害。
不过毋庸置疑的是，在这场抵抗倭寇的过程中，明军的糟糕表现已经成为明朝历史上的一个笑柄，它充分暴露出嘉靖朝官吏和军队的腐败无能。
抗倭功臣胡宗宪
明中期海防不修，官僚的腐败，军队战斗力弱的问题很严重，倭患骤然升级，那么谁可以力挽狂澜，改变这个局面呢？关键时刻胡宗宪登场了。
胡宗宪(1512—1516年)，字汝贞，号梅林，徽州绩溪人，此人多智略，擅用权术，自幼受到良好教育的他很早就显示出卓越的政治才华。嘉靖十九年（1540年），胡宗宪就任山东青州府益都县令后，首先组织当地民众扑灭多年不遇的蝗虫灾害，接着又对当地的强盗进行招降，他采用安抚劝降的策略，不仅使群盗解散，还将其中可用的上千人，纳入自己的麾下，编为义军，成为日后抗击倭寇的重要力量。
然而胡宗宪是抗倭功臣中性格最为复杂也是最具争议性的人物。他出众的政治、军事才华，在抗倭斗争中显露无疑，比如他善于谋略，知人善用，软硬兼施擒杀了像汪直、徐海这样的大海盗。在他的手下，人才辈出，在御倭战场上他屡建奇功，得到了明世宗的称赞和首肯。但另一方面，他喜好玩弄权术，背信弃义，结党营私，残害忠良，生活奢侈，贪污贿赂，最终将自己推上了不归路。
胡宗宪吸取了前任朱纨仅仅只顾在前线武力剿倭，不注重朝廷风向的教训，他处事圆滑，深知必须搞好与朝廷重臣的关系才能保证自己平倭计划的顺利进行。首先，胡宗宪主动结好赵文华，虽然这是个奸佞小人，但他是沟通中央的关键人物。时任工部侍郎的赵文华上疏奏请祭祀东海海神，以图镇服倭寇，明世宗接受了这一建议，遣赵文华到松江祭海，督察沿海军务。赵文华倚仗自己为严嵩义子，到了江南后，对张经的战略指手画脚，到处瞎指挥，结果遭到张经、李天宠两人的抵制，因此怀恨在心，而精明的胡宗宪却看清形势，对赵文华是言听计从，亦步亦趋，对其是小心侍奉。这一招的确管用，哄得文华大悦，他非但没排挤胡宗宪，反而对其是大加赞赏。此后，胡宗宪又协助赵文华在抗倭前线排挤张李二人。尽管张经在取得了王江泾大捷，赵文华却将功劳尽归胡宗宪，并且罗织罪状陷害张经，胡宗宪也随声附和，上疏诋毁张经，加之内阁首辅严嵩在中央推波助澜，致使张经很快被问斩，接着两人又联合除掉了李天宠。
此后在赵文华的大力举荐之下，胡宗宪被提拔为兵部左侍郎兼都察院左佥都御史，代替李天宠担任御倭之职，赵文华还朝之后又排斥总督杨宜，以胡宗宪为兵部右侍郎代任总督之职，总领浙江、南直隶（今江苏省）、福建军务。于是属于胡宗宪的舞台终于到来了。
胡宗宪非常注重减轻人民的负担，从而使抗倭得到了广大群众的支持。
嘉靖年间，“南倭北虏”并存，南方沿海有倭寇，北方则面临蒙古铁骑的威胁，军费开支浩繁。三十四年（1556年），额外增税，亩出兵饷一分三厘，加上其他名目众多的赋役征发和严厉的海禁，沿海居民“膏血为之罄尽”，生路断绝，敝衣枵腹，皆曰：“与其守分而瘐死，孰若从寇而幸生？”部分百姓被迫加入倭寇行列。胡宗宪深感问题严重，指出：“凡此经费，虽一木一石，一米一钱，皆生民膏脂…加之以师旅，因之以饥馑，重困之以征徭，搜刮之以劝借，奈之何民不穷且盗也，是有司者，乃为倭贼殴民，而又何怪乎？”他奏请朝廷宽限征收江南地区历年所欠加派、逋赋，并蠲免倭患重灾区钱粮。浙江省加派缎匹、工料等项银两，已达20多万，户、工二部还催查历年逋赋。时任浙江巡抚的胡宗宪上疏请敕户部，将加派本省的缎匹等项一一查清，除国家急需者严督依限征解外，“其余姑照苏、松事例，暂宽期限，其节年拖欠钱粮，暂且停征。及以后再有加派，一应钱粮，暂派别省”。
在胡宗宪上疏争取下，明廷除因自然灾害对东南地区减免赋税外，又多次在倭害严重地区大规模蠲免钱粮。他还根据需要，随时裁减水陆官兵，以减轻百姓负担。嘉靖三十六年（1557年）十月，奏准裁去部分士卒及岁费银49.9万余两，有力地调动了广大民众的抗倭积极性。
胡宗宪提拔了许多有能力的人，他的帐下三教九流，各色人等都有。抗倭名将戚继光、俞大猷就是由胡宗宪起用的。