那么明朝政府对繁盛的双屿港一无所知或者说一直视而不见？当然不是。实际上，双屿港的走私贸易一直都是明廷的眼中钉，但是双屿的走私集团一直与江浙地方官员、士绅有着紧密联系，所以明军的数次“剿匪”都不成功，再加上嘉靖皇帝当政的前20年，为是否给自己的生父赋予皇帝谥号与朝廷内阁闹得不可开交，因而无暇顾及双屿港。
不过这种没有国家支持的走私贸易，终将被终结。导致朱纨出兵攻打双屿岛的直接原因有好几种说法，比较流行的说法则是来自于葡萄牙人的记录。
1548年，来自利马港的名门望族，葡萄牙人兰莎罗特佩雷伊拉将几千克鲁扎多借给了几个毫无信用的中国人，结果这几个人赖账不还，还逃得无影无踪。恼羞成怒的佩雷伊拉为了补偿自己的损失，纠集了15到20个葡萄牙暴徒，在夜幕中袭击了距离宁波府两里路的村庄，他们抢劫了当地十到二十家农户，杀死13个中国人，还**了他们的妻子和女儿。这些葡萄牙亡命徒的暴行引起了当地人民的恐慌和愤怒，他们纷纷请求官府严惩葡萄牙人，而此时的明朝政府不可能再让国内的这股外国势力继续存在下去，于是做好充分准备的朱纨终于动手了，所谓的“16世纪的上海”将被扫进历史的垃圾堆。
嘉靖二十七年（公元1548年）三月二十六日，朱纨指派都指挥、福建都司卢镗率领明军由海门卫（今黄岩东北）下海，直捣倭寇巢穴双屿港。
这些双屿港内的海盗素来嚣张，由于明代沿海的地方官僚的不作为，包括葡萄牙人在内的各国的海上走私船甚至可以自由进出中国的港口，如入无人之境，而沿海的明朝守军面对这种情况通常也是睁一只眼闭一只眼，这使得这些海盗愈加猖狂。
当朱纨派遣的水军舰队抵达双屿港之外时，双屿港内的中国海盗商人，葡萄牙人和日本倭寇企图联合起来共同对抗明朝军队。
中国的大海盗李光头，自恃悍勇，一马当先，率领船队与明军在双屿外海交战。然而这帮海盗没有意识到此时在他们面前的是一支装备精良，训练有素的精锐之师，面对武装到牙齿的明朝海军，这支海盗海盗联军不过是一群乌合之众。双方一接战，李光头就败下阵来，其本人还被明军俘虏，与此同时跟随其出战的日本倭寇连同旗舰都被明军俘获，而其余敢于出港作战的各国海盗或战死或被擒获，侥幸逃脱的海盗，则龟缩在港内不出。
躲在双屿港内的海盗们个个人心惶惶，打是打不过的，但是想逃也绝非易事。四月初六，朱纨亲自赶到一线督战，在他的指挥下，明军兵分南北两路，将双屿港的出入口死死地堵住，这下这些海盗们是插翅难飞。
不久之后，双屿港就被攻破了，明军抓获了一大批各国海盗，除了中国人、日本人外，还有琉球人、印度尼西亚人、马来人，甚至还有非洲人等。
朱纨在审问来自东亚和东南亚俘虏时，特别审问了日本人，然而不问不知道，一问却吓一跳。根据俘虏的日本人稽天和新四郎两人的交代，双屿港的海盗去日本见到所谓的日本国王（当然这并非真正意义上的日本国王，应当是日本西部大名大内氏），表示双屿港的地理位置优越，又没有明朝政府的管控，西边紧靠着大明，南边又与东南亚各国与葡萄牙人连通，而“日本国王”只要给予双屿港的海盗商人集团好处，双屿港的人就甘愿充当日本人的前锋，引导其入侵中国，而这两个日本人就属于最先到达的那些日本人，后面还有大批人马没来。
日本人的野心之大，令朱纨颇为震惊，但不管怎样，双屿港还是被拿下了，双屿港上包括天妃宫和寮屋在内的三四十处建筑物以及被走私商人遗弃的27只船只被明军一把火烧得个干干净净。
在此之后，朱纨就下达了填塞双屿港的命令，仅仅几天的时间，这座繁盛一时的远东走私商港就被废掉了。
然而此时的葡萄牙人并不甘心，次年也就是嘉靖二十八年（公元1549年）正月，葡萄牙人卷土重来，纠集了双屿岛的残余海盗倾巢而出，妄图在福建沿海重开殖民地，建立一个和双屿一样的商港。
不过朱纨可不会让葡萄牙人的愿望得逞。二月十一日，当葡萄牙人的船队出现在漳州诏安县的沿海一带（也就是今天的东山岛西南部的走马溪），接到战报的明军便立刻采取了行动。
二月二十日，明军的军舰围困走马溪，并很快就将这支葡萄牙武装势力一网打尽。走马溪之战，明军大获全胜，俘虏了葡萄牙人16人，东南亚黑人46人，还有李光头的残部112人。
在朱纨的一系列打击之下，明朝铲除了葡萄牙人和倭寇在福建沿海的据点，葡萄牙人在中国东南沿海的殖民势力逐渐式微，几乎销声匿迹。然而此时还有一个棘手的问题摆在朱纨的面前，那就是如何处置那些勾结葡萄牙人与倭寇的沿海商民。
嘉靖二十八年（公元1549年）正月，就在明军将葡萄牙人的据点夷屿重重围困的情况之下，竟然还有福建的走私商人明目张胆地当着明军的面，乘着小船，直接向那些被围困的葡萄牙人出售粮食等物资。
为了震慑这帮人内外勾结，通番资敌的行为，朱纨做出了一个重要的决定，斩杀所有俘获的向海盗联军提供物资的奸商。
嘉靖二十八年三月，朱纨下令将俘获的海盗头领李光头及“通海”奸商96人处斩，如此雷厉风行、处事果决，有效抑制了海盗的气焰。
不过朱纨没有没有意识到闽浙沿海的豪族势力与中央朝廷官僚的关系和利益是盘根错节的。在他斩杀的“通海”奸商之中，有很多就是这些闽浙地主豪族的亲人。正所谓“断人财路如杀人父母”，朱纨不但断了这些人的财路，还杀了他们的亲族，这引起了这些地主豪族的极端仇视，也让他们终日惶恐不安，想把朱纨除之而后快。
朱纨的行动不仅触犯了以通海牟利的地主豪绅的利益，而且在日本贡使周良的处理问题上得罪了福建籍官员林懋，招致了一大批闽人官僚集团的仇恨。
于是闽浙当地的权贵豪族开始动手了，他们暗地里联系了明朝中央的闽籍官员，罗织罪状，准备除掉朱纨。嘉靖二十七年，闽籍人巡按御史周亮，上疏诋毁朱纨，请求明世宗将其由巡抚降为巡视，削夺他的权力。接着御史陈九德也上奏弹劾，诬陷朱纨擅杀良民，草菅人命。对于他们来说，真相并不重要，所谓的滥杀无辜只不过是攻击朱纨的一个借口。
弹劾之风一浪高过一浪，朱纨不服，上疏辩护道：“去外国盗易，去中国盗难；去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠盗难。”古人云，三人成虎，谎话即使被三个人连续说了三次，也会变成真话，现在的朱纨纵有雄辩之才，仅凭一己之力也难抵众人之口。糊涂的嘉靖皇帝也不弄清当下情势，草率地就将朱纨革职查办。
朱纨愤愤地说道：“我既贫且病，而且脾气倔强，绝不肯跟奸佞对簿公堂！我是死定了！即使皇上不要我死，福建、浙江参与海上走私的人也必将置我于死地。横竖是死，我宁可自己了断，也不愿死在他人手里。”
要他死的人就是那些闽浙官僚们，朱纨也自知其间得罪了太多的人，恐难澄清事实，全身而退，愤然服毒自尽，终年仅57岁。临死之前，他在所写的《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》中说，自己不负天子之命和君子之名，“命之如何？丹心青史。”
朱纨就这样被这群“中国衣冠之盗”给弄死了，不幸成为了利益集团政治争斗中的牺牲品，他的死也正反映了明朝中期以来混乱的政治生态。朱纨死后，巡抚之位有四年空缺，无人敢问津，海防再度废弛，倭寇又猖狂起来。