但也有人怀疑，因为血吸虫病有一个潜伏期，大约在八至十周左右，曹军士兵在长江上行进总共也没有么长的时间，这是一个疑点。另外，血吸虫在寒冷的季节发育缓慢，冬天一般不是其大规模爆发的时间。于是，有人提出了另外两种观点：疟疾和流行性斑疹伤寒。
对赤壁突然烧起的大火，大家都缺少必要的思想准备。
曹操当然做梦都没有想到会在这个地方有一劫，对周瑜和刘备来说，固然想到了，但没有想到的是这把火会烧得如此厉害，直接确定了战役的胜负。
曹军开始全面溃退，刘备的主力多驻扎在江北一带，他指挥关羽、张飞、赵云等人四处出击，截杀曹军，曹军的水军一旦弃船登岸战斗力大减，加上有不少人得了病，所以不少做了俘虏。
慌乱间曹操做出了一个也许比较奇怪的决定，他没有向北撤，而是向西撤，这似乎不明智。由赤壁对岸的乌林往西，就是茫无边际的云梦泽，到处是河湖、沼泽湿地，行动起来很不便。西边是江陵，有曹仁在那里驻守，曹操大概想率败兵尽快与曹仁会合。
但江陵距此尚远，从地图上看，他应该向北穿越云梦泽，迅速向汉水方向靠拢，那里有正在南下途中的北部兵团，与他们会师后，甚至可以迅速展开反击，不必休整即刻可以杀个回马枪，反败为胜的几率也很大。
曹操是没有地图，还是在慌乱中来不及看？他也许想是从江陵来的，只想退到江陵去，于是吃了不少苦头。
据记载，曹操率败军用了四天时间才走到华容县境内，道路泥泞，天气条件转坏，刮起大风，曹操下令让士兵背着草，遇到有水的地方填上草，马匹才能勉强通过。其间大家争先恐后，人马相撞，老弱病残的士兵被战马踩踏，有的陷入沼泽中，又死了不少人。
不过，最后总算连滚带爬地撤到了江陵。
□连载033第三章改变历史的决战
9、兵围合肥
前线大胜的消息以最快的速度传回柴桑，孙权紧绷的神经一下子放松了，感到如释重负，虽然战事还远未结束，但孙权知道，危机渡过了。
周瑜继续指挥孙刘联军乘胜追击，作为联军参谋长的鲁肃回到柴桑，向孙权汇报情况。
据《三国志》记载，听说鲁肃回来，孙权率领在柴桑的所有重要官员出迎，孙权亲自为鲁肃牵马（持鞍下马）。来到里面，鲁肃拜见孙权，孙权起身向他施礼（起礼之），孙权对鲁肃开玩笑道：“子敬啊，我用这样的礼节欢迎你，足以使先生显耀了吧（足以显卿未）？”
哪知鲁肃回答道：“还没有（未也）。”
众人听到，无不吃惊。鲁肃也不着急，从容坐下，举起手中的马鞭说：“希望至尊您有一天能威加四海，包揽九州，克成帝业，到那时改用安车来征召我，那才使我荣耀呢（更以安车软轮徵肃，始当显耳）！”
孙权听罢抚掌大笑。
通过鲁肃的汇报，孙权了解到战斗的前后过程，他更想知道的是，赤壁遇挫后的曹操下一步有什么部署，何时退出江陵乃至荆州，抑或马上组织起反攻。
鲁肃大概会告诉他，曹操在赤壁被打败了，但现在就庆贺胜利为时尚早，因为赤壁之战重创的只是曹军的一部，曹军整体实力仍很强，就荆州而言，孙刘联军仍然处于敌强我弱的态势。
曹军是分成两路进攻的，一路由江陵沿下东进，是西路兵团，另一路由襄阳方向沿汉水南下，是北路兵团。
西路兵路的人数只有不到五万人，根据《三国志》记载，之前随曹操一同到达江陵的有曹仁、曹纯统率的虎豹骑，还有许褚统率的宿卫营，除他们外，还有陆续到达江陵的徐晃、满宠、任峻等部，徐晃此时担任横野将军，满宠担任奋威将军，任峻是曹操的堂妹夫，此时担任长水校尉。曹操不可能把这些人马全部带走，他留下曹仁守江陵。
曹操手下还有几个能干的将领也参加了赤壁之战，他们并没有出现在西路兵团里。对照一下《三国志》中各人的传记，发现他们那时还在襄阳一带，这支部队至少包括于禁、张辽、张郃、乐进、路招、朱灵、冯楷等七部，构成了北路兵团，其中于禁是虎威将军，张辽是荡寇将军，张郃是平狄将军，乐进是折冲将军，路招是扬武将军，冯楷是奋威将军，他们每个人的军职都与孙权的讨逆将军一样。
按照东汉的军制，杂号将军应该各率领一个“军”，通常情况下一个“军”有一万多人，也就是说，北路兵团的总人数接近十万人，相比西路兵团，这才是曹军主力。
据《三国志》记载，曹操考虑到这些将军们资历差不多、平时都有点互相不服气，就专门派前丞相府主簿、现任章陵郡太守的赵俨担任北路兵团都督护军，相当于北线兵团联席参谋长，曹操还派丞相府参谋处长（军祭酒）杜袭协助赵俨。
除了这七部人马外，北线兵团还有文聘率领的水军，文聘原来是刘表手下的部将，投降曹操后被任命为江夏郡太守。文聘参加了北线兵团，他主要负责指挥刘表在汉水流域的水军，相对于江陵水军来说，汉水的水军规模较小。
除了这两大兵团，曹操手下还有臧霸、李典、李通、曹洪、夏侯渊、夏侯惇等部间接参加了荆州会战，他们有的负责遥相呼应，有的负责后勤供应，有的驻扎在其它地方负责防守。
在西路兵团沿江东进的过程中，北路兵团也沿汉水南下，后来他们也与孙刘联军发生了遭遇，打了一仗，尽管曹操和周瑜本人没有参战，但这场战斗也很精彩，孙刘联军同样采取了火攻的办法，烧了曹军的竹筏，曹军败走，这场战斗又叫浦口之战，其过程记载在《英雄记》中。
据《英雄记》记载，曹军沿汉水南下，当时最头疼的问题是没有船，就临时造了许多竹筏，乘着这些竹筏到达浦口（无舡，乘簰从汉水下，住浦口）。
浦口位于如今何处不详，但可以肯定的是它在汉水上，而不在长江上。曹军到达这里，还没来得及渡江，孙刘联军就连夜密派轻船、走舸等一百多艘，每艘五十人划船，手持火炬，用火烧了曹军的战船和竹筏，一时火大起，火光照天，曹军败走。
有人认为赤壁之战发生在汉水上，而不是长江上，依据的就是《英雄记》里这条记载。其实，赤壁之战和浦口之战都存在，只是作战对象不同罢了。
这两场遭遇战重创了曹军，但曹军及时撤退，减少了损失，而江陵和襄阳还有大批曹军留守部队，曹军在荆州的主力仍然有十几万人，对于总人数只有五万人左右的孙刘联军来说，下面的战斗仍然不好打。
曹操退回江陵，荆州七郡的重心在江北的南阳郡、南郡，军事重镇有宛县、襄阳、江陵，这些地方仍然在曹操的控制中，孙权、周瑜、刘备也看到了这一点，必须把曹操赶走才算彻底胜利。
基于这种形势，建安十三年（208年）十二月，孙权突然离开柴桑，率一部主力急行千里，秘密渡江后直赴合肥，这一招让曹操吃惊不小。孙权还命令张昭率一部人马进攻九江郡的当涂县，作出孙吴主力在东线战场全面反攻的架式。