原以为事情会就此尘埃落定，中方代表团一直绷着的神经，终于放松下来。只可惜，他们还没来得及庆祝，沙俄方面便又出了幺蛾子！
七月十八日，俄国代表再次使诈，就双方分界线提出新的要求并软磨硬泡，再三纠缠。索额图见俄方如此言而无信，多次反复，哪里还肯答应！他留了个心眼，与他们打起了太极。最终，经过整整一天的周旋，中方做出了一个不算让步的让步——同意乌第河以南一片地区留待以后议定。
这样一来，争议搁置了。俄方见实在讨不到什么好处，也只好妥协了。于是，七月二十日至廿三日，中俄双方就贸易问题、沙皇称号问题、逃人问题进行了讨论，最终完成了条约的草稿，并就条约文本的交换，签字盖章、宣誓方式，达成协议。
1689年9月7日，中俄双方举行隆重的签字仪式，索额图和戈洛文先在条约上签字、盖章，然后宣读誓词，相互交换条约。
为表示庆贺，双方还互赠礼品，举行了盛大的宴会。
《尼布楚条约》是中国与外国划定边界的第一个近代主权国家间的条约。索额图代表中国行使了国家主权，这对于他个人而言，实在是人生中浓墨重彩的一笔！
能够成为皇帝的钦差，与外国议定疆界这样的大事，足见康熙对他的器重与信任。同时，充分也说明了他在朝廷中的地位。
索额图忠实地执行了康熙帝的旨意，维护了国家的利益。通过签订《尼布楚条约》，清朝虽然未能收回茂明安游牧地，但却阻止了沙俄进一步的侵略，保证了两国边境居民的安宁生活，巩固了北方边疆。在这件事情上，他功不可没。
康熙二十九年，在解决了中俄两国边境上的争端后，康熙开始着手解决准噶尔的问题。当时，准噶尔部首领噶尔丹率部侵袭内蒙古乌珠穆沁境内，直接威胁到了清朝的安全，于是，康熙帝决定御驾亲征。
出征时，康熙任命裕亲王福全为抚远大将军，出古北口，同时命恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口，两路夹击。为防止噶尔丹在大兵未到前潜逃，康熙帝特命索额图带领盛京、吉林、科尔沁等地的兵马前往巴林，与裕亲王会合，形成包抄之势，在乌兰布通与噶尔丹进行决战。
这一战略是非常有效的，在康熙的指挥下，大军顺利的击败了噶尔丹。然而，索额图等人却没有乘胜追击，而是选择了原地待命，导致清军错失了活捉噶尔丹、一举消灭准噶尔军的大好时机。这种战场上的低级错误，使康熙震怒，索额图因此被连降四级留任。
康熙三十五年三月，康熙帝第二次亲征。这一次，他兵分三路，令将军萨布素率领东三省兵，从东路迎击准噶尔兵；命抚远大将军费扬古、振武将军孙思克等率陕甘兵，从宁夏出西路，截断噶尔丹后路；自己则亲率八旗兵，从独石口出中路迎战噶尔丹。
其中，索额图跟随康熙，在中路率领八旗前锋、察哈尔四旗及汉军、绿旗兵为先锋，并督火器营，责任重大。这一年，他已经是一位六十岁的老人了，但仍思路清晰，颇有些军师的味道在其中，参与了一系列作战方略的制定。
五月，大将军费扬古自西路抵图拉，康熙帝移营什巴尔台，会议作战方略。
在会上，索额图主张：宜缓行，以待西路大将军兵。于是，康熙帝采纳了他的计策，将大军驻于克鲁伦河岸边。噶尔丹望见御营，吓了一跳，立刻拔营逃遁，结果在昭莫多遭到西路大军截击，噶尔丹军队不敌，损失惨重，仅率数十骑逃走。
次年三月，索额图又随康熙帝到宁夏，指挥战事。清军继续追歼噶尔丹。这时的噶尔丹已是众叛亲离。在索额图的献计下，他很快走投无路，于闰三月十三日在阿察阿木塔地方服毒自杀了。
好吧，以上这些其实都不是重点，重点是，康熙三十五年，有一个对索额图来说很重要的人，他终于正式踏上政治舞台了！这个人是谁呢？就是他的侄外孙——皇太子胤礽！
这个皇太子胤礽，就是赫舍里皇后拼死生下的孩子。大家都知道，赫舍里皇后与康熙是少年夫妻、竹马青梅，两人感情极深。她怀胤礽时，恰逢三藩之乱，康熙正为战场上的局势焦头烂额，因此无暇分神去照顾她。
前朝的危局也影响着赫舍里皇后的情绪，结果，由于她一直处于忧思之中，神志不开，竟间接导致后来在生产时难产。于是，不幸发生了，胤礽一出生，母亲就死了！
这件事使得康熙愧疚不已，痛失爱妻的他将全部的爱和愧疚都倾注在了这个孩子的身上。他对他照料有加，亲自抚养了很长一段时间，颇有点既当爹又当妈的味道在里头。
不仅如此，胤礽刚满周岁时，他就将他确立为皇太子。明确表示将来要让他继承大统。而胤礽也不负众望，自幼即聪慧好学，文武兼备，不仅精通诸子百家经典、历代诗词，而且熟练满洲弓马骑射，在朝野内外颇具令名。
康熙三十五年春天，康熙帝决意御驾亲征时，特命皇太子胤礽留守京城，负责处理各部院的奏章，监国理政。那一年，康熙帝43岁，皇太子胤礽23岁。
当时，这父子二人关系极为和谐，可谓父慈子孝，其乐融融。雄才大略的康熙帝，对自己选定的接班人相当满意，也格外关怀。
康熙帝离京亲征，太子胤礽当家，父子关系发生了微妙的新变化。
在此之前，当然是处事强势的父亲处处教导，儿子乖乖听训照做，而如今，情况却发生了变化，胤礽不仅要登殿临朝，代替父亲处理日常国政，还要操心远征在外的父亲之衣食冷暖，备办路途中所需之物，父子之间更多了一份互相依赖。可胤礽毕竟年轻稚嫩，不熟悉家底，一时难免鸡飞狗跳。