宁远大捷之后，朝廷视袁崇焕为救命稻草，对其千依百顺。于是，他渐渐骄纵起来，愈发看不起镇守辽东的同僚们，觉得他们都是贪生怕死的懦弱鼠辈。

天启六年三月，明廷重设辽东巡抚，由袁崇焕担任，与此同时，魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守。袁崇焕上疏请求将其调离，但遭到了拒绝，明廷又加袁崇焕为兵部右侍郎，子孙世荫锦衣千户。

随着官职的升迁，他愈发刚愎自用，与大将满桂闹起了不和，于是，袁崇焕上疏请求将满桂调往别处，明廷也满足了他的要求。当时的经略王之臣见状，奏书请求留住满桂，袁崇焕获悉后吗，又因此与王之臣闹不和。明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。

从这件事中，我们不难看出，袁崇焕并不是一个心胸宽广的人，他比较霸道，对人际关系的处理也比较糟糕，因此在他镇守辽东的那几年，几乎已经把当时边关上的同僚们得罪了个遍。这也就是后来他获罪时，朝中竟无一人为他辩护的一个重要原因。

同年八月，努尔哈赤病死。袁崇焕闻讯疑其中有诈，于是擅作主张，派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。于是在朝廷并不知情的情况下，双方开始通使。

当时，袁崇焕想要争取时间修筑城防，因此决定假意与后金议和，于是自写书信一封，再次派遣使者前往后金。而皇太极此时也有意要用“议和”来为自己争取时间，于是，双方就这样一来二去地拖延了不少时间。他做的这些事，虽然出于战略考虑，但事先都没有向朝廷报备，纯粹是想怎么做就怎么做，这也为他后来受朝廷指责私通后金落下了口实。

天启七年正月，皇太极征讨朝鲜，与此同时，袁崇焕乘着他征朝的间隙修缮锦州、中左、大凌三城。他实施“恢复之计”，以辽人守辽土，以辽土养辽人，修城屯田，以屯养战，采取守为正著，战为奇著的方式，取得了不小的成绩。

不久，朝鲜和毛文龙同时向明廷告急，明廷命袁崇焕前往救援。于是他派出水军增援毛文龙，又派左辅、赵率教、朱梅等人率领九千兵力逼近三岔河，以牵制后金军。后来，朝鲜倒向清廷进攻毛文龙，结果被毛文龙击败，当时，被他一起击败的，还有后金军。这场袁崇焕与毛文龙相互配合的胜仗，史称“丁卯之役”。

通过这场战役，袁崇焕与毛文龙开始有了近距离的接触。

那么，这毛文龙是何许人也？他呀是浙江人，明末著名将领，历仕万历、泰昌、天启、崇祯四朝，官至左都督平辽总兵官，曾开创军事重镇东江。他带兵打仗颇有一套，在与后金的战争中立过不少战功，不论是努尔哈赤还是皇太极，拿他都没有办法。不过，这毛文龙带兵打仗虽有一套，但为人骄恣，向朝廷所奏之事多有浮夸，骗饷索饷过多。

作为一个有争议的人物，历史上对他的评价也是褒贬不一。有人认为他能征善战，胆略超群，能立奇功。但也有人认为他统率东江之兵，以朝廷无饷为借口与后金通商捞钱，用违禁物与敌互市，使敌人得到了很大的助益。

后来，袁崇焕治兵，决定帮他管理东江之饷，结果却被他拒绝了。因为，他已经把与敌通市当作了赚钱的手段，不想因为领饷而暴露了他真实的兵额。这说明，毛文龙虽有军事才干，但却是个目光短浅，贪图利欲的人。他为了赚钱，可以置祖国的利益于不顾，这显然是与袁崇焕的做人原则相违背的。

崇祯帝即位后，袁崇焕得到重用。他向崇祯轻许诺言，说出了自己五年即可收复辽东的大话，结果崇祯信以为真，全力配合，累次为他加封直至太子太保，并赐予他尚方宝剑，以示信任。

崇祯潮水般袭来的圣恩眷顾，一下子冲昏了袁崇焕的头脑，他开始觉得崇祯对自己绝对是用人不疑、疑人不用的，于是在辽东处理起事情来愈发专横独断、忘乎所以，失去了顾忌。

崇祯二年，袁崇焕上书请求朝廷派人管理毛文龙部的军饷，毛文龙因心中有鬼，于是上书争辩。而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待他，而他也不谦让，举止间颇为狂妄，袁崇焕于是动了除掉他的念头。

同年五月，袁崇焕又以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，但毛文龙并没有觉察到袁崇焕的来意。席间袁崇焕多次提议改革军营制度，设置监察官员，但毛文龙对此建议感到不悦。后来，袁崇焕又想用回乡来打动他，但毛文龙否定了他的建议。于是袁崇焕对他越发不满，开始计划杀死他。