西班牙人屠杀之后非常后怕，担心遭到明朝的报复。而大明朝廷的反应出人意料。福建守臣徐学聚的《报取回吕宋囚商疏》中说：“中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革，弃之无所可惜”。礼部侍郎李廷机说，“甘心就夷之民，无足怜惜”。万历帝最后只是砍了骗子张嶷的脑袋，对华人遇害不闻不问。

北京政府对海外华人的漠视，使这样的屠杀后来多次发生。1639年的第2次大屠杀，仍然发生在菲律宾，遇难者约22000~24000人，致使菲律宾群岛的华侨基本上绝灭了。西班牙人的记载是“有几条河里的水被尸体污染得不能食用达6个月之久，马尼拉周围许多里格以内，河里的鱼是吃人肉长肥了的，所以人们连鱼也不能吃”；到了1662年的第3次大屠杀，还发生在西班牙治下的菲律宾，被杀害的华侨不下25000人。

第4次大屠杀发生在1719年的雅加达，荷兰殖民者一共屠杀了大约10000名华人苦力。惨案发生后，连荷兰人自己都过意不去，荷兰国会曾对此事进行辩论，下达屠杀命令的荷兰总督被荷兰政府逮捕并死在监狱里。然而，清政府的态度是：被杀华侨是“自弃王化”、“系彼地土生，实与番民无异”、是“彼地之汉种，自外圣化”，因此“事属可伤，实则孽由自作”，乾隆帝的批示是：海外华人是“内地违旨不听召回，甘心久住之辈，在本应正法之人，其在外洋生事被害，孽由自取”；到了1762年的第5次大屠杀，又有近2万华侨在菲律宾被西班牙人杀死......

华人华侨为了对抗西方殖民者，克服艰苦的生活条件，不得不自己组织起来。出现了“天地会”之类的组织。成立了很多帮会或公司（汉语里“公司”这个词其实就是广东土话），甚至有华人割据的地方政权。

清代，华人在南洋建国称王的很常见。1767年，缅甸入侵泰国，广东人郑信在暹罗王朝灭亡之际，组织力量重新统一泰国，创立了泰国吞武里王朝；广东人吴元盛，在苏里曼丹岛北部建立戴燕王国； 广东人张杰绪，在曾母暗沙附近的纳土纳群岛建立王国；福建人吴阳，在马来半岛建立王国； 广东饶平人张琏，曾成为三佛齐国王......这些华人小国均于19世纪亡于荷兰和英国的侵略。

而在19世纪，东南亚曾经出现过一个华人建立的共和国家的雏形——兰芳大总制。这个政权前后共存在110年，后来被荷兰人吞并。它的创建者是中国广东省梅县人罗芳伯。

罗芳伯于1738年生于广西梅县，多次科举失败后，35岁时才漂洋过海，来到西婆罗洲。罗芳伯因为有较高的文化素养和出众的组织才能，在华人中享有很高的威信，所以被同乡会推举为领袖。罗芳伯最先建立的是兰芳会，一个保护华人淘金者的帮会，兰芳会的对手是从事种植业的天地会。

经过数次火并，兰芳会杀死天地会的骨干500多人，婆罗洲的天地会瓦解。罗芳伯一个个收拾了当地四分五裂的各种华人团体、商会、村寨，消灭了所有对手。 罗芳伯和他的伙伴，又协助当地苏丹首领平定了土著人的叛乱，得到了土著苏丹的尊敬，将东万律划归罗芳伯管辖。这块地方有10多万人及南北几十公里的产金地，吸引华人数万，土著几十万。罗芳伯在这里成立了巨大的经济实体—兰芳公司。这时的兰芳公司已经摆脱了帮会性质，着力于开发当地丰富的金矿资源，为华人致富。

1776年，罗芳伯和各代表商议，将“公司”改为“兰芳大总制”，在事实上建立了自治政府。在他管辖下的11万民众一致拥戴他，称他为“大唐总长”。这一年定为兰芳元年。这样，220多年前，在世界第三大岛——加里曼丹岛的西部，诞生了一个华人建立起来的准共和国。

罗芳伯参照西方的一些制度，设置了一套完整的行政、司法机构。罗芳伯当了19年的大唐总长，于1795年病逝。随后，大家又推举江戊伯继任大唐总长。兰芳大总制的110年历史中，前后共有12位首领。元首更迭不是父死子继，而是由大家推举或上一任甲必丹的禅让。这比美国的共和体制还早11年。但是，没有北京政府支持，兰芳大总制最终没有抵挡住西方殖民者的进攻。罗芳伯病逝后，这个政权渐渐被荷兰人控制。1886年又正式被荷兰人吞并。但是，东南亚真正的华人国家新加坡不久就出现。

随着欧洲在东南亚的多年统治，南洋土著民族越来越不满自己的地位。而两次世界大战，又消耗了欧洲人的力量。二战结束后，英国、法国、荷兰衰落，美国和苏联二分天下。欧洲人在东南亚的殖民体系无力维持，出现了一系列独立国家。包括菲律宾、印尼、马来西亚、越南、柬埔寨等。

今天，海外华人中最大的一个群体，就是东南亚华人。他们中的绝大部分，就是几百年前那些在南洋披荆斩棘的开拓者的后代。华人通过艰苦创业，积累了大量资本。他们把资金投向近代工商业，在改变了所在国的经济状况，造就了无数的华人富豪，成为南洋最富有的人群。整个东南亚的华人群体，和几百年前的先人一样，仍然不重视政治。在那些温和的南洋国家里，华人境遇稍好一些，而在那些不友好的国家，华人处境尴尬。

泰国的人口中12%是华人，有相当比例有华人血统。甚至泰国王室也有华人血统。而泰国华人很积极地融入泰国社会，都使用泰语名字，很多华人几乎不会讲汉语。菲律宾是天主教国家，居民较为温顺和善。当地华人虽然只占总人口的2%，却控制着菲律宾社会60%的财富。因此，华人经常成为勒索赎金的绑匪的绑架对象。虽然这种犯罪里并没有反华因素，但仍然让华人提心吊胆。越南和柬埔寨因战乱，华人人口大量外逃，今天华人在当地的人口已不太多。柬埔寨华人总人口约60万，仅占总人口的8%；而越南只有90万华人，仅占总人口的不到1%。

新加坡是全球第二个以华人为主的国家，五百万人中华人约占75%。新加坡曾经是马来西亚联邦的一部分。但马来西亚联邦害怕大量华人人口加入，会让马来人失去选票上的优势，于是不断排挤新加坡，导致新加坡在1975年独立。马来西亚人口总数近三千万，华人占四分之一。他们掌握了马来西亚的经济命脉，处于富人阶层。但马来西亚政府要员中没有一个华人，而只占8%的印度人却有很高的社会地位。马来政府的人口政策，公然宣称要增加马来族的人口比例。马来西亚的华人的人口比例逐年下降，由独立初的37%下降到了26%，而马来人则49.8%增长到61%。

印尼是全球华人人口第二多的国家，大约有1000多万。华人在印尼经济处于支配地位。印尼全国有100多家银行，华资银行超过70家，印尼实力雄厚的企业集团均为华人创建。然而，印尼是排华问题最为严重的国家之一，经常发生反华活动。最近的一次是1998年的“雅加达骚乱”，大量华人商店被砸，不少华人被杀，许多华人妇女遭强暴。直到2002年，印尼的华人才被允许公开庆祝春节。