自从夏商周断代工程正式公布《夏商周断代工程一九九六—二OOO年阶段成果报告（简本）》和《夏商周年表》以后，其中结论已被不少主流的词典和教材采用，开始产生影响。
在中国提出了自己的标准后，国外学者开始加以批评。而夏商周断代工程才刚刚开始，中国的考古技术和理论水平还有待更大的提高。从夏商周断代工程正式公布《夏商周年表》以后，来自中国国内和国际的批评不绝于耳。某些国外人士认为夏商周断代工程有“政治背景”，是中国政府在搞民族主义，有一些学者还对该工程的“学术道德”产生怀疑。在2000～2003年进行了三次辩论。斯坦福大学退休教授倪德卫在《纽约时报》上撰文，便断言“国际学术界将把工程报告撕成碎片”。但亦有人认为所谓的“国际学术界”一贯漠视中国本土研究成果，对中国历史没有发言权。
中国政府并没有对这些问题进行封锁，网络上随处可以见到关于此问题的介绍与讨论，中国政府也为此展开大规模论争，提出支持自己观点的各种理据，支持工程学者深入研究。有些国外学者不承认中国政府的努力，认为只要是中国政府支持的此类研究一定就有政治目的。有人就说，这些学者连最近发表的文字都说不清楚，他怎么可能对三代的年代行判别。而大陆不同意工程报告的学者也被这些国外学者加上“正义凛然”的标签，说成是“无力对抗政府”。
工程的成果是否失败，现在还没有强有力的论据证明。工程中有些成果也被国际学术界认可，例如张培瑜的研究，但工程内部却是存在争论。有些中国学者认为，此类工程的成果没有必要非得通过世界上各种具有“复杂背景”的学者的检验，只要在中国学术界取得共识就行，中国学者对历史的研究无需外人指三道四，也不能被有各种目的的势力阻挠。
工程的价值
首先，夏商周断代工程给出了夏商周的一个大致年表对于今后的学术研究起到了推动作用，作为阶段性成果本来就不是最终结论，通过讨论有益于学术进步。其次，大量资金和技术的投入使得中国考古学特别是在技术层面得到了很大的发展，多学科的共同研究有利于考古学这个交叉学科的发展。第三，人文社会学科学者作为国家级工程的首席科学家在中国是第一次，其本身就有重要的意义。最后，高规格的工程以及广泛的学术讨论，特别是大幅的宣传力度，对于普及历史、考古等知识也有不可估量的意义。
关于周懿王元年天再旦的质疑
在“东亚历史”[1]期刊（East Asian History）上，Douglas J. Keenan发表文章质疑周懿王元年天再旦是西元前899年[2]。文章中对于工程研究方法中的错误提出了具体质疑。文中提到：
……一些最近的研究计划，包括被中国国务院接受的研究计划（指夏商周断代工程），依据的是一个在西元前一千纪早期的“天再旦”的记载。这些研究把这个奇特的记载解读成日出时的日偏食。这样的解读看起来似乎合理（黎明要开始之际，天色因为日食而暗下来，然后再日出），但却是不确定的。日出时把太阳表面遮住的部份大到可以让天色大幅变暗的日食是很少的。在西元前899年4月21日的确是有一次日出时日食，而这些研究计划把这个日食对应到该奇特的记载（指周懿王元年天再旦）。
计算显示，西元前899年的那次日食把主观亮度（人类观察者所感受到的亮度）减低的程度小于25%。为了证明这样的亮度减少可以给观察者有“确定的天再旦”的感觉，一些研究者对观察了1997年日出时日偏食的观察者进行了调查。然而，所有的观察者所在的位置要不就是位于亮度减低不到10%的地方（这些地方的观察者没有“天再旦”的感觉），要不就是位于亮度减低超过80%的地方（这些地方有（指天再旦的感觉））。从这些数据，研究者作出结论，“主观亮度减少超过10%会造成“确定的天再旦”的感觉”。这个结论根本毫无根据。实际上，飘过的云常常可以造成主观亮度减少25%……
另外，该文也质疑了对于该次日食的计算的正确性。
另外，有人依据《日食路线图》作了调查，发现在前899年4月21日早晨的日食，日食带西端在山东省，陕西省是根本就不可能看到天再旦的。而在前871年10月6日早晨，在郑地可看到天再旦的天文景像。
蒋祖棣对工程方法论的批评
2003年4月12日，在芝加哥就断代工程进行了一次学术会议，斯坦福大学宗教文化中心的兼职研究员蒋祖棣向会议提交了一篇题为《西周年代研究之疑问——对夏商周断代工程方法论的批评》的文章，讨论“工程”对“武王克商”年代的研究。蒋祖棣注意到“工程”使用的是OxCal系列样品程序，他介绍说，OxCal程序系列样品计算法，只有68．2%的置信度，“工程”以这样低的置信度作为衡量西周具体王年的标尺很不科学。
工程争议
自从夏商周断代工程正式公布《夏商周年表》以后，来自中国国内和国际的批评就不绝于耳。国际上有人评论夏商周断代工程有政治背景，是中国政府在搞民族主义；有一些学者还对该工程的学术道德产生怀疑；学术上的批评也不断提出。“工程”的《简本》公布后，海外学者对此进行了三次规模较大的辩论，其中持怀疑和批评立场的多于“工程”的拥护者。
互联网——第一次辩论