第十一块石板讲述了吉尔伽美什为了寻求永生，历尽千辛万苦。最后乌特那庇什提牟告诉了他关于天神和大洪水的秘密以及永生的方法。乌特那庇什提牟是大洪水的幸存者，有许多观点认为他和希腊神话中普罗米修斯的儿子是同一人。
由于苏美尔文明更加久远，目前普遍的观点都认为《旧约》中创世的内容来源于苏美尔神话传说。
史诗的内容
关于史诗的情节，现代研究者一般把它分为四个部分。
第一部分叙述史诗的主人公吉尔伽美什在乌卢克城的残酷统治以及吉尔伽美什与恩启都的友谊。
吉尔伽美什，两河流域的乌鲁克城之主。这是一个以爱欲女神伊什塔尔为主要崇拜对象的城市。吉尔伽美什是一个三分之二是神，三分之一是人类的神人，他自认为是无人能敌的国王。他是一个能量巨大、残暴、放荡的君主，或者说是暴君。他凭借权势抢男霸女，强迫城中居民为他构筑城垣，修建神庙，害得民不聊生，人们对他的感情是复杂的——有恐惧，有厌恶，但同时也有着尊敬和依赖。因为吉尔伽美什如阴影一般居高临下俯视乌鲁克之民时，也履行着保护他们不受外敌侵犯的职责、王者的职责。
人们祈求天上诸神拯救自己。天上诸神便令大神阿鲁鲁创造一个半人半兽的勇士恩启都与吉尔伽美什相对抗。
恩启都出现了，这个粗野的、无拘无束的、和野兽为伍的蛮人出现了。他撕破渔夫的渔网，填平了猎人布下的陷阱。他的名声传到了吉尔伽美什的耳中。吉尔伽美什派了一个普通的“神妓”（巴比伦的传统，算是通灵者的一种）来到野外，找到了恩启都，他们共度了六天七夜。之后动物就纷纷离开了恩启都，恩启都发现自己如动物般对自然的敏锐感觉渐渐消失了，而智慧却增加了很多。他的身份改变了，渐渐转变成了人类。
来到乌鲁克，他和吉尔伽美什大战一场。两人势均力敌，但是吉尔伽美什却主动认输了。从此之后两人成为形影不离的至交，恩启都甘愿作为仆人。
第二部分叙述为了建立不朽的功勋，吉尔伽美什决定去遥远地森林讨伐神兽芬巴巴。受到梦境的指示，恩启都对此忧心忡忡，不愿前往。来到森林，他们战胜、杀死了神兽芬巴巴。女神伊什妲尔被吉尔伽美什的英俊所吸引而向他示爱。吉尔伽美什拒绝了女神并揭露了她的淫荡和凶残。女神恼羞成怒，在天神安努（安拉的雏形）面前撒娇，要求把神牛降临人间，给人类带来灾害，以惩罚吉尔伽美什的不敬。神牛降临了，也给大地带来了七年的旱灾。
吉尔伽美什和恩启都再一次合作，除掉了为害人间的神牛。神祇发怒了，众神召开了会议，天神安努认为是吉尔伽美什砍倒了神圣的杉树，杀死了神牛。吉尔伽美什理所当然要接受惩罚而死去，但另一位大神、对人类一向持有成见的主神——大气之神恩利尔说可以让恩启都死去作为替代。只有沙玛什据理力争，但被恩利尔拒绝。
第三部分描写吉尔伽美什为探索“死和生”问题而进行的长途远游。
恩启都一连做了三个不吉的恶梦，得了重病，一天天衰弱下去，终于死去。吉尔伽美什悲痛欲绝。他不仅仅为朋友之死悲痛，他也想到了自己，想到了所有人类都逃不过这一天的到来。他感到困惑，他毅然地踏上了寻访人类始祖、大洪水的幸存者，后来成为永生者的乌特那庇什提牟（巴比伦的挪亚）的漫漫旅程。乌特那庇什提牟和妻子住在传说之岛迪尔蒙——在太阳升起的地方，死亡之海的那边。
吉尔伽美什长途跋涉，一路披兽皮、食生肉，穿过通向太阳之路的马什山，神兽帕比尔萨格（蝎人）拦住了他，说没有人能够从那条路上回来。吉尔伽美什说：“纵然会有悲伤和痛苦，纵然会有潮湿和干枯，纵然会有叹息和眼泪，我也要去。来，给我打开入山的门户！”蝎人被他的气概折服，让开了道路。
通过无边的黑暗，他看到了太阳升起，来到了死亡之海滨。一个女店主劝告他，原来那种无忧无虑的放荡生活才是他的归宿，不要试图去了解生死之理，因为他无法了解。吉尔伽美什作了否定的回应。乌特那庇什提牟的船夫不愿意给他摆渡，说死亡之海是凡人无法通过的。吉尔伽美什坚持要过，把船夫的守护神石像打得粉碎。船夫只好让他砍伐下一百多根木材做为船桨，在船通过死亡之海时船桨一根一根地被海水吞噬，在用完最后一根时终于望见了迪尔蒙岛的海岸线。吉尔伽美什用手把船划到岸边，疲惫地睡了过去。
乌特那庇什提牟接待了他，吉尔伽美什要求了解永生的奥秘。始祖没有正面回答他，而是向吉尔伽美什反问道：
难道我们能够营造永恒的住房？
难道我们能够打上永恒的图章？
难道兄弟之间会永远分离？
难道人间的仇恨永不消弭？
难道河流会泛滥不止？
难道蜻蜓会在香蒲上飞翔一世？
太阳的光辉不能永照他的脸，
亘古以来便没有永恒的东西。
酣睡者同死人一般无二，
他们都是一副形象有何差异。
神规定下人的生和死，
但是，却不让人预知死亡的日期。
随后，他把当初众神以洪水灭世时，他有幸生存下来的故事详细地说了一遍。也就是说，众神赐予避过洪水的他以永生之权，不过是一段历史，是偶然得到的，历史无法重演，人类永远无法像他那样永生。只不过当初他是一个比较虔诚的祭司，一位神隔着墙壁把消息告诉了他，他才得以逃脱。后来发起洪水的主神恩利尔赐予他不死之身。这一切终究还是不可预测的偶然。
但是吉尔伽美什仍然没有死心。乌特那庇什提牟让他试一试能否克服睡眠。睡眠和死亡是亲兄弟，如果他能克服睡意，也许也能克服死亡。可是强打精神的吉尔伽美什没有多久就因疲劳而沉沉睡去，且一睡就是七天七夜。乌特那庇什提牟说：“你看看你睡了多久。人是不能永生的，请回吧。”看着他落寞的背影，乌特那庇什提牟之妻萌生了同情之意，说：“他那么远道而来，怎么能让他空手而回呢？”乌特那庇什提牟告诉吉尔伽美什海水深处有一种神草，一种让人返老还童、重获青春的草。吉尔伽美什立即潜入海底，得到了仙草，踏上了归途。途中在他洗澡时，一条蛇叼走了神草。吉尔伽美什只找到了蛇食神草后蜕下的一层皮。蛇获得了青春，而人什么也没有得到。
最初始祖的永生是在偶然间得到的，吉尔伽美什的追求也在偶然间悄然失去了。
第四部分（第十二块泥板）记述吉尔伽美什同恩启都幽灵的谈话，吉尔伽美什回到乌鲁克城后十分怀念亡友，祈求神的帮助，同恩启都的幽灵见了面，恩启都讲述了阴间的惨境，恩启都悲伤地说：
我的身体……早已被害虫吃光，像一身陈旧的外衣。
我的身体……早已为灰尘所蒙蔽。
……
于是在浓重的悲伤气氛中，这个传说结束了。
史诗的核心是提出了一个一直困扰人类的问题——生与死。无论多么伟大的英雄人物，甚至是战胜神的人类英雄，最终都要接受死亡的命运。战胜死亡而获得永生是每一个人的期望，对于长生之术的探索，人类一刻也没有停止过。
对于任何在犹太教、基督教或者伊斯兰教传统中成长起来的人，《吉尔伽美什》有很多与希伯来《圣经》相对应的地方。事实上，《吉尔伽美什》是《圣经》的先驱，很明显希伯来《圣经》中几个关键主题是来自《吉尔伽美什》的。早在《圣经》撰写之前的1 000年，这些内容就已在美索不达米亚流行了。
美索不达米亚文明