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第二个对让方伯谦躲过惩罚的原因，是丁汝昌与刘步蟾之间的矛盾。
这是北洋舰队的内部矛盾。有权力的地方就有斗争，北洋舰队也不例外。北洋舰队的将领基本上都是李鸿章当年从福州船政学堂挑选出来的优秀生，高级将领基本都是福州系，只有丁汝昌出身淮系。当初之所以选丁汝昌做北洋舰队提督，就是牢牢地控制北洋舰队这支武装。李鸿章知道这样很难让刘步蟾这些科班出身的将领服气，所以才想尽办法尽可能地提高丁汝昌的威望和能力。
丁汝昌自知半路出家，所以为人低调谦和，注意与将领们处理好关系，同时也加强学习，利用各种机会不断提高专业水平，但是与那些留学生们比起来，总显得有些底气不足。尤其是以刘步蟾为首的一批中高级将领，他们多是福建人，于是结成“闽党”孤立和排挤丁汝昌。为了站住脚跟，丁汝昌则依靠洋员和下层官兵的拥戴维持着提督的位置。
不过从福州船政局出来的那些毕业生中，有一个人却没有加入闽党，他站到了丁汝昌这边。或者说是站到了李鸿章这一边。支持丁汝昌，就是支持李鸿章。
这个举动反常的人便是方伯谦。一个能力较低、威望不高的领导，在权力场中往往是孤独的，也是自卑的，因此也就特别需要盟友和支持。擅长分析矛盾并加以充分利用，从事政治投机的方伯谦，他的意外支持让丁汝昌有一些安慰，甚至有一丝感动。李鸿章也因此对原本就人缘不错、专业扎实、讨人喜欢的方伯谦更加充满了好感，方伯谦是他通过丁汝昌控制北洋舰队的一个重要棋子。
为了增强这种维系平衡的力量，李鸿章和丁汝昌在提拔方伯谦上一直比较慷慨，而且引为心腹将领，所以在丰岛海战之前，方伯谦一直带领济远舰为旗舰的编队在仁川和牙山一带活动，而且还把护航的任务交给了他。有了这层关系，如果丁汝昌和李鸿章揭了方伯谦的老底从重处罚，等于打了自己一记响亮的耳光。
济远在丰岛海战中以一敌三，处于绝对劣势，虽然有挂旗这个不光彩的情节，但是能够全身而退，毕竟没有被俘虏和击沉，保全一艘主力舰，为保存北洋舰队的整体实力还是做出了一定的贡献，说明方伯谦有一定的指挥能力。从这个角度来说，方伯谦是李鸿章避敌保全战略的踏实执行者，所以李鸿章在一定程度上也原谅和认可了他的做法。
感情上的亲近，长期的信任，权力斗争与平衡的需要，出于这些方面的考虑，李鸿章和丁汝昌不会做得太绝，这是方伯谦没有被深究的第二个重要原因。
由于各种矛盾的错综交织，李鸿章和丁汝昌从保全自身和北洋舰队出发，没有对方伯谦进行惩罚，丰岛海战也因此成了一桩没有结论的糊涂案。方伯谦这一把险中求胜，不但逃过了军法的惩处，而且保全了名声和官职，然而不幸的是，这也为方伯谦日后再次再次临阵脱逃被就地正法埋下了伏笔。同时也被给北洋舰队带来了灾难性的后果。
顺便提一句，随着绝密型史料不断被公开，丰岛海战的真相已成铁案。可还是有人不服气，偏要替方伯谦喊冤，这就有些不识时务了。历史讲究的是证据说话，不是感情用事。如果非得喊冤的话，也只能找小鬼子们去理论。
不管怎么说，方伯谦成了丰岛海战的焦点人物。对他的争议，注定不会轻易收场。从感情上来讲，方伯谦后人干的这些事情是可以理解的，谁不希望自己的祖辈都是顶天立地的英雄好汉，谁愿意自己的先人是孬种混蛋？
方伯谦固然算不上英雄，但也不能一棍子打死。至少在丰岛海战之前，他的表现是很优秀的，在福州船政学堂他是出类拔萃的尖子生，继而被选中出国留洋，回来之后马上委以重任任了主力舰长，提了副将，享受总兵待遇，要钱有钱，要身份有身份，当年那个家道中落的穷小伙子终于混得人模人样。他为人机灵，也很活跃，比较能干，深得领导赏识，他珍惜这来之不易的一切，他太怕失去苦苦追求才得到的荣华富贵，所以在丰岛海战中他想方设法保住性命，甚至不惜挂起白旗。不过他最终还是保住了自己的底线，没有举手投降，束手就擒。
路遥可以知马力，日久却未必见人心。在被敌人抓住并接受残酷的刑罚考验之前，谁也不知道谁会成为可耻的叛徒，只有在面对难以抵制的诱惑，或者难以忍受的痛苦的时候，真正的烈士才会浮出水面。人的本性，只能在某些特殊的时刻，尤其是在生死关头才能真正地显现出来。考验一个军人最佳的场所是战场，战火纷飞中，每个人都有可能死掉，只有在这个时候，才会知道谁是真正的军人。在丰岛那场海战中，方伯谦骤遇强敌，被三艘日舰轮番猛轰，几无还手之力，他为了自保，丢下了战友，夺路狂奔，放下了尊严，挂起了白旗。
有人曾经说过，文官最怕贪财，武官最怕贪生，这个国家就没有希望了。如果只是一介平民，这原本也无可厚非。一个国家，如果军人全都害怕死亡的话，这个国家将必定走向灭亡。全是作为北洋舰队的高级将领，方伯谦把生命看得高于一切，至少他不是一个合格的军人，也不是一个可同生共死的好战友。为了以弱胜强，可以用一些战术诡诈，但不应该弃战友于不顾，更不应该侮辱军人的气节和民族的大义。方伯谦，你不一个勇敢的人，而是一个怕死的懦夫。
方伯谦的悲剧，也是小鬼子们算讲的结果。丰岛偷袭，日本方面一再强调这是一场不期而遇的遭遇战，其实这只是推卸责任的说法，随着日本方面逐渐公布的档案资料，证明丰岛海战其实是一场早有预谋的偷袭战，这已经是一件不容置疑的铁案。