朱棣起兵之后，立即重用占卜之士，命姚广孝辅助自己的儿子守御北平；并授金忠为王府纪善，任务是守御通州，并在靖难成功之后封予袁珙父子高官厚禄。
以建文帝为首的朝廷虽然养了百万大军，但是有兵无将，总的形势不容乐观。首先，朱元璋是公认能够使官军在战时得到上天保佑的有为之君，这位开国之君死后，建文帝在继承皇位的同时是否也能够一并继承朱元璋的过人本领，还是未知之数。其次，徐达、常遇春、刘伯温等开国功臣死的死、亡的亡，再加上洪武一朝长期持行翦除武将的政策，使得军中很多能战之将以谋反、犯禁等罪名被诛杀，到建文帝即位时，已经寥寥无几。
总之，长江后浪推前浪,一代新人换旧人。明朝开国的诸多战神，到如今大多数已经尘归尘、土归土，硕果仅存的也是英雄迟暮，这给了朱棣这个后起之秀以可乘之机。
朱棣发起的靖难之役经过前后四年的苦战，终于取胜，他在起兵之初的日子里进展的势头很好，迅速取得北平周围的居庸关、怀来、密云、尊化、永平等地，在短短二个月的时间里众至数万人，并一路蓬勃发展下去。其后与南军主力在河北、山东、中原等地反复拉锯，经过白河沟、济南、东昌、宿州、灵壁等地的连场血战，连番重创南军。1402年，燕军乘胜大举南下，渡过长江，占领了南京，建文帝下落不明。朱棣随后称帝，改元“永乐”，史称“明成祖”。
从敌对双方谋士的阵营中可以看出支持者的成份。建文帝毕竟是正统之所在，有传统纲常理论的支持，受到儒家学者们的普遍拥护。相反，在帮助朱棣树立造反决心的幕僚之中竟然没有一位有影响儒士，而主要是僧、道等方外之士，金忠虽然精通《易经》，但充其量是用来跑江湖混饭吃，不是什么学者。这一点耐人寻味。
也许朱棣自知举兵是篡位的大逆之罪，与儒家的纲常理论有冲突，所以转而推崇佛、道等教，并且有目的地宣扬一些宗教神话，向世人说明自己是受到佛、道诸神的保佑，以达到的天授神威的政治目的。其中，道教的玄武大帝就是被认为在靖难之设中助了朱棣一臂之力。
玄武崇拜起源于中国先民的远古信仰，是天上二十八星宿中的北宫七宿，北宫七宿形似龟蛇，故古人常常以龟与蛇作为玄武的形象代表。玄武作为天神直到汉代才在社会上获得的广泛承认，到了唐代，更被道教所利用，成了道教的四大天王之一。宋朝因为要避圣祖赵玄朗之讳而改称“真武”。在这个时期，玄武开始逐渐以人的形象出现，变成了一位披头散发、手拿宝剑、身穿黑衣、脚踏龟蛇的武士。玄武在元代地位更高，被蒙古统治者封为“上帝”、“大帝”等不同称号，被视为北方战神。
明初，朱元璋亦顺应风俗在南京建立过玄武庙，但对玄武推崇备至的极盛时期却是在朱棣登基之后。原来，朱棣坚信自己在靖难之役的胜利是得到玄武神的辅助，便大肆宣传玄武显灵的事迹，例如在北京佑显宫的玄武庙之内，立着一块由朱棣亲自撰写文字的《御制真武庙碑》，其中言之凿凿地说自己在内战中获胜是得到玄武大帝的帮助的。不过碑文通篇都是对神仙的歌功颂德之词，没有举出什么具体的例子。
相反，倒是明清的各种书籍记载了朱棣受到玄武大帝帮助的大量奇闻轶事。例如在《鸿猷录》、《续藏书》、《明书》等书籍中都大同小异地记载了朱棣在起兵之初便与玄武（或真武）发生了关系，事情的来龙去脉大致是这样的：
“当时朝廷责备燕王的态度日甚一日，朱棣召见姚广孝于燕王府中密议，并在言谈之间时而叹息而声泪俱下。姚广孝一言双关地安慰说：‘上天所欲扶持的对象，当今世上没有任何人能够废黜！’朱棣当即顺水推舟地询问举兵日期。姚广孝回答：‘时机尚未成熟，要等助战者来到再说’。朱棣好奇地问：‘助战者到底是谁？’姚广孝只说了一句‘我的师父’，便告辞了。
过了几天之后，姚广孝主动来到王府对朱棣说：‘明日中午，有天兵接应，时机已经成熟’，他敦促朱棣依计行事，以宴会的名义设伏捕杀了张昺、谢贵。等到朱棣的心腹之将张玉、朱能率领王府卫士陆续攻克北平九门，靖难之师随即举行祭旗议式。这时在众目睽睽之下发生了令人震惊的一幕，天上突然出现旌旗满天、兵甲密布的神奇景象，为首的是一位披头散发的道人。
早有心理准备的朱棣望着姚广孝问道：‘来助战的是什么神。’姚广孝一字一字地回应：‘这就是我以前所说的师父——北方之神玄武。’于是，朱棣在姚广孝的教导之下模仿玄武的样子，披头散发而手拿宝剑，主持着誓师大会上的祭旗议式。”
根据上述这些书的绘声绘色描写，朱棣在靖难之时是得到玄武的帮助的，而且，他本人也乐意装扮成玄武的样子，极力把自己打造成为这位神仙在人间的化身，这样做的目的是让军中将士知道，跟着战神走，席卷天下是指日可待的事。
当然，这些书也有让人生疑的地方，比如姚广孝本是佛教中人，怎么会认一位道教神仙做师父？不过，考虑到中国古代释道二教互相渗透的现实，当中的疑问也就迎刃而解了。
明代中期的另一本书籍《闲中今古录》又称：
“朱棣以靖难的名义起兵，势如破竹。本来忠于建文帝的南方军队数目达到四十余万，按照道理本是无敌之师。可是每当两军对阵，南兵便会遥遥望见天空中出现写有‘真武’两字的旗帜，接着总是莫明其妙地败得一塌胡涂。”
明代中后期的《宾退录》也有相关记载：
“燕军强渡长江时，不料战船上的桅杆意外地折断了，朱棣正在手足无措之际，忽然看见岸边的一座神庙之上立有一杆，便派遣士兵过去就地取材，将其移到船上做桅杆。不一会儿，归来士兵向朱棣报告那座庙是玄武庙，朱棣自知得到神仙的助战，‘欣然用之’，果然顺利渡江。
当时朱棣心中暗暗起愿等到成功之后，应该分别建筑一寺一塔以报恩，然而在登基之后日理万机，遂无暇顾及此事。某一天，长江之中突然涌现一座宝塔，朱棣才猛然发觉自己的承诺尚未兑换，便在南京天禧寺旧址修建一座寺院与高达十三层的宝塔，并赐名叫做‘报恩寺’”。
上述稗官野史记载朱棣与玄武大帝的事迹是否属实，现在已难以考证。不过，正是在朱棣的大力提倡之下，全国各地都建起了玄武庙，其中以北平地区最多。此后玄武庙在明清两代香火旺盛，有学者在民国期间对北京地区的玄武庙做过统计，竟然达到三四十座，另外民间还有大量的道观供奉玄武神。
朱棣最大的手笔是在湖北武当山建起了堪称鬼斧神工、精巧之至的玄武道观。当代美术家钱绍武对玄武道观作了高度的评价，指出那时湖北是处于全国的中心的位置，朱棣选择湖北的道教圣地武当山来建玄武道观是意味深长的。明朝耗费了巨额的财富，从武当山二百里外的老营口开始建立纪念碑，然后又修了一万多个“从低到高、从小到大”的道观，散布于武当山周围的山川、河流地区。每个道观里面都有玄武大帝如何从人经过修炼而仙的故事。最后在武当山天柱峰上建起了一座全部由铜造成的庙，里面铸有栩栩如生的玄武之像。玄武大帝披头散发，身披着黄袍，袍里罩着盔甲，威猛异常。最后，钱绍武由衷地赞叹道：“那种构思的精妙、构思的统一、严密，这是没有比的。我觉得直到现在为止，世界上没有一个地区的环境艺术达到如此精美、如此巧妙、规模如此宏大。”
武当山的真武道观于1412年起建，用了六年时间才全部建成。据说明朝民间就传说天柱峰上玄武之像是根据朱棣的面貌而塑造的，这是明史专家陈学霖考的结果。而朱棣在亲自撰写的碑文中得意洋洋地宣称“朕起义兵靖内难，神辅相左右，风行霆击，其迹甚著”，再次肯定了这位天神的庇护之功。