蓝玉、沐英等人一路风驰电骋，经云南之板桥、金马山，而进入昆明城中，秋毫无犯。明军自九月出师，打下云南，仅百余日而已。

其后，蓝玉派军分道进取临安等末附之地。而沐英率领部分兵力转向乌撒，与傅友德会师。各路明军陆续平定云南全境，傅友德在此期间先后攻取乌撒、东川、乌蒙、芒部等地，沐英也平息了土酋杨苴等人的叛乱，斩首六万。

云南既以平定，朱元璋便在第二年诏令傅友德与蓝玉等人班师，只留下曾经做过自己养子的沐英镇守云南。

沐英长期镇守云南，实际无异于“云南王”，这在明初诸将中又是一个特例。就算是长期拥兵在外的徐达，也需要定期回京朝见朱元璋，而且基本上是每年回一次，其他的人就更不必说了，例如汤和为了避嫌疑，晚年还要主动交出军权，回家养老。

但是沐英就不同了，他不但有掌握云南军政的特权，而且能够将这种特权传于子孙，一直到明朝灭亡为止。这在整个明代是唯一的例子。别人只有羡慕沐家的福气。 朱元璋后来曾经说过：“使我高枕而无南顾之忧者，沐英也。”封疆大元帅可不是人人都能当的， 朱元璋只把这种机会留给推心置腹的亲信。

沐英继续用行动来证明朱元璋没有看错人，他在云南仍然保持勤政的特点，督促各处开垦田地，积极建设水利，采取各种便民措施发展商业，制订合理的税收与劳役制度，逐渐恢复了生产秩序。

云南位于西南边陲，山高林密，地理环境非常复杂，而一些少数民族则叛服无常，经常与镇守明军发生冲突，所以并非是太平地方。其中以地方土著“麓川平缅军民宣慰使司”首领思伦发的发起的叛乱规模最大。这人于1386年公开举起叛乱之旗，并于两年后与明军在摩沙勒这个地方发生严重的流血冲突，因遭到明军的痛击而有一千五百多人掉了脑袋。

可是贼心不死的思伦发于1388年三月卷士重来，带领号称“三十万”的兵力，以一百多只大象为先驱杀向定边（今云南南涧）。沐英闻警，迅速以3万余骑兵从昆明出发，采取强行军的方式，以十五天的日夜兼程终于赶到了前线。

沐英首先派三百骑兵在敌阵之前挑战。思伦发以三十只大象为前导，派出一万人迎战。

云南前卫指挥张因以五十名精骑连发利箭，专门选择大象的膝与胁等部位射击。大象中箭之后纷纷倒地，一些骑在象背上的将领也死于非命。明军乘胜鼓噪而前，杀敌数百人，缴获一只大象而还。

沐英见状喜道：“此贼不足平也”，因而下令军中，将装备的火铳、神机箭等火器分为三行，排列于阵中。他针对当时的火器只能发射一次，过后便要重新装填弹药的弱点，命令在战时首先由阵前第一行的将士向敌军的大象射击，这一行发射完毕便集体转到阵后装填，再改由第二行的将士发射。第二行完毕则轮到第三行，以此类推，便产生连续射击的效果。

次日，明军果然在战场布下这种新式的叠阵，将士们皆鼓勇而进，轮番射击被思伦发驱赶到战场的大象，致使这些庞然大物成为了任人宰割的活靶子。它们死的死、伤的伤，剩下来的被震荡山谷的铳炮之声吓得落荒而逃。沐英随即派出部将张因、张荣等人尾随追击至敌营，放火焚烧了敌营中的木栅，烟焰涨天。

明军在沐英的督战之下，挫败敌人的所有进攻，最后彻底击溃了敌人，斩首三千级，俘虏上万。共有三十七只大象被生擒，其余的全部被各种武器打死，有的大象的尸体上密密麻麻地布满了利箭，就像刺猬一样。

思伦发的得力将领刁斯郎理也身中百余箭，倒毙于象背上。而思伦发则率领残部逃遁无踪。其后，沐英相续平定了各地的一些叛乱，恢复了云南的和平。

思伦发以号称“三十万”之众，想不到却被沐英三万人打得丢盔弃甲，可见确实是一个酒囊饭袋式的废物。即使把这种废物打垮在地再踏上一只脚也是胜之不武。

然而，据说沐英讨伐思伦发之战在世界军事史上享有一席之地，这又是为什么？

原来，沐英在此战中首创以三行叠阵射击火器，解决了火器不能连续射击的难题，这在军事史上意义很大。相比之下，热衷于使用火器的日本人与欧州人就落后得多了。日本要到一百几十年之后的战国时期才产生了类似的战术，例如在1575年5月的长筱之战中，名将织田信长用三千名枪炮手排成三个梯队（相当于沐英的叠阵），击败了对手武田胜赖旗下的骑兵。欧洲还要到二百年后的十六世纪末十七世纪初，类似的战术才出现在尼德兰总督莫里茨（Muritz）编写部兵操典中。莫里茨训练荷兰士兵分成数行轮番射击，这种战术与沐英的叠阵差不多是一样的。

元末明初，火器在无数次战斗中发挥过作用，也有无数的将领使用过火器，例如著名的鄱阳湖大战，火器为朱元璋的最后胜利立下了汗马功劳，可是为什么偏偏是沐英才解决了火器不能连续射击的难题？如果说沐英的成功与他一贯以来的好运气一点关系也没有，恐怕难以令人信服。