常遇春为了护主而拼命靠近朱元璋的船只，结果使自己的战船搁浅于浅滩里，动弹不得。不过天无绝人之路，汉军战败而遗弃的巨舟在顺流飘下时激烈地碰撞到了常遇春之船，致使船只在强大的推力之下幸运地离开浅滩，重返湖中回归部队。
异常激烈的战斗持续了三日，朱元璋军队拥有火器的优势，逐渐占了上风，并顺风纵火焚烧汉军舟师，滚滚硝烟红透半边天，十里之间湖水尽赤。陈友谅不敢再战，将残余部队集中于鄱阳湖的鞋山转攻为守。
朱元璋与诸将商讨对策，大多数人表示汉军实力犹存，在陷入绝境时难免会狗急跳墙，以致两败俱伤，不如网开一面，给敌人放条生路，然后在追击扩大战果。这种过于取巧的战术可不合常遇春的脾胃，但他拗不过多数人，唯有用沉默来表示反对态度。
朱元璋带着部队先从湖中撤出，当来到鄱阳湖至长江的枢纽地带湖口时却突然改变了主意，正式表态反对诸将返回应天的计划，他果断下达了扼守湖口，绝不让敌人向长江突围的死命令，不惜与陈友谅拼个鱼死网破。
常遇春在朱元璋的支持下带领诸将准备死守湖口，与突围的对手打一场硬仗。数天之后，势穷力蹙的汉军果然以全力涌向这个枢纽地带，此地顿时变成了绞肉机，两军将士无数的血肉之躯在挥舞的刀锋之下变成断肢残腿，遍地血污狼藉，惨不忍睹。让双方都打红了眼的战斗从早上持续到下午，付出重大伤亡的汉军始终冲不破朱元璋布下的铜墙铁壁，最后因陈友谅死于乱箭之下而彻底溃散，大部分残军投降，少数漏网之鱼沿长江向武昌逃窜，守军乘胜向北追赶数十里而还。战后论功，诸将以常遇春为第一。
朱元璋能够除掉生平最大的劲敌陈友谅，在诸将之中出力最多的是常遇春，而另一位名将徐达因在鄱阳湖之战打响不久即回防应天，所以没有什么骄人的战绩。但是，在随后开始对张士诚的战争中，朱元璋却仍然像过去一样任命徐达为主将，常遇春只配做个副手。
难道是因为常遇春不够忠诚吗？不是，1362年年发生的邵荣谋反事件早已清楚地证明了这一点。当年平章邵荣与参政赵继祖密谋造反。事情败露后被逮捕，朱元璋怀念旧情欲赦免邵荣的死罪，想不到遭到常遇春的烈反对：“身为人臣却有反叛之名，这是不可饶怨的行为，臣暂不与邵荣共生。”朱元璋无奈只得挥泪杀掉邵荣，此后更加敬重常遇春。
难道是因为常遇春嗜杀的本性没有改变吗？不是，他在1364年八月出征江西围困赣州之时的表现已经改变人们的看法。当时守军不肯投降。朱元璋害怕克城之日会发生大屠杀，派出使者到前线向常遇春传话：“克城时千万不要滥加杀戮，只得到土地而没有得到人民又有何益？”常遇春在次年二月占领这座城市，果然没有滥杀无辜。朱元璋闻报大喜，专门对其赐书予以褒奖。
那么，常遇春到底有什么缺点，到底比别人差在那？
正确的答案是，常遇春的战略眼光不行，朱元璋对这员勇猛有余，谋略不足的将领不太放心。
朱元璋在着手准备消灭张士诚的战争计划时，曾经亲自召见徐达与常遇春，询问用兵方略。常遇春大大咧咧地抢答道：“最好是挥师直捣张士诚的腹心之地平江，一了百了。”但这种“首战即决战”的赌博式打法马上遭到朱元璋的否决：“湖州、杭州两地守军就像张士诚的手臂，平江受到攻击，两地驻军必全力回援，难以取胜。不如先攻湖州，断敌手足，使敌疲于奔命。灭掉敌军羽翼之后，平江必然势孤，那时破之未晚。”
常遇春还嘴硬，固执己见。
朱元璋态度庄重，言辞严厉地说：“如果首先攻打湖州失利，我自然会负全责；但是如果首先攻打平江失利，军法无情，我可不会轻饶你！”
常遇春听后哑口无言。
事后证明朱元璋的见识远在常遇春之上，徐、常两人出师之后即使拨掉湖州、杭州两个据点再攻打平江，仍然费了接近一年时间才拿下，假设当初直接攻打平江，困难不知还要增加多少倍，甚至说不定会功亏一篑。
所以，朱元璋选择用兵谨慎的徐达为主将，是对的。常遇春不是统帅的首选人物，他的角色是在统帅指挥之下冲锋陷阵的猛将。
从以上的例子可见， 当常遇春自以为是的时候，敢于和朱元璋争执。这个口直心快的家伙，一旦牛脾气上来了，不管什么天条地规，全不放在眼里，他在出征张士诚时，就公开顶撞了别人敬若神明的随军术士。
话说在大举进行消灭张士诚的战争打响之前，常遇春已经跟随徐达攻取庐州，泰州等地，清除外围障碍，为总攻做好准备工夫。 血战的序幕于1364年八月揭开，常遇春以副将军的身份协助大将军徐达统率二十万大军向湖州出发，迈出了彻底解决张士诚问题的第一步。部队从龙江出发、在太湖、毘山击败敌军的前哨部队，来到湖州以北的三里桥。湖州守将张天骐分三路迎战。徐达从容布阵，正打算与对手一较高下。根据《明实录》的记载，这时随军的术士经过算卦占卜之后忽然间言出惊人地说道“今日不宜出战”，理由不外乎是日期不吉,时辰不利之类。常遇春本来就认为攻打湖州是浪费时间的行为，现在再听到有人建议要延期出战，不禁怒火冲天，大吼大叫起来：“两军对峙，迟迟不进攻还等待什么？”精明的徐达顺水推舟地命令常遇春打头阵，诸将紧随其后。如果常遇春有过，那是逆天而行，自食苦果；如果常遇春有功，那是化灾改运，死中求生。
常遇春没有辜负众人的期望，一出手就左右开弓地将当面敌军打得丧魂落魄。守将张天骐见势不妙，带头跑回城里，由于守军在撤退时惊惶失措，致使横跨护城河通往城门的吊桥提早拉起，此举无异于让把那些来不及逃回城里的士卒推上绝路，张天骐辖下将领黄宝与胡贵等二百多人就这样成为了俘虏。
湖州三里桥之战的经验说明，勇猛的武将在战争中发挥的作用可以超过自诩能预知过去未来的术士。
湖州被围，张士诚连忙派兵来援，屯于旧馆。常遇春出奇兵由间道穿插到敌后，击败敌军精卒，并先后袭破其驻于平望、乌镇等地的援军，摧毁其水陆营寨，歼灭旧馆之军，得降兵六万，最后迫使陷于绝境的湖州守军投降。湖州既下，大军清除平江外围障碍，接着于1365年11月包围了这座城市。在漫长的攻防战中，常遇春不遗余力地痛击敌人，他曾经在城外北壕方向阻击企图突围的张士诚，并将堡垒修到了西城门之附近，当平江于次年1366年九月八日失陷时，他带兵攻破阊门进入城中，又在灭亡张士诚的最后一刻立了新功。
战后，常遇春受封为鄂国公。