次年三月，彗星出现于西北，并有一颗大流星与很多颗小流星坠于东北，声震如雷。北伐军夺取河南，其后进驻潼关。
四月，未到霜时而天降严霜，使大豆等农作物枯萎，天地之间显出萧杀之象。北伐军又取嵩、陕、汝、道等州。
七月，京城有异象，天上出现红气满空，如火照人，自早晨至午前方息，其后某一天又泛起黑气，百步之内看不见人，从深夜至上午方消。这时北伐军夺取卫辉路、彰德路、广平路，逐渐逼近大都。
大都沦陷之前，天空连续出现“白虹贯日”的异象。不久北伐军经通州进入大都，元朝灭亡。
从上面可以看出，《元史》从儒家理论的角度阐述由于元顺帝治国无方而天象示警，最后的结论是明朝取代元朝是符合天意的。
特别要指出的是，在 “天人感应”的理论里，只有天子才有资格祭天，与上帝沟通。假如将儒教看作一种宗教，那么天子在某种程度上就是首席祭司。像刘伯温这类的儒士，无论多么博古通今、博学多才，甚至精通天文、卜筮之术，能预知过去未来，但由于天命所限，也永远只能屈居于天子之下，做个助手。从这个意义上说，朱元璋称帝的同时，也水到渠成地登上了神坛。
朱元璋以儒教治国，但不意味着他漠视佛教与道教。
就佛教而言 ，前文已经指出，“大明”这个国号的来源与白莲教提倡的“明王出世”有密切的关系，自从韩林儿死后，朱元璋便自视为“明王”最合适的继承人，也具有宗教领袖的浓厚色彩，他还设置了僧录司这个机构管理国中有关佛教与僧侣的事务。
不过，例外的是道教，道教与其它宗教相比，最具特色之处在于教徒修道的主要宗旨是追求长生不老或者成为活神仙。朱元璋明白自己不可能长生不老，也不会成为腾云驾雾的活神仙，而且在中国的历代帝王中也没有这类先例，所以没有以道教的领袖自居。但是他任命龙虎山第四十二代天师张正常管理全国道教，控制道教以为己用。
朱元璋曾经对儒、佛、道三教的关系发表过自己的看法，他在亲自撰写的《释道论》一文中分别对儒教之祖孔夫子、佛教之祖释迦牟尼、道教之祖老子作过评论，大意是：
“儒、佛、道三教，只有儒教是国家不可或缺的。孔夫子生于东周，修改订立纲常等伦理道德，并制礼作乐作为政治和生活的准则，对国家造富无穷，所以后人立庙祭祀孔夫子。不过，只有儒官到孔庙祭祀，普通老百姓对此不太关心。佛祖释迦牟尼与老子的玄幻传说流传万世，老百姓焚香拜祭，无所不至。而佛道二教的神灵最初显现化身时，对苍生是有求必应，于是感动了无数的中国平民与化外之地的蛮夷，即使是那些处于偏僻之地的愚民，不懂国家的法律，也知晓佛道二教倡议的生死之罪，以至于做善事的人多而作恶的人少。所以佛道二教对国家的治理是有益无损......遗憾的是，后来佛道二教的教徒，精研本教教义的人少了，倒是有越来越多的人娶妻生子，放纵本身的欲望而不加节制，这些人居于尘世，所造的罪孽有过于平民，又反过来连累了自己所在的宗教，他们号称出世修行，而道行反而比不上俗家弟子。”
朱元璋的意思是说，儒教对国家的作用最大，不过真正信仰儒教的只有官僚士大夫阶层，可谓曲高和寡。佛、道两教的玄幻神话既能满足大众的好奇心，而善恶报应等等理论又容易被平民所接受，就此而言，佛、道两教在百姓之中的影响胜于儒教。因为佛、道两教能够导民向善，所以同样可以辅助儒教治理国家。不过为了防止出现不法之徒利用宗教作奸犯科，要对其严加管理。
综上所述， 朱元璋在社会上提倡三教合一，以儒教为本、佛、道两教为佐，这种兼容并蓄的施政方针也附合中国的政治传统，是合乎国情的。
作为一国之主的朱元璋，不但管理着各个宗教的信徒，而且也对神仙厉鬼的事务进行安排。他称帝之初，便组织人手对山川海渎、风云雷雨等自然神与圣帝明王、忠臣烈士等人格神的祭祀制度都作出了统一的安排，原则上规定天下神祠，只有有功于民，才充许祭祀，无功于民的，一律视为淫祠，禁止祭祀。同时为了避免幽魂厉鬼为祸人间，还要由官府出面祭祀以对其进行安抚。 明初，朝廷曾经将天下的城隍神按照府、州、县的次序分别封为帝、王、公、侯、伯等。后来，朱元璋又认为国家给神仙封官晋爵的行为不太妥当，便下令全部革去，只以神仙的本名称呼，唯一的例外是以孔子为万世师，仍保留封爵之号，这反映了儒教独尊的地位。
需要强调的是，国家的祭祀体系以儒教的原则为主，佛教与道教是没有什么合法地位的，虽然明代有不少皇帝信奉佛教与道教，但很少有佛道二教的神仙受到国家公祭。好像佛教的佛祖释迦牟尼、文殊佛与道教的金阙真君、诸天诸帝等神仙，主要在民间的祭祀中广受欢迎。
由此可见，无论是鬼，还是神，都要服从人间皇帝的统一安排，为社会服务。朱元璋的所作所无并非无的放矢，例如《明实录》记载他曾经夸口道：“朕立城隍庙为地方的守护神，使人知畏。人有所畏，则不敢妄为。”
在朱元璋未登基之前，军中的战神是铁冠子与刘伯温为代表的佛、道、儒术士。但是当刘伯温等儒士扶持朱元璋建国称帝之后，朱元璋立即从人变成神。在这位走上神坛的君主的耀眼光彩之下，铁冠子与刘伯温等战神马上黯然失色，一些人的作用被刻意淡化了。而朱元璋亦开始根据需要显露神迹，以证明自己是天命所归。比较显著的例子是在1388年的捕鱼儿海之役。
捕鱼儿海之役发生在元朝灭亡的二十一年之后，尽管时间过了这么久，还是有元朝的残余势力流窜于塞外，史称“北元”。明朝实行犁庭扫穴的战略，多次派遣大军深入大漠南北，与负隅顽抗的蒙古诸部进行殊死的较量。其中，具有历史转折意义的一次战事发生于1388年上半年，北元小朝廷在捕鱼儿海（今内蒙古贝尔湖）附近惨遭覆没。在这场战事打响的前一年，明将冯胜、傅友德、蓝玉率师二十万北征辽东，北元辽阳行省的负责人纳哈出在大军压境的情况下被迫率所部二十万人投降。此举使游牧在东蒙古的北元小朝廷更加孤立。
朱元璋命令明军乘胜追击，以蓝玉为大将军率师十五万出塞，意图将残元势力一网打尽。1388年四月九日，明军一路爬山涉水深入敌境，来到游魂南道，由于这个地方干旱而无水源，全军将士的喉咙干枯得像着了火一样，难以忍耐。这时奇迹出现了，在归顺的蒙古军官观童的宿营地西北面，有一些军人突然听见类似炮响的声音，当他们进一步观察之后发现一股泉水涌现于在附近的山丘之间，涓涓之水好象小溪一样滔滔不绝地四溢。全军欢呼雷动，人人无不尽情痛饮，困乏顿消。