对于奕訢权势的上升慈禧太后是不愿看到的，也是希望掌握绝对权力的慈禧所不能容忍的。她要的是任何人在她面前都俯首帖耳、惟她是从成为她的奴才，像奕訢这样有权有势、具有独立个性的人是不受欢迎的，因此奕訢自辛酉政变后一直就是慈禧太后打击的重点儿对象。作为道光帝在遗诏里亲自册封的亲王, 奕訢当然也不是吃素的,强大的政治班底是他同慈禧相抗衡的资本。

1864年5月即太平天国被镇压后大半年时间，慈禧太后以御史蔡寿祺的弹劾为由，亲自写了一篇错别字连篇的诏书革去奕訢的议政王衔、军机大臣及其他一切差事。但她很快就领教了奕訢的厉害，全体王公和军机大臣集体反对，最后慈禧只能收回成命，但那个奕訢戴了3年的议政王衔终究还是被慈禧给摘去了。

奕訢上次在争立储一事上没有斗过四哥奕詝，现在更是屡屡败于他的小老婆之手。作为权力场上的人物，这点好像一直都是他的致命弱点。古往今来像他这样怀才不遇的人太多了，实际上要想大展宏图首先就必须先学会整人，整翻一切阻挡你前进的人。

1874年9月同治帝已经亲政，他为了安顿两宫太后准备重修圆明园，一方面是为了尽孝道，另一方面想让其生母慈禧寄情于游乐，减少她对政事的干预。

重修圆明园的议案提出后朝廷极为震动，由于当时清王朝正在进行大规模的洋务运动又忙着镇压西北的农民起义、准备收复新疆经费极为紧张，根本无力兴修圆明园，于是重修圆明园的方案提出后遭到群臣激烈反对。第一次办点儿大事就遭到众人的激烈反对年轻人的逆反心理上来了，于是同治帝执意要修圆明园。他坚持要修众人也没有办法，他是皇上你还能把他咋的？

同治帝在修建圆明园的过程中突然出现了奸商李光昭诈骗案，李光昭这人也挺能忽悠的，他骗的还是一个外国人，差点儿引起了一场国际官司，好在李鸿章终于将这事儿给平息下去了。

诈骗案发生后朝中大臣又乘此机会称述厉害、大加反对，认为现在内乱方平、西北未定、收入拮据、开支浩大万万不能修园。最后以恭亲王奕訢、大学士文祥为首的十位大臣，其中包括恭王、惇王、醇王、庆郡王奕劻等四位王公，文祥、宝鋆（yun）、沈桂芬、李鸿藻等所有军机大臣。他们联名上奏表示反对，同治帝恼羞成怒说了一句：“这个位子让你怎么样？”。此言一出大学士文祥当即伏地恸哭、昏迷不醒、喘息几绝，最后由别人搀扶出去。

最后同治帝一怒之下降旨惩罚为首的奕訢“著割去亲王世袭罔替，降为郡王”，但是军机大臣拒不奉召，愤怒到极点的同治帝亲自写诏书要革去十大臣的职务。这个诏令要是颁布下去几乎当时所有重臣都被革职，朝廷为之一空无人主持政局。眼看着事情马上无法收场了，富于政治经验的两宫太后在弘德殿召见群臣，对着跪在前面的同治帝痛哭流涕说：“十年以来无恭王何以有今日！皇上少不更事，昨谕著即撤销”，于是在第二天恢复了恭亲王和他儿子载澂的爵位。好歹也是位高权重的堂堂亲王，就这样如同儿戏般说罢免就罢免，说官复原职就官复原职，经过两次这样如此之被玩弄奕訢早已被夺了锐气 。

有一次慈禧和奕訢又因为某事发生争端，慈禧太后可能是革奕訢的职革顺手了于是就对奕訢说：“你事事与我为难，我革你的职!.” 奕訢也只有愤然道：“臣是先帝第六子，太后能革我的职却不能革我的皇子身份。”堂堂的恭亲王已经沦落到以其皇子身份做抗争的地步。1884年慈禧乘中法战争之际，撤掉了奕訢的所有职务将他彻底扳倒，同时还将以他为首的军机大臣全部革职，史称“甲申易枢”。

曾经显赫一时、和慈禧斗了半辈子的恭亲王，就以这种惨淡的方式结束了自己的政治生命，风风雨雨20余年终究还是被慈禧整垮了。奕訢在这一次被彻底打倒之后在家一呆就是10年，直到甲午战争才被起用，但那已经10年之后的事情了，人生又能有几个10年？慈禧就是慈禧，一次又一次锲而不舍的打击，总还是要把你整垮，一跤摔的你永远也爬不起来。

奕訢在家赋闲期间写的一首小诗中曾包含有“猛拍栏杆思往事，一场春梦不分明”这样的诗句，不知道是否是对当年和慈禧联手发动政变的后悔。慈禧太后娘家在京师朝阳门外的“方家园”，他也曾说过“我大清宗社亡于方家园”，这话也许半真半假吧！

1894年甲午战争爆发在坚持主战的李鸿藻、翁同龢的一起要求之下，慈禧太后重新起用恭王奕訢主持大政，但是奕訢主和敷衍的态度让他们极为失望。

1898年奕訢极力反对变法维新是维新派的死对头，就在光绪帝颁布变法诏书的前十余天奕訢辞世，他留给光绪帝的遗言是：“闻广东举人康有为等主张变法，请皇上慎思，不可亲信小人之言”，让光绪帝提防康有为等维新派人士。曾经倡导变革的老前辈现在却极力反对变法维新，其中之苍凉悲切诉与谁人。

奕訢死后谥号“忠”，在大清朝的所有宗室亲贵中间谥“忠”的只有他和多尔衮。

奕訢的一生无疑是悲剧的一生，虽然他是宗室亲贵中难得的德才兼备的人物，但一生都难于运争。先前是在争夺皇位的过程中败于四哥奕詝之手，虽然他的才能确实要比奕詝强但是父亲道光帝就是没选他当皇帝，后来更是被慈禧屡屡打击。

奕訢之所以斗不过慈禧除了权术上的因素外，更重要的是慈禧手中掌握着小皇帝，在正统皇权思想支配下的传统中国作为臣子的只能是皇上的奴才。慈禧太后手中握的是同治帝，她可以假借皇权罢了奕訢的官，而奕訢却不能把她怎样。若是他奕訢的问题严重点，一个谋反的罪名可以让他瞬间就身败名裂。由于此君臣名分注定他奕訢斗不过慈禧，更何况他的对手慈禧还是罕见的权力斗争高手?

由于奕訢是慈禧的政敌，所有在他死后他的后代也没有得到重用。他的孙子溥伟曾被授以禁烟大臣一职主持禁止鸦片，真是无聊至极！