袁克定回京后不久，段祺瑞去南方视察，回京时路过正定，段祺瑞预先打电报给王士珍称“拟在正定下车，前往王府登门拜访”。
闲居家中的王士珍，闻讯到车站迎接。
段祺瑞乘坐的专列徐徐开进正定车站，段派亲信下车，请王士珍上车会见。两人正在谈话间，火车已经悄然开走了，无奈之一，王士珍被骗到了北京。
袁世凯隆重设宴欢迎王士珍赴京，同时任命王士珍为模范团筹备处筹备员，授陆军上将。5月9日袁设立陆海军大元帅统率办事处，任命王士珍为六大办事员之一，但在六人之中王的实权最大。
1915年段祺瑞不满袁世凯称帝行为，装病请假。袁派王士珍署理陆军总长。不久袁下令免去段祺瑞陆军总长职务，由王士珍正式接任。
袁世凯死后，黎元洪继任大总统，段祺瑞任国务总理，“府院之争”愈演愈烈，黎元洪下令免去段祺瑞的职务。段祺瑞离开北京去天津，联络各省督军，要用武力赶黎元洪下台。黎元洪任命王士珍为京畿警备总司令。
在黎段之间的矛盾闹得不可收拾时，别有用心的张勋借进京调停之名乘机拥清废帝复辟。 6月14日，张勋的辫子军到京，王士珍命令步兵统领江朝宗用电话通知守城部队打开城门，辫子军像潮水一般涌进城内。
有不少人将王士珍下令打开城门，视为赞同和支持复辟的重要的举动。但也有这样的文献记载。张勋复辟时，王士珍任陆军总参谋长兼京畿警备司令，当时王士珍找到步兵统领江朝宗说:“复辟就在顷刻之间。”江说:“我们去报告总统吧。”他们上了汽车还未开动，迎面冲过来一辆汽车，全是持枪荷弹的士兵包围了他们。
二人无可奈何被劫持到南池子张勋的住处。进入张勋的密室，张轻蔑地瞟了江朝宗一眼说：“你怎么不开城门？”江说：“非有总参谋长的命令，不到时候不能开城门。”张问王士珍：“聘老，你怎么样呢？”王士珍没有办法，只好下令打开城门，在复辟既成事实以后，才放了王士珍和江朝宗。由此可以看出，在这个事件中，王士珍实际是被迫下达命令的，似乎谈不上支持张勋搞复辟。
7月1日，王士珍随同张勋等把12岁的溥仪抬出来宣布清帝复辟，张勋、王士珍等7人为内阁议事大臣，授王士珍参谋部尚书。7月3日段祺瑞誓师讨逆。各省军阀也由拥护复辟变为保卫共和了。复辟分子纷纷东逃西散，只剩下了王士珍和陈宝琛。段祺瑞又重新当上了国务总理，王士珍因维持京城秩序有功，继任参谋总长。
1917年9月1日，孙中山就任广州护法军政府大元帅，宣布段祺瑞为民国叛逆，出兵北伐，开始了护法战争。段祺瑞气势汹汹地要武力统一南方，而冯国璋则主张和平解决，提出“和平统一”排斥段祺瑞，段不得不于11月15日辞职。由于王士珍赞成冯国璋的“和平统一”政策，冯于19日任命王为北洋政府国务总理兼陆军总长。此时王士珍达到了他政治生涯的顶峰。
（7）退出政坛还故乡
王士珍组阁后，段祺瑞通过报纸对王内阁大肆攻击，又唆使他人进行倒阁活动。王士珍被迫于1918年2月“引疾告归”，冯国璋封其为德威上将军。两年后，王士珍辞去所有职务，退出了军政界。
王士珍生在家乡正定，出生在一个贫苦的家乡，对家乡怀有浓厚的感情。尽管官于高位，但仍然以普通民众的身份出现在父老乡亲面前，对此，他的亲属及乡邻都很乐意回忆与他相遇的往事。
王士珍每次回老家，不管是骑马坐轿，一过五里铺便来步住，一是因为村东口立有梁阁老神的神道碑，他对梁阁老十分敬重；二是因为自己在王氏家族辈分较低，所以逢乡亲们便热情打招呼，问长问短，十分亲切可敬。有一次王氏家族要举行一个隆重典礼，邀请王士珍参加，届时为欢迎王士珍归来准备了盛大的乐队和欢迎人群。到了那天左等右等，不见王士珍归来，过了午时还是不见踪影，其实王士珍得到消息后便从小道悄悄进村了。
族长找到王士珍责问道:“你当了大官，是光宗耀族的事，我让人迎接你，也是理所当然，不知道你这么不给面子！”王士珍连忙赔笑道:“你老人家别生气，都是我的错。”王士珍接着又说:“您老人家有所不知，没做官的人想当官，当了宫才知道官场险恶，就像我，说不定哪天会变成乞丐呢，又有什么值得张扬、显摆的呢？”族长闻言连夸王士珍明事理，有出息。
一次，王士珍在回老家的路上遇到几个士兵，要强行征用他的轿车，车夫不肯，王士珍示意拉他们一程，说:“我一生带兵，知道他们也不容易。”上车后走了一段，车夫问:“你们知道这是谁的车吗，这是王大人的车。”吓得几个当兵的马上就跑了。
一次，家乡一位村民推着独轮木车吃力地前行，上面装有瓷盆、沙壶之类的易碎品，走到一个小小土坡前，由于人单力薄，好长时间也推不上去，王士珍正好走到此处，上前帮了一把，谁知村民没料到有人助力推车，车子微微倾斜，险些失去重心，急得大喊：“你这人怎么搞的，连车也不会推，尽帮到忙。”王士珍急忙道歉：“是我不好，是我不好。”于是重新调整姿势，帮村民推过了这个坎，推车人停下来休息，旁人问他，你知道刚才帮你推车的人是谁吗？是王大人，王士珍。推车的村民先是愕然，后感激万分。
诸如此类，在王士珍的家乡，还有许多传闻，似乎都是正面的。比如，回乡不坐轿不骑马，外放赴任途中住草棚，在正定隐居时替老乡推过车、帮老乡找过牛等。如此看来，王士珍在北洋军阀林林总总的人物中，还是有一点好名声的。
王士珍晚年在正定老家隐居，从不过问政事，1930年7月1日，王士珍因患肠癌，病逝于北平，终年70岁。