荣禄身为军机大臣，看了以后非常高兴，检阅部队时也来了精神，等到检阅完毕回去再过海河时，王士珍仍然为他架设此种帆布浮桥。此时荣禄担心天气已渐暖，万一冰河解冻了会有危险。王士珍上前报告说：“不用担心，三天后冰冻方解。”
荣禄兴趣盎然地踏上浮桥，结果的确如此。荣禄被王士珍的料事如神而深深折服了，回到自己的寓所以后，特地准备了宴席，专门宴请王士珍，王士珍身价倍增，备感荣幸。
既然有了荣禄的赏识，袁世凯更是恩爱有加，此时清政府派袁世凯任山东巡抚，袁立即让王士珍率两名亲信去山东巡视。不到一个月，王士珍就将山东沿海各要隘、军营情况全部了解清楚，连驻兵计划也作了周密安排。返回后立即向袁世凯作了汇报，袁世凯听了汇报非常高兴，立即委派王士珍为小站留守司令官，指挥各军依次从小站开赴山东。
王士珍得到袁世凯的赏识与重用，为其以后的仕途铺平了道路。
（4）行事果敢得赏识
1899年冬，袁世凯署理山东巡抚，王士珍任军事参谋。时局变化不定，济南、泰安、东昌、曹州等数十州郡义和团运动风起云涌，原山东巡抚主张安抚，而袁世凯主张痛加剿办，格杀勿论。
作为袁世凯的幕僚，王士珍提出了一整套镇压义和团的策略：对义和团成员先行劝解，然后以武力相威胁，如果仍然不服从，先把首犯抓起来杀掉，一旦群龙无首，再把其余人员就地解散。
袁世凯认为王士珍的建议可行，便在山东全境推而广之，同时让王士珍参谋山东全省军务，此令一出，山东各路团民死伤惨重。
袁世凯、王士珍对义和团的血腥镇压，惹起了欲借义和团排外的部分清朝贵族的不满。1900年6月，满清贵族派了一个义和团的首领，去找袁世凯，称该首领偷了满清贵族的令箭，询问应如何处置？
这时王士珍挺身而出，应声说道：“请交给我来审问吧！”立即将义和团首领以盗窃满清贵族令箭之罪推出斩首。
袁世凯听说此事后，立即问王士珍：“审问得怎么样?”
王士珍回答：“已经处决了。”袁世凯顿时醒悟，佩服王士珍处事“明决”。
实际上，义和团运动因和清宫廷内部矛盾纠和在一起，让很多无辜的老百姓死在枪炮之下。对于义和团是镇压、是安抚，决定权都在清廷的上层，有时是慈禧一人说了算，况且王士珍当时只是一个巡抚的军事参谋，他没有任何处置人的生命之权力，一个军人只是以服从命令为天职。王士珍对义和团的做法，很大程度上表明了袁世凯的态度和行事风格，王士珍对待山东境内洋人的态度，也大体如此。
在八国联军侵华战争中，各国在华的传教士、商人，纷纷逃往山东避难。王士珍令手下士兵组成便衣队，沿途保护，并帮助租赁车船，资助粮食、衣服、川资，竭尽庇护之能事，赢得洋人垂青。这期间，袁世凯邀请德国驻胶州总督到济南阅操。德国总督看到袁世凯所练新军确比旧军操练精准娴熟，赞扬主持操练的王士珍、段祺瑞和冯国璋为“北洋三杰”。
这所谓的“三杰”，又被人们称为袁世凯的“龙、虎、豹”，王士珍被推为“三杰之冠”，称“北洋三杰”之龙。在北洋军阀势力中，有人将善操权谋于腹中的王士珍称为“北洋之龙”，将常行凶残于外形的段祺瑞称为“北洋之虎”，将忠于北洋且善于打仗的冯国璋称为“北洋之狗”。此三人中，段祺瑞赴德国学习过炮兵，冯国璋曾赴日本考察近代军制和日本军事，王士珍并未出过国。王士珍是“北洋三杰”中年龄最大的，在政坛常以“名士”自居，潇洒超脱。在民国政坛上，段祺瑞、冯国璋是袁世凯的左膀右臂，心腹爱将。善于权谋的袁世凯对他俩并不完全放心，常常用王士珍予以制衡，形成三足鼎立局面。因此，王士珍时隐时现，一时出来主持大局，一时又隐没还乡，悠游山林，极为神秘。拟之为“龙”，大概有“神龙见首不见尾”之意。
1901年冬，袁世凯升任直隶总督兼北洋大臣，提拔王士珍为步兵第一协统领，兼理全军操防营务处。袁世凯为了扩张军事实力，大肆筹饷练兵。次年1月派王士珍、王英楷赴正定、大名、冀州各地，会同地方官，四处选募壮丁，集中保定编练北洋常备军，成立北洋常备军左右两镇，王士珍任左镇翼长，是袁世凯的得力干将。
1903年，清政府根据袁世凯奏请在北京成立练兵处，王士珍被任命为练兵处军学司正使。在此期间王士珍极受袁世凯信赖，凡是重要军事要务，袁必问王士珍是否已经审核过，上奏或下发的文稿，袁世凯也一定让王士珍圈阅修改，临发前还要让王审阅。因此当时不少人称王为“龙目”，即袁的“眼睛”。袁世凯向慈禧太后保奏说：“王士珍多年随臣当差，知之最悉，切实可靠。”这个时候，王士珍与段祺瑞、冯国璋等人一起，为北洋军编订常备、续备、后备各军章制，并编订营制、饷章，奠定了王士珍在政界、军界的雄厚基础。
1905年，袁世凯以北洋军左右两镇为骨干，拼凑了北洋陆军6个镇，王士珍为第六镇统制。同年 10月，清政府抽调两万余名北洋陆军在直隶河间府举行秋操，任命王士珍为总参议兼操练处军政司正使。在王士珍指挥下，秋操自始至终井井有条。各国驻华官员被邀前往参观，纷纷赞赏王士珍的组织管理才能和指挥能力。河间秋操在外国人面前为清廷争了光，慈禧太后发现王士珍是个人才，亲自召见，当面一一质询，王士珍不卑不亢，回答振振有词。自此王士珍深得清廷的宠信，破例授王士珍内蒙古副都统，赏一品顶代。
王士珍和袁世凯既是工作关系，也有共同利益，但是他们还是有根本区别的。袁世凯是一个权欲狂，他不惜一切代价要得到至高无上的权利，他性格奸滑狡诈，最后落了个历史骂名。然而王士珍忠君爱国，性格谦让，锋芒不露。王士珍得知，慈禧曾密旨：“袁世凯这个人要用就用，不用就杀掉，以免后患。”袁世凯当总统后，王士珍退隐家乡正定。袁世凯曾多次函电交驰，请王士珍担任要职，随后又派袁克定等人来正定，但都被王士珍谢绝了。袁世凯称帝时，王士珍持反对态度。袁世凯曾多次恫吓，王士珍都不为所动。对于袁世凯的卖国行径，王士珍是坚决反对的。